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万見
- PDB-6mge: Structure of human 4-1BBL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mge
タイトルStructure of human 4-1BBL
要素Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
キーワードIMMUNE SYSTEM / Signaling / TNF ligand / Trimer / 4-1BBL / CD137L
機能・相同性
機能・相同性情報


tumor necrosis factor receptor superfamily binding / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell proliferation / cytokine activity / cell-cell signaling / regulation of apoptotic process / immune response ...tumor necrosis factor receptor superfamily binding / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell proliferation / cytokine activity / cell-cell signaling / regulation of apoptotic process / immune response / signaling receptor binding / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls ...Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Kimberlin, C.R. / Chin, S.M. / Roe-Zurz, Z. / Xu, A. / Yang, Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure of the 4-1BB/4-1BBL complex and distinct binding and functional properties of utomilumab and urelumab.
著者: Chin, S.M. / Kimberlin, C.R. / Roe-Zurz, Z. / Zhang, P. / Xu, A. / Liao-Chan, S. / Sen, D. / Nager, A.R. / Oakdale, N.S. / Brown, C. / Wang, F. / Yang, Y. / Lindquist, K. / Yeung, Y.A. / ...著者: Chin, S.M. / Kimberlin, C.R. / Roe-Zurz, Z. / Zhang, P. / Xu, A. / Liao-Chan, S. / Sen, D. / Nager, A.R. / Oakdale, N.S. / Brown, C. / Wang, F. / Yang, Y. / Lindquist, K. / Yeung, Y.A. / Salek-Ardakani, S. / Chaparro-Riggers, J.
履歴
登録2018年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3809
ポリマ－65,8133
非ポリマー5676
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5710 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area18370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.910, 118.910, 105.494
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 / 4-1BB ligand / 4-1BBL


分子量: 21937.758 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFSF9 / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): HighFive / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P41273
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 8% w/v PEG 8000, 100mM Tris 8.5 / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→46.95 Å / Num. obs: 17937 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.25
反射 シェル解像度: 2.95→3.056 Å / 冗長度: 10.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1796 / CC1/2: 0.34 / % possible all: 99.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2x29

2x29


解像度: 2.95→46.947 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2465 925 5.17 %
Rwork0.1943 --
obs0.1971 17900 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 206.61 Å2 / Biso mean: 95.5112 Å2 / Biso min: 50.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→46.947 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3298 0 31 16 3345
Biso mean--154.66 76.34 -
残基数----453
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033393
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6124631
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038542
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.8291938
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9502-3.10580.39461380.33272396253499
3.1058-3.30030.41331170.305624322549100
3.3003-3.5550.28511340.235324042538100
3.555-3.91260.27531180.191924332551100
3.9126-4.47840.20061330.163324212554100
4.4784-5.64080.21311420.154524332575100
5.6408-46.95270.23591430.193924562599100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.42341.7579-0.95064.52820.74682.8959-0.10720.3002-0.2119-0.02780.0734-0.0961-0.0540.05190.07740.5133-0.0219-0.07240.73130.01760.5581-20.584161.7614-8.3609
25.197-1.7995-1.39373.40931.08143.2772-0.0032-0.1460.12320.20750.06950.0139-0.25630.1998-0.10360.7456-0.0887-0.01790.7987-0.0170.6375-3.124874.05110.6577
32.8110.37362.70022.8772-0.96376.10410.0453-0.4251-0.15980.4072-0.06430.11510.1529-0.430.01010.664-0.03990.06680.7439-0.06450.6572-20.749268.582414.3207
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA89 - 242
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB90 - 244
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC90 - 242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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