PDB-6mgz: Crystal Structure of the New Deli Metallo Beta Lactamase Variant ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mgz

タイトル

Crystal Structure of the New Deli Metallo Beta Lactamase Variant 4 from Klebsiella pneumoniae

要素

NDM-4

キーワード

HYDROLASE / metallo beta lactamase / Carbapenemases / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.647 Å

データ登録者

Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the New Deli Metallo Beta Lactamase Variant 4 from Klebsiella pneumoniae
著者: Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2018年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mgz.cif.gz	193.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mgz.ent.gz	152 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mgz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/6mgz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/6mgz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6mh0-1 3spu-3 6q30-1 6cac-2 6tt8-d 5ypm-6 6ttc-d 4rbs-1 5ypm-4 5ypm-2 6twt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: NDM-4

B: NDM-4

ヘテロ分子

52.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NDM-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NDM-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.182, 78.977, 131.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NDM-4 分子量: 25699.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-4 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: A0A0G2ST15, UniProt: C7C422*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.65 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 / 詳細: 0.2 M magnesium formate pH5.9, 20 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 46844 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 14.37 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 17.54
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / Num. unique obs: 1903 / CC_1/2: 0.802 / % possible all: 78.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.647→33.824 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1791	2381	5.09 %	random
R_work	0.1488	-	-	-
obs	0.1503	46795	93.22 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.647→33.824 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3396	0	25	317	3738

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3547
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.785	4836
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.076	1226
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	541
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	643

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6468-1.6804	0.2412	117	0.2016	2091	X-RAY DIFFRACTION	76
1.6804-1.7169	0.257	144	0.18	2415	X-RAY DIFFRACTION	88
1.7169-1.7569	0.206	133	0.159	2673	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7569-1.8008	0.1745	142	0.1567	2691	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8008-1.8495	0.1894	134	0.1407	2701	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8495-1.9039	0.1606	134	0.1397	2678	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9039-1.9653	0.1799	144	0.1419	2703	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9653-2.0356	0.1546	160	0.1338	2645	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0356-2.1171	0.1602	155	0.1407	2670	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1171-2.2134	0.1724	150	0.1421	2672	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2134-2.3301	0.1738	155	0.1492	2653	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3301-2.476	0.186	136	0.1543	2668	X-RAY DIFFRACTION	95
2.476-2.6671	0.1667	123	0.1585	2652	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6671-2.9354	0.1928	120	0.1546	2660	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9354-3.3598	0.1833	145	0.154	2616	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3598-4.2317	0.1704	147	0.1362	2596	X-RAY DIFFRACTION	90
4.2317-33.8307	0.1794	142	0.1481	2630	X-RAY DIFFRACTION	87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4417	0.1813	0.5403	5.0493	0.2359	5.0153	-0.0296	0.7217	-0.8329	-0.3803	0.0595	-0.0872	0.6149	0.388	0.0093	0.201	0.0463	0.0123	0.1885	-0.0531	0.2801	23.3045	-25.7752	-14.474
2	2.4303	0.7468	0.6341	2.9226	0.6562	4.0634	-0.1203	0.667	-0.2001	-0.6093	-0.1197	0.2661	-0.0022	-0.2044	0.2414	0.2181	0.0195	-0.0327	0.3003	-0.0772	0.185	18.591	-19.589	-23.1096
3	1.7534	0.0611	0.4373	2.5485	-1.0186	2.9468	0.0391	0.1162	-0.3648	-0.0945	0.0062	0.0443	0.1662	0.0423	-0.024	0.0786	-0.0026	0.0069	0.0771	-0.0073	0.1684	14.5169	-19.796	-10.5219
4	1.6707	0.3178	-0.1019	1.3418	-0.123	0.8381	-0.0168	-0.0155	-0.0908	-0.0483	0.0073	0.0144	0.0582	0.0112	0.0046	0.0737	0.006	0.0055	0.0694	0.0091	0.0759	15.1264	-5.1412	-11.6081
5	1.5316	-0.3932	0.306	2.4113	-0.3717	1.5726	0.0586	0.1447	-0.0783	-0.2414	-0.0759	-0.1535	0.0913	0.0557	0.0057	0.0801	-0.0002	0.034	0.12	-0.0088	0.1003	27.868	-4.4811	-19.5617
6	4.4296	-0.1741	0.311	5.7456	-1.9121	6.3184	0.1697	0.6309	0.168	-0.4905	-0.2174	-0.2529	-0.1124	0.2723	0.0793	0.1159	0.0259	0.0542	0.1769	0.0247	0.1496	33.4913	-1.3424	-23.236
7	5.2105	2.6744	-1.6707	3.0284	0.6092	4.8421	-0.1117	0.5289	0.7769	-0.135	0.2312	0.264	-0.5682	-0.0432	-0.2117	0.2144	0.0494	-0.0013	0.1335	0.0301	0.2454	6.2026	38.1769	-17.1916
8	4.773	0.2719	-1.9832	2.764	0.7855	6.5644	-0.0076	0.3635	0.1681	-0.3858	-0.0401	-0.2322	-0.1276	0.167	-0.0022	0.1577	0.0252	0.0264	0.1175	0.0403	0.1159	11.0674	31.0968	-20.3868
9	3.2044	-0.6375	-1.5621	3.4262	0.5593	3.4654	0.0522	-0.07	0.1847	0.1575	-0.0651	-0.0182	-0.2509	0.0202	-0.0024	0.1277	-0.0022	-0.0102	0.0892	-0.0058	0.0625	12.0311	32.4716	-9.0742
10	1.4652	0.1487	0.2219	1.2767	-0.0956	0.9804	-0.0105	0.039	0.0888	-0.0526	0.0192	0.0095	-0.0435	-0.0785	-0.0079	0.0986	0.0065	0.011	0.1032	0.0112	0.0844	8.6845	17.4691	-16.4475
11	5.7729	-3.4229	-2.6966	6.7118	1.826	6.413	0.1628	0.6903	-0.2171	-0.7696	-0.2872	0.2434	0.3004	-0.2104	0.1221	0.225	0.0063	-0.0466	0.2272	0.0259	0.1045	-0.0276	14.1355	-31.0229

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 40 through 57 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 58 through 70 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 71 through 118 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 119 through 212 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 213 through 255 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 256 through 269 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 42 through 57 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 58 through 82 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 83 through 118 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 119 through 255 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 256 through 269 )

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