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- PDB-6mgj: Crystal structure of the catalytic domain from GH74 enzyme PoGH74... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mgj
タイトルCrystal structure of the catalytic domain from GH74 enzyme PoGH74 from Paenibacillus odorifer, apoenzyme
要素Xyloglucanase
キーワードHYDROLASE / GLYCOSYLHYDROLASE / FAMILY GH74 / XYLOGLUCANASE
機能・相同性
機能・相同性情報


xyloglucan metabolic process / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / cellulose binding / polysaccharide catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Carbohydrate binding X2 domain / Carbohydrate binding domain X2 / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase ...: / Carbohydrate binding X2 domain / Carbohydrate binding domain X2 / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Immunoglobulin E-set / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PE3 / PHOSPHATE ION / Xyloglucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus odorifer (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Nocek, B. / Arnal, G. / Brumer, H. / Savchenko, A.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)Industrial Biocatalysis Network カナダ
引用ジャーナル: Biochem. J. / : 2018
タイトル: Structural enzymology reveals the molecular basis of substrate regiospecificity and processivity of an exemplar bacterial glycoside hydrolase family 74endo-xyloglucanase.
著者: Arnal, G. / Stogios, P.J. / Asohan, J. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Brumer, H.
履歴
登録2018年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xyloglucanase
B: Xyloglucanase
C: Xyloglucanase
D: Xyloglucanase
E: Xyloglucanase
F: Xyloglucanase
G: Xyloglucanase
H: Xyloglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)659,50167
ポリマ-648,2198
非ポリマー11,28259
173,6479639
1
A: Xyloglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,15013
ポリマ-81,0271
非ポリマー2,12312
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Xyloglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8956
ポリマ-81,0271
非ポリマー8685
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Xyloglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7794
ポリマ-81,0271
非ポリマー7513
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Xyloglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1508
ポリマ-81,0271
非ポリマー1,1227
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Xyloglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,51512
ポリマ-81,0271
非ポリマー1,48811
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Xyloglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0847
ポリマ-81,0271
非ポリマー2,0566
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Xyloglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6908
ポリマ-81,0271
非ポリマー1,6627
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Xyloglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,2399
ポリマ-81,0271
非ポリマー1,2128
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)239.094, 226.674, 187.224
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.07, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1438-

HOH

21C-1855-

HOH

31F-1246-

HOH

41F-1514-

HOH

51F-2044-

HOH

61G-1566-

HOH

71G-1922-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Xyloglucanase


分子量: 81027.398 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus odorifer (バクテリア)
遺伝子: BSK60_29080 / プラスミド: p15TV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1R0YRH0

-
非ポリマー , 6種, 9698分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / : Mg
#3: 化合物
ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略)


分子量: 634.751 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / : C28H58O15
#4: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9639 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細The sequence of xyloglucanase is from GenBank: AIQ73809

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.9, 0.2 M sodium acetate, 25% PEG 8000, 0.1 M glucose, 10 mM xylose

