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万見
- PDB-6mie: Solution NMR structure of the KCNQ1 voltage-sensing domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mie
タイトルSolution NMR structure of the KCNQ1 voltage-sensing domain
要素Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel / KCNQ1 / Kv7.1 / voltage sensor / potassium channel
機能・相同性
機能・相同性情報


gastrin-induced gastric acid secretion / corticosterone secretion / voltage-gated potassium channel activity involved in atrial cardiac muscle cell action potential repolarization / basolateral part of cell / lumenal side of membrane / negative regulation of voltage-gated potassium channel activity / rhythmic behavior / regulation of gastric acid secretion / stomach development / iodide transport ...gastrin-induced gastric acid secretion / corticosterone secretion / voltage-gated potassium channel activity involved in atrial cardiac muscle cell action potential repolarization / basolateral part of cell / lumenal side of membrane / negative regulation of voltage-gated potassium channel activity / rhythmic behavior / regulation of gastric acid secretion / stomach development / iodide transport / voltage-gated potassium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential repolarization / Phase 3 - rapid repolarisation / membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / membrane repolarization during action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane repolarization / Phase 2 - plateau phase / intracellular chloride ion homeostasis / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / negative regulation of delayed rectifier potassium channel activity / renal sodium ion absorption / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / potassium ion export across plasma membrane / atrial cardiac muscle cell action potential / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / auditory receptor cell development / regulation of membrane repolarization / protein phosphatase 1 binding / delayed rectifier potassium channel activity / ventricular cardiac muscle cell action potential / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / Voltage gated Potassium channels / potassium ion homeostasis / non-motile cilium assembly / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / cardiac muscle cell contraction / outward rectifier potassium channel activity / intestinal absorption / inner ear morphogenesis / adrenergic receptor signaling pathway / cochlea development / regulation of heart contraction / renal absorption / ciliary base / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / potassium ion import across plasma membrane / social behavior / inner ear development / regulation of heart rate by cardiac conduction / action potential / voltage-gated potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / positive regulation of heart rate / transport vesicle / cardiac muscle contraction / cellular response to cAMP / voltage-gated potassium channel complex / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cellular response to epinephrine stimulus / potassium ion transmembrane transport / positive regulation of cardiac muscle contraction / cytoplasmic vesicle membrane / erythrocyte differentiation / response to insulin / sensory perception of sound / regulation of blood pressure / glucose metabolic process / late endosome / cellular response to xenobiotic stimulus / heart development / scaffold protein binding / basolateral plasma membrane / transmembrane transporter binding / early endosome / lysosome / calmodulin binding / neuron projection / apical plasma membrane / membrane raft / neuronal cell body / endoplasmic reticulum / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, KCNQ1 / Potassium channel, voltage dependent, KCNQ / Potassium channel, voltage dependent, KCNQ, C-terminal / KCNQ voltage-gated potassium channel / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Taylor, K.C. / Kuenze, G. / Smith, J.A. / Meiler, J. / McFeeters, R.L. / Sanders, C.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)RO1 HL122010 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structure and physiological function of the human KCNQ1 channel voltage sensor intermediate state.
著者: Taylor, K.C. / Kang, P.W. / Hou, P. / Yang, N.D. / Kuenze, G. / Smith, J.A. / Shi, J. / Huang, H. / White, K.M. / Peng, D. / George, A.L. / Meiler, J. / McFeeters, R.L. / Cui, J. / Sanders, C.R.
