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万見
- PDB-6miw: WWE domain of human HUWE1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6miw
タイトルWWE domain of human HUWE1
要素E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
キーワードLIGASE / WWE domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / histone ubiquitin ligase activity / negative regulation of mitochondrial fusion / protein branched polyubiquitination / positive regulation of type 2 mitophagy / HECT-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / Golgi organization / protein monoubiquitination ...negative regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / histone ubiquitin ligase activity / negative regulation of mitochondrial fusion / protein branched polyubiquitination / positive regulation of type 2 mitophagy / HECT-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / Golgi organization / protein monoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / positive regulation of protein ubiquitination / circadian regulation of gene expression / base-excision repair / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / secretory granule lumen / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ficolin-1-rich granule lumen / membrane fusion / cell differentiation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Golgi membrane / Neutrophil degranulation / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HUWE1, UBA domain / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / WWE domain / UBA-like domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. ...HUWE1, UBA domain / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / WWE domain / UBA-like domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Halabelian, L. / Loppnau, P. / Tempel, W. / Wong, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Tong, Y. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: WWE domain of human HUWE1
著者: Halabelian, L. / Loppnau, P. / Tempel, W. / Wong, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Tong, Y.
履歴
登録2018年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,71512
ポリマ－10,5201
非ポリマー19511
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area410 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area4310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.134, 60.134, 53.288
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 / ARF-binding protein 1 / ARF-BP1 / HECT / UBA and WWE domain-containing protein 1 / HECT-type E3 ...ARF-binding protein 1 / ARF-BP1 / HECT / UBA and WWE domain-containing protein 1 / HECT-type E3 ubiquitin transferase HUWE1 / Homologous to E6AP carboxyl terminus homologous protein 9 / HectH9 / Large structure of UREB1 / LASU1 / Mcl-1 ubiquitin ligase E3 / Mule / Upstream regulatory element-binding protein 1 / URE-binding protein 1


分子量: 10519.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HUWE1, KIAA0312, KIAA1578, UREB1, HSPC272 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z6Z7, HECT-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 10 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Molecular Dimensions Morpheus HT condition D3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30.07 Å / Num. obs: 7843 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 22.4 / Num. measured all: 81684 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.0510.31.07359675810.7890.3521.132.4100
8.94-30.078.30.02387510610.0080.02481.697.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.2データスケーリング
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FFAS model based on PDB entry 1ujr

1ujr


解像度: 2→30.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.1 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.121
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2118 387 4.9 %
Rwork0.1798 --
obs0.1814 7436 99.92 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 71.71 Å2 / Biso mean: 28.326 Å2 / Biso min: 12.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å2-0.11 Å2-0 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→30.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数545 0 22 19 586
Biso mean--34.16 35.11 -
残基数----70
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.012574
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.018483
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7151.644782
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4551.5771115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.618570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.66420.93832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.4941582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.387155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02647
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02140
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8732.981278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8682.991279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0764.447347
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 23 -
Rwork0.234 554 -
all-577 -
obs--99.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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