PDB-6mgc: Escherichia coli KpsC, N-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mgc

タイトル

Escherichia coli KpsC, N-terminal domain

要素

Capsule polysaccharide export protein KpsC

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltransferase / cytosine monophosphate

機能・相同性

Capsule polysaccharide biosynthesis / Capsule polysaccharide biosynthesis protein / polysaccharide transport / polysaccharide biosynthetic process / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Capsule polysaccharide export protein KpsC

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli O1:K1 / APEC (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Doyle, L. / Mallette, E. / Kimber, M.S.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Biosynthesis of a conserved glycolipid anchor for Gram-negative bacterial capsules.
著者: Doyle, L. / Ovchinnikova, O.G. / Myler, K. / Mallette, E. / Huang, B.S. / Lowary, T.L. / Kimber, M.S. / Whitfield, C.

履歴

登録	2018年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.4	2019年5月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.5	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mgc.cif.gz	202 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mgc.ent.gz	163 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mgc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6mgc_validation.pdf.gz	775 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mgc_full_validation.pdf.gz	777.7 KB	表示
XML形式データ	6mgc_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	6mgc_validation.cif.gz	24.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/6mgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/6mgc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mgbC 6mgdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3b4n-2 6smb-1 1o8g-d 6e2u-d 1o8m-d 5yw4-d 1o8e-d 3soc-1 1o8i-d 1air-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Capsule polysaccharide export protein KpsC

ヘテロ分子

40.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.220, 64.580, 77.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Capsule polysaccharide export protein KpsC 分子量: 40226.953 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 2-352) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli O1:K1 / APEC (大腸菌) 遺伝子: kpsC, APECO1_3478 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2Z2W8
#2: 化合物	ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP 分子量: 323.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₃O₈P
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.25 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 19% v/v PEG3350, 15 mg/mL protein with 1 mM CMP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月20日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 64850 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.06264 / R_pim(I) all: 0.02679 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 1.35→1.39 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / CC_1/2: 0.895 / R_pim(I) all: 0.33 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.35→46.568 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.73

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1738	3241	5 %
R_work	0.1554	-	-
obs	0.1563	64806	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→46.568 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2478	0	27	262	2767

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2608
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.979	3569
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.138	956
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.121	400
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	460

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.3702	0.3138	138	0.2999	2629	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3702-1.3916	0.3032	136	0.2792	2614	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3916-1.4144	0.2748	140	0.2516	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4144-1.4388	0.2438	139	0.2186	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4388-1.465	0.2088	139	0.2052	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
1.465-1.4931	0.1989	141	0.1856	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4931-1.5236	0.2062	138	0.1828	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5236-1.5567	0.1977	140	0.172	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5567-1.593	0.1952	139	0.1643	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.593-1.6328	0.1701	140	0.1569	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6328-1.6769	0.2148	140	0.1615	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6769-1.7263	0.1781	140	0.1535	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7263-1.782	0.1953	139	0.1558	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.782-1.8457	0.1819	142	0.1496	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8457-1.9196	0.1928	140	0.1565	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9196-2.007	0.1531	141	0.1564	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.007-2.1128	0.1571	142	0.1508	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1128-2.2452	0.1744	142	0.1428	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2452-2.4185	0.177	141	0.1455	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4185-2.6619	0.1547	143	0.1452	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6619-3.047	0.172	143	0.156	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.047-3.8386	0.1662	145	0.1485	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8386-46.5958	0.1616	153	0.1494	2891	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1414	2.2651	-2.1397	3.7479	-0.1203	2.9244	0.5067	-0.2738	0.3207	0.99	-0.1637	0.2582	-0.4104	0.0784	-0.1968	0.3922	-0.0279	0.0351	0.2446	-0.0065	0.195	-5.2816	37.4522	39.6477
2	2.9582	1.2744	-2.4061	3.4032	-0.3335	4.5382	0.1807	0.0744	0.0432	0.3586	0.0546	0.446	-0.2593	-0.5479	-0.0615	0.237	0.0229	0.0555	0.2471	0.0459	0.193	-13.2562	30.988	37.6835
3	3.6221	1.1586	-1.6996	3.2885	-0.5358	2.9921	-0.175	-0.1033	-0.4903	0.2282	0.0438	-0.0595	0.0556	-0.1975	0.0182	0.2377	0.0019	-0.0009	0.2045	0.0097	0.1711	-4.0102	29.5069	32.7065
4	1.6337	0.5869	-1.091	3.1562	0.1612	3.4343	0.0287	-0.1361	-0.1368	0.1772	0.0007	0.0375	0.0378	-0.0108	-0.0603	0.1504	0.0111	0.0007	0.1322	0.0109	0.139	0.3351	31.8578	25.0083
5	4.7281	-1.616	1.6747	2.9413	-1.0524	1.595	0.0375	0.2113	0.3963	-0.0751	-0.1957	-0.6592	-0.1064	0.348	0.0974	0.2166	-0.0226	0.0347	0.2127	0.0298	0.3139	12.1541	44.0257	16.6547
6	1.6288	0.2386	0.1613	2.2183	0.1428	1.1781	-0.1038	-0.1888	0.2603	0.1231	-0.0464	-0.4971	0.0135	0.3351	0.0853	0.1831	0.0093	-0.0612	0.2429	0.0326	0.345	15.8804	23.3364	25.8728
7	2.4178	-0.1053	-0.7204	2.369	-0.1426	1.9939	-0.0328	0.0018	-0.3013	-0.028	-0.1145	-0.7809	0.1995	0.4154	0.1067	0.2228	0.0542	0.0252	0.2528	0.0421	0.4163	19.3682	14.8027	20.4829
8	6.3604	1.6229	-1.206	1.3155	-2.4356	5.5056	-0.4911	-0.6964	-0.1765	0.4769	-0.3731	-1.2216	0.417	0.9187	0.369	0.3053	0.1	-0.0448	0.3604	0.1624	0.5948	21.0629	12.8333	28.4615
9	1.6343	-0.3801	-0.1938	3.2106	-0.0047	1.0581	0.0416	0.0355	-0.0402	-0.1747	-0.0787	-0.4767	0.012	0.1768	0.0364	0.1903	0.0023	0.037	0.1881	0.0185	0.2212	11.9461	27.2128	15.9352
10	3.2302	-0.1222	0.4046	2.2182	0.3012	2.551	-0.0121	-0.4263	0.2293	0.4618	0.014	-0.6292	-0.3825	0.4547	0.0036	0.3241	-0.0671	-0.1198	0.2996	-0.0217	0.3089	12.2176	43.939	32.0521

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 45 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 46 through 75 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 76 through 108 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 109 through 129 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 130 through 169 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 170 through 198 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 199 through 218 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 219 through 294 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 295 through 323 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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