履歴
登録2018年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1851
ポリマ－18,1851
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10090 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 150structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 1 / IKs producing slow voltage-gated potassium channel subunit alpha KvLQT1 / KQT-like 1 / Voltage- ...IKs producing slow voltage-gated potassium channel subunit alpha KvLQT1 / KQT-like 1 / Voltage-gated potassium channel subunit Kv7.1


分子量: 18184.631 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 100-249 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNQ1, KCNA8, KCNA9, KVLQT1 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) pRARE / 参照: UniProt: P51787

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D HNCA
121isotropic23D HNCO
131isotropic23D HN(CO)CA
141isotropic23D 1H-15N NOESY
151isotropic23D HN(CA)CB
161isotropic22D 1H-15N HSQC
172isotropic12D 1H-15N HSQC
182isotropic13D H(CCO)NH
192isotropic13D C(CO)NH
1102isotropic13D (H)CCH-COSY
1113isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
1123isotropic23D 1H-13C NOESY
1134isotropic22D 1H-15N HSQC
1144isotropic23D 1H-15N NOESY
1154isotropic22D IPAP-HSQC
1165anisotropic22D IPAP-HSQC
1176isotropic22D 1H-15N HSQC
1187isotropic22D 1H-15N HSQC
1198isotropic22D 1H-15N HSQC
1209isotropic22D 1H-15N HSQC
12110isotropic22D 1H-15N HSQC
12211isotropic22D 1H-15N HSQC
12312isotropic22D 1H-15N HSQC
12413isotropic22D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
micelle10.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] KCNQ1-VSD, 50 mM MES, 0.5 mM EDTA, 2 mM TCEP, 4 % w/v LMPG, 95% H2O/5% D2O13C-15N specific labeled sample was grown in M9 culture with 99% D2O. After purification, the sample was exchanged into 50 mM MES buffer (pH5.50), 5% D2O, 0.5 mM EDTA and 2 mM TCEP.Q1-VSD 2H13C15N95% H2O/5% D2O
micelle20.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] KCNQ1-VSD, 50 mM MES, 0.5 mM EDTA, 2 mM TCEP, 4 % w/v LMPG, 95% H2O/5% D2O13C-15N specific labeled sample was grown in M9 culture. After purification, the sample was exchanged into 50 mM MES buffer pH 5.50, 5% D2O, 0.5 mM EDTA and 2 mM TCEP.Q1-VSD 13C15N95% H2O/5% D2O
micelle30.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] KCNQ1-VSD, 50 mM MES, 0.5 mM EDTA, 2 mM TCEP, 4 % w/v Deuterated LMPG, 100% D2O13C-15N specific labeled sample was grown in M9. After purification, the sample was exchanged into 50 mM MES buffer (pH5.50), 5% D2O, 0.5 mM EDTA and 2 mM TCEP. Deuterated LMPG was used for this sample.Q1-VSD 13C15N + deuterated LMPG100% D2O
micelle40.4 mM [U-100% 15N] KCNQ1-VSD, 50 mM MES, 0.5 mM EDTA, 2 mM TCEP, 4 % w/v LMPG, 95% H2O/5% D2O15N specific labeled sample was grown in M9. After purification, the sample was exchanged into 50 mM MES buffer (pH5.50), 5% D2O, 0.5 mM EDTA and 2 mM TCEP.Q1-VSD 15N95% H2O/5% D2O
micelle50.2 mM [U-100% 15N] KCNQ1-VSD, 50 mM MES, 0.5 mM EDTA, 2 mM TCEP, 4 mM LMPG, 95% H2O/5% D2O15N specific labeled sample was grown in M9. After purification, the sample was exchanged into 50 mM MES buffer (pH5.50), 5% D2O, 0.5 mM EDTA and 2 mM TCEP. Anisotropic sample was soaked into a 6 mm 5% gel and stretched into a 5 mm open ended NMR tube.Q1-VSD 15N anisotropic95% H2O/5% D2O
micelle60.2 mM [U-100% 15N] KCNQ1-VSD, 50 mM MES, 0.5 mM EDTA, 2 mM TCEP, 4 mM LMPG, 95% H2O/5% D2OK121C-MTSL, C122S, C136A, C180S, C214AQ1-VSD 15N K121C-MTSL95% H2O/5% D2O
bicelle70.2 mM [U-100% 15N] KCNQ1-VSD, 50 mM MES, 0.5 mM EDTA, 2 mM TCEP, 4 % w/v LMPG, 95% H2O/5% D2OT144C-MTSL, C122S, C136A, C180S, C214AQ1-VSD 15N T144C-MTSL95% H2O/5% D2O
micelle80.2 mM [U-100% 15N] KCNQ1-VSD, 50 mM MES, 0.5 mM EDTA, 2 mM TCEP, 4 % w/v LMPG, 95% H2O/5% D2OT155C-MTSL, C122S, C136A, C180S, C214AQ1-VSD 15N T155C-MTSL95% H2O/5% D2O
micelle90.2 mM [U-100% 15N] KCNQ1-VSD, 50 mM MES, 0.5 mM EDTA, 2 mM TCEP, 4 % w/v LMPG, 95% H2O/5% D2OT177C-MTSL, C122S, C136A, C180S, C214AQ1-VSD 15N T177C-MTSL95% H2O/5% D2O
micelle100.2 mM [U-100% 15N] KCNQ1-VSD, 50 mM MES, 0.5 mM EDTA, 2 mM TCEP, 4 % w/v LMPG, 95% H2O/5% D2OC180-MTSL, C122S, C136A, C214AQ1-VSD 15N C180-MTSL95% H2O/5% D2O
micelle110.2 mM [U-100% 15N] KCNQ1-VSD, 50 mM MES, 0.5 mM EDTA, 2 mM TCEP, 4 % w/v LMPG, 95% H2O/5% D2OC214-MTSL, C122S, C136A, C180SQ1-VSD 15N C214-MTSL95% H2O/5% D2O