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 613090 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 12.33
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.704 / Num. unique obs: 30562 / CC1/2: 0.758 / Rpim(I) all: 0.315 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3092: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CN3
解像度: 2→39.776 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1765 3538 0.33 %RANDOM
Rwork0.1489 ---
obs0.149 601755 87.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.776 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数45280 0 412 9639 55331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00447054
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74164232
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.00216286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0516855
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048267
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.02740.2698890.222726452X-RAY DIFFRACTION55
2.0274-2.05640.2545920.212228582X-RAY DIFFRACTION59
2.0564-2.08710.22261000.208530093X-RAY DIFFRACTION62
2.0871-2.11970.21341060.202732047X-RAY DIFFRACTION66
2.1197-2.15440.23671160.196934009X-RAY DIFFRACTION70
2.1544-2.19160.20351200.192136057X-RAY DIFFRACTION75
2.1916-2.23140.21941270.190838138X-RAY DIFFRACTION79
2.2314-2.27430.21681350.190339846X-RAY DIFFRACTION83
2.2743-2.32070.20631430.186141345X-RAY DIFFRACTION85
2.3207-2.37120.23041420.184342999X-RAY DIFFRACTION89
2.3712-2.42630.20931540.181345814X-RAY DIFFRACTION95
2.4263-2.4870.1891580.174846658X-RAY DIFFRACTION97
2.487-2.55430.20631580.165347332X-RAY DIFFRACTION98
2.5543-2.62940.20281560.163647613X-RAY DIFFRACTION99
2.6294-2.71420.16751580.161147766X-RAY DIFFRACTION99
2.7142-2.81120.17551580.158847682X-RAY DIFFRACTION99
2.8112-2.92380.18241570.155347620X-RAY DIFFRACTION98
2.9238-3.05680.19181600.152947554X-RAY DIFFRACTION98
3.0568-3.21790.17191580.148648103X-RAY DIFFRACTION100
3.2179-3.41940.17721570.138948171X-RAY DIFFRACTION100
3.4194-3.68320.17971630.124548030X-RAY DIFFRACTION99
3.6832-4.05350.1361570.117847911X-RAY DIFFRACTION99
4.0535-4.63930.12581590.107247672X-RAY DIFFRACTION99
4.6393-5.84210.13771580.111548253X-RAY DIFFRACTION100
5.8421-39.78430.16641570.15547428X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.480.17780.08410.50850.10510.50120.0262-0.08250.04940.0216-0.02210.0761-0.0129-0.0871-0.00450.1492-0.01840.00560.192-0.00390.1687-75.458828.626255.8283
21.2747-0.19540.6650.5693-0.25811.58630.0968-0.1189-0.11140.0165-0.01070.1690.1089-0.3761-0.06850.1598-0.0566-0.0250.25510.00390.1975-95.961110.4384233.3736
30.38290.1227-0.03970.4804-0.03620.6566-0.02620.0276-0.041-0.0470.0263-0.01760.03320.0208-0.00220.1496-0.01710.00730.1233-0.00670.142-40.809816.0059226.2866
40.38170.1998-0.21.1334-0.38260.4504-0.09410.0675-0.1256-0.16790.0399-0.07230.1691-0.00310.04970.2212-0.04050.0370.1492-0.01110.2184-56.2593-14.9385234.4874
50.6507-0.0839-0.05260.50480.01150.59960.02670.11870.0888-0.1226-0.0458-0.0309-0.03660.07220.01670.1740.01250.0080.17460.01890.1585-71.436-52.9982233.5919
60.41-0.0101-0.1660.6998-0.36211.3306-0.00260.0581-0.0954-0.1592-0.07-0.020.20310.09390.0760.2090.03940.01210.1605-0.01550.1756-69.3684-74.3964234.5061
71.2918-0.91030.19811.4256-0.31660.4732-0.0392-0.083-0.09640.06880.03830.12270.066-0.033-0.00430.1582-0.00070.01070.15650.00220.1514-80.3534-64.6653253.811
81.5620.09140.05390.77760.08580.6847-0.00540.09050.0968-0.1314-0.07250.2199-0.0667-0.17610.07050.17150.0492-0.04520.1979-0.02570.2499-102.0084-42.1709240.2718
90.796-0.0838-0.34790.5907-0.04540.7696-0.0349-0.0954-0.04380.10520.0001-0.03770.11930.08860.03390.19070.0270.0050.16940.03470.1666-132.95314.3786213.339
100.8873-0.0939-0.18950.6501-0.08841.82320.02010.08020.07130.04410.05020.08560.0013-0.2362-0.06340.18430.01110.02650.22750.04560.2239-152.11610.3778205.4329
110.9743-0.7069-0.09721.683-0.16650.6350.03230.2281-0.0257-0.1713-0.04980.00210.101-0.01830.01910.19620.02530.01230.22840.02440.1651-133.51174.0929188.2376
120.83970.2808-0.48461.14810.23321.1256-0.2115-0.0315-0.36210.09020.0015-0.09590.38710.06670.16790.37950.10140.09650.19460.03810.3554-120.3221-23.956200.3737
130.6109-0.1959-0.07310.55550.06210.685-0.0265-0.10320.0410.10840.0686-0.0348-0.05330.0585-0.04320.19430.02050.020.192-0.00140.1681-35.116-62.8313197.4909
140.32540.0039-0.13471.1414-0.01330.79230.0519-0.03680.18630.00380.05260.0331-0.4036-0.0197-0.09840.36960.03030.0620.18310.01710.2336-46.7088-35.8969177.9285
150.9577-0.29060.07521.3108-0.1470.81670.0705-0.18430.05650.0354-0.021-0.0516-0.12140.072-0.050.1456-0.0280.02270.2099-0.04010.0997-112.3719-66.9247186.5993
