PDB-6mh0: Crystal Structure of the New Deli Metallo Beta Lactamase Variant ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mh0

タイトル

Crystal Structure of the New Deli Metallo Beta Lactamase Variant 3 from Klebsiella pneumoniae

要素

Metallo-beta-lactamase NDM-3

キーワード

HYDROLASE / metallo beta lactamase / Carbapenemases / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the New Deli Metallo Beta Lactamase Variant 3 from Klebsiella pneumoniae
著者: Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2018年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mh0.cif.gz	192 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mh0.ent.gz	151.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mh0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/6mh0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/6mh0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ttc-d 4eyb-2 6mgz-1 6ibs-2 5ypk-6 5ypi-3 5ypl-1 5zj7-d 6tt8-d 6cac-2 6c6i-1 5ypk-8 6mgz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase NDM-3

B: Metallo-beta-lactamase NDM-3

ヘテロ分子

52.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Metallo-beta-lactamase NDM-3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Metallo-beta-lactamase NDM-3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.185, 78.699, 130.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase NDM-3 / NDM-3 metallo-beta-lactamase 分子量: 25716.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: NDM-3, blaNDM-3 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: I3VKD5
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.26 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.2 M Na/K phosphate pH6.2, 2.5 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→37.537 Å / Num. obs: 49437 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 19.39 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 25.4
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2262 / CC_1/2: 0.743 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→37.537 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.91

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2051	2509	5.08 %	random
R_work	0.1676	-	-	-
obs	0.1694	49365	98.62 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→37.537 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3446	0	22	291	3759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3540
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.75	4821
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.553	2450
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	540
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	636

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6454-1.677	0.2766	115	0.2477	1984	X-RAY DIFFRACTION	77
1.677-1.7112	0.2754	135	0.2298	2576	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7112-1.7484	0.2643	128	0.2084	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7484-1.7891	0.2395	132	0.1875	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7891-1.8339	0.2177	130	0.1763	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8339-1.8834	0.2385	154	0.171	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8834-1.9389	0.2383	163	0.1654	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9389-2.0014	0.2199	131	0.1705	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0014-2.073	0.19	153	0.1672	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.073-2.1559	0.2288	145	0.1646	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1559-2.2541	0.1963	131	0.156	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2541-2.3729	0.1883	128	0.1644	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3729-2.5215	0.2324	149	0.1702	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5215-2.7162	0.2176	134	0.1758	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7162-2.9894	0.1853	156	0.1811	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9894-3.4217	0.2194	141	0.1691	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4217-4.31	0.1847	127	0.1461	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-37.5463	0.1731	157	0.1594	2848	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1477	-0.8675	-1.534	4.1225	0.5219	6.3553	-0.003	-0.5984	0.9536	0.5128	-0.0153	-0.2782	-0.8576	0.5447	0.0432	0.3021	-0.0673	-0.0325	0.2132	-0.064	0.4306	23.7094	25.8154	14.8305
2	2.3029	0.1912	0.0463	2.0538	-0.8812	1.875	0.0012	-0.2257	0.4053	0.1762	0.0284	0.1428	-0.1799	-0.066	-0.0291	0.1414	0.0263	0.0114	0.1219	-0.0324	0.2389	13.9003	17.8869	13.4851
3	4.232	-1.5845	-0.5451	3.3428	-0.4392	0.93	0.0082	-0.0191	0.0356	0.1299	0.0095	0.201	-0.0772	-0.037	0.0096	0.1227	-0.0103	-0.0196	0.1196	0.0072	0.1151	10.556	1.3239	11.3157
4	2.2885	0.6257	0.2713	2.0914	-0.7081	3.0193	0.0075	-0.1772	0.1107	0.0826	-0.0283	-0.0746	-0.0129	-0.0286	0.0249	0.1093	0.0174	0.0073	0.128	-0.0118	0.1482	22.5604	3.9891	14.9744
5	2.7348	0.7551	-0.2263	3.9507	0.026	1.8385	0.1226	-0.1912	-0.0189	0.2378	-0.1195	-0.2394	-0.0966	0.0656	0.0026	0.1026	-0.005	-0.0217	0.1532	0.0123	0.1455	31.0445	4.4305	18.097
6	3.6151	2.9997	4.0062	5.2724	2.4728	7.7069	0.5876	-0.8381	-0.1606	0.9238	0.0155	0.4236	1.0642	-0.5214	-0.6147	0.5991	0.0148	-0.013	0.3812	0.0322	0.4064	9.6121	-40.3616	24.8776
7	4.8213	0.5037	0.9523	4.2274	1.0327	4.6271	-0.0076	-0.2117	-0.2655	0.4377	-0.0894	-0.1162	0.2081	0.0766	0.0096	0.2366	-0.0283	-0.0014	0.1374	0.0395	0.1543	8.2224	-33.5096	19.1724
8	2.1205	0.2157	0.3593	2.9306	0.5488	3.426	0.0361	0.034	-0.1535	0.0467	-0.0971	-0.0305	0.2362	0.0542	0.0596	0.1684	0.0122	-0.0144	0.1288	0.0087	0.1223	11.0701	-32.1004	10.1579
9	1.6256	-0.2278	-0.4784	1.4972	0.108	1.0354	-0.0061	0.0253	-0.0699	-0.0166	-0.0154	-0.0509	0.0614	-0.0386	0.0184	0.1568	-0.0114	-0.0153	0.1553	0.0018	0.1378	11.4335	-17.4586	12.4067
10	1.9911	0.994	-0.7012	4.3015	-0.4514	2.4471	0.131	-0.3378	-0.0157	0.5494	-0.1664	-0.0459	-0.0208	-0.0393	0.0099	0.205	-0.0103	0.0071	0.239	0.021	0.1481	2.6362	-16.1414	26.7675

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 39 through 57 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 58 through 137 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 138 through 170 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 171 through 228 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 229 through 269 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 32 through 48 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 49 through 72 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 73 through 118 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 119 through 212 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 213 through 269 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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