micelle120.2 mM [U-100% 15N] KCNQ1-VSD, 50 mM MES, 0.5 mM EDTA, 2 mM TCEP, 4 % w/v LMPG, 95% H2O/5% D2OT224C-MTSL, C122S, C136A, C180S, C214AQ1-VSD 15N T224C-MTSL95% H2O/5% D2O
micelle130.2 mM [U-100% 15N] KCNQ1-VSD, 50 mM MES, 0.5 mM EDTA, 2 mM TCEP, 4 % w/v LMPG, 95% H2O/5% D2OM238C-MTSL, C122S, C136A, C180S, C214AQ1-VSD 15N M238C-MTSL95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMKCNQ1-VSD[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]1
50 mMMESnatural abundance1
0.5 mMEDTAnatural abundance1
2 mMTCEPnatural abundance1
4 % w/vLMPGnatural abundance1
0.4 mMKCNQ1-VSD[U-100% 13C; U-100% 15N]2
50 mMMESnatural abundance2
0.5 mMEDTAnatural abundance2
2 mMTCEPnatural abundance2
4 % w/vLMPGnatural abundance2
0.4 mMKCNQ1-VSD[U-100% 13C; U-100% 15N]3
50 mMMESnatural abundance3
0.5 mMEDTAnatural abundance3
2 mMTCEPnatural abundance3
4 % w/vDeuterated LMPGnatural abundance3
0.4 mMKCNQ1-VSD[U-100% 15N]4
50 mMMESnatural abundance4
0.5 mMEDTAnatural abundance4
2 mMTCEPnatural abundance4
4 % w/vLMPGnatural abundance4
0.2 mMKCNQ1-VSD[U-100% 15N]5
50 mMMESnatural abundance5
0.5 mMEDTAnatural abundance5
2 mMTCEPnatural abundance5
4 mMLMPGnatural abundance5
0.2 mMKCNQ1-VSD[U-100% 15N]6
50 mMMESnatural abundance6
0.5 mMEDTAnatural abundance6
2 mMTCEPnatural abundance6
4 mMLMPGnatural abundance6
0.2 mMKCNQ1-VSD[U-100% 15N]7
50 mMMESnatural abundance7
0.5 mMEDTAnatural abundance7
2 mMTCEPnatural abundance7
4 % w/vLMPGnatural abundance7
0.2 mMKCNQ1-VSD[U-100% 15N]8
50 mMMESnatural abundance8
0.5 mMEDTAnatural abundance8
2 mMTCEPnatural abundance8
4 % w/vLMPGnatural abundance8
0.2 mMKCNQ1-VSD[U-100% 15N]9
50 mMMESnatural abundance9
0.5 mMEDTAnatural abundance9
2 mMTCEPnatural abundance9
4 % w/vLMPGnatural abundance9
0.2 mMKCNQ1-VSD[U-100% 15N]10
50 mMMESnatural abundance10
0.5 mMEDTAnatural abundance10
2 mMTCEPnatural abundance10
4 % w/vLMPGnatural abundance10
0.2 mMKCNQ1-VSD[U-100% 15N]11
50 mMMESnatural abundance11
0.5 mMEDTAnatural abundance11
2 mMTCEPnatural abundance11
4 % w/vLMPGnatural abundance11
0.2 mMKCNQ1-VSD[U-100% 15N]12
50 mMMESnatural abundance12
0.5 mMEDTAnatural abundance12
2 mMTCEPnatural abundance12
4 % w/vLMPGnatural abundance12
0.2 mMKCNQ1-VSD[U-100% 15N]13
50 mMMESnatural abundance13
0.5 mMEDTAnatural abundance13
2 mMTCEPnatural abundance13
4 % w/vLMPGnatural abundance13
試料状態詳細: A shape tube was used for all 3D experiments. / イオン強度: 4 % (w/v) LMPG Not defined / Label: conditions_1 / pH: 5.5 / 圧: 1 atm / 温度: 323 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001CPQCI probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9002CPTCI probe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber16Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
XPLOR-NIH2.48C.D. Schwieters, J.J. Kuszewski, N. Tjandra and G.M. Clorestructure calculation
SparkyNMRFAMGoddardchemical shift assignment
SparkyNMRFAMGoddardpeak picking
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
TopSpin3.2Bruker Biospin解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: 10 structures were solvated in an explicit hydrated DMPC bilayer and 100 ns of restrained molecular dynamics (rMD) were performed. Each trajectory was then extended another 190 ns with NMR ...詳細: 10 structures were solvated in an explicit hydrated DMPC bilayer and 100 ns of restrained molecular dynamics (rMD) were performed. Each trajectory was then extended another 190 ns with NMR restraints turned off. The last 100 ns of the trajectory seeded with the lowest energy rMD structure was divided into ten 10 ns blocks. The centroid of the most populated cluster for each 10 ns time block corresponds to models 1 through 10 in the ensemble. Model number 1 has the lowest RMSD to the average coordinates. Each model in the ensemble was scored with the NMR restraints and found to be largely consistent with the experimental data. It is important to note that the precision of the ensemble no longer is reflective of the precision of the XplorNIH simulated annealing step. Please see published methods for further details.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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