160.62830.0824-0.12640.591-0.16020.72830.0793-0.18710.08470.0822-0.03430.007-0.08190.0758-0.04370.1698-0.04250.0150.2543-0.03320.1704-118.6692-72.844198.7461
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212.73040.75250.09763.2063-2.13754.37860.0485-0.149-0.34630.0365-0.1233-0.11550.18360.09820.0750.0930.00830.02880.2367-0.01010.2021-80.9639-82.7202181.2494
220.55850.22230.89152.45181.15011.80280.0322-0.2023-0.0480.1226-0.0013-0.12480.09540.1486-0.03940.1613-0.0375-0.00440.40480.04140.2376-74.0609-77.3214189.7341
233.146-0.72220.12690.43130.30530.50340.0545-0.5346-0.20250.1705-0.1576-0.0031-0.01290.16630.13390.2159-0.0899-0.01630.4317-0.0180.1935-80.7346-70.6671198.2006
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250.6126-0.2412-0.24120.52210.04820.87470.05680.01160.0234-0.0777-0.0474-0.0451-0.00990.1142-0.00670.1340.0137-0.00550.210.01630.1404-107.54822.4681166.0884
261.5053-0.58640.28190.6999-0.24731.1239-0.0367-0.28320.03030.1480.0637-0.0422-0.0720.1121-0.02320.14360.0012-0.00190.25440.00160.1402-113.316924.1389188.4154
272.9104-0.86780.44861.07810.1130.6253-0.115-0.25310.32680.14840.0896-0.2764-0.12490.55780.04350.2919-0.0025-0.0660.7489-0.04470.3036-83.029220.2036201.6203
281.7936-0.12140.56790.64250.42860.7698-0.1061-0.2679-0.24150.03790.0433-0.15580.21410.49840.02450.24390.15330.01040.59020.09830.2672-85.88291.3273188.6249
290.4368-0.0559-0.08981.4917-0.05530.8605-0.0091-0.00370.02750.17230.02060.1774-0.0451-0.0854-0.01140.18880.00920.03440.12820.00130.1785-83.0938-43.5899281.1765
300.699-0.3439-0.13351.07160.03010.431-0.0716-0.13090.00970.37090.0519-0.00860.01440.03350.02090.34020.0207-0.01350.1718-0.00130.1636-69.8324-54.4752295.2889
311.8313-1.69731.06023.3798-1.74552.38230.00320.08630.1301-0.0494-0.0629-0.37740.03490.21740.0610.16840.01120.00630.1304-0.01150.1954-56.249-55.1494271.731
320.1825-0.30860.06892.857-0.70440.27790.01770.044-0.0007-0.0639-0.0583-0.09410.02750.05950.03890.18870.00740.01380.1383-0.00170.1733-67.841-45.1872268.5838
331.2239-0.1149-0.43352.09580.43971.1729-0.0258-0.1311-0.00950.1633-0.0309-0.2394-0.07920.14850.05740.2135-0.0294-0.02860.13880.0330.2062-61.8579-14.9211269.1101
340.42960.2618-0.27591.7742-0.44980.92810.015-0.01430.14090.18240.02110.183-0.1667-0.086-0.02980.18770.02850.01820.1108-0.00110.2031-84.143-18.5661272.3881
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 446 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 447 through 745 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid -1 through 406 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 407 through 745 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid -1 through 167 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 168 through 312 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 313 through 446 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 447 through 745 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid -1 through 167 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 168 through 312 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 313 through 466 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 467 through 745 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid -1 through 406 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 407 through 745 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid -1 through 39 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 40 through 167 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 168 through 312 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 313 through 361 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 362 through 446 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 447 through 500 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 501 through 545 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 546 through 589 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 590 through 637 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 638 through 745 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid -1 through 312 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 313 through 471 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 472 through 609 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 610 through 745 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid -1 through 110 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'H' and (resid 111 through 312 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'H' and (resid 313 through 361 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 362 through 466 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'H' and (resid 467 through 609 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'H' and (resid 610 through 745 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る