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- PDB-6mgb: Thermosulfurimonas dismutans KpsC, beta Kdo 2,4 transferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mgb
タイトルThermosulfurimonas dismutans KpsC, beta Kdo 2,4 transferase
要素Capsular polysaccharide export system protein KpsC
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase / cytosine monophosphate
機能・相同性Capsule polysaccharide biosynthesis / Capsule polysaccharide biosynthesis protein / polysaccharide transport / polysaccharide biosynthetic process / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Capsular polysaccharide export system protein KpsC
機能・相同性情報
生物種Thermosulfurimonas dismutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Doyle, L. / Mallette, E. / Kimber, M.S. / Whitfield, C.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)04045-2015 カナダ
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Biosynthesis of a conserved glycolipid anchor for Gram-negative bacterial capsules.
著者: Doyle, L. / Ovchinnikova, O.G. / Myler, K. / Mallette, E. / Huang, B.S. / Lowary, T.L. / Kimber, M.S. / Whitfield, C.
履歴
登録2018年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32019年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsular polysaccharide export system protein KpsC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6974
ポリマ－37,3141
非ポリマー3833
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area15460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.020, 65.540, 121.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Capsular polysaccharide export system protein KpsC / KpsC-N beta(2 / 4) Kdo-transferase


分子量: 37314.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosulfurimonas dismutans (バクテリア)
遺伝子: TDIS_2046 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A179D1D1
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP


分子量: 323.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.0, 10% v/v PEG8000, 10 mg/mL protein with 1 mM CMP, 50 mM L-Arg

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月27日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 37637 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / Num. unique obs: 2738 / CC1/2: 0.73 / Rsym value: 0.84 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→46.23 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2128 1414 3.76 %
Rwork0.1827 --
obs0.1838 37635 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2601 0 23 271 2895
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022785
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5423783
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.331685
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044397
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003487
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.86430.26761390.26443561X-RAY DIFFRACTION100
1.8643-1.9390.27371390.23623567X-RAY DIFFRACTION100
1.939-2.02720.26781400.2143578X-RAY DIFFRACTION100
2.0272-2.13410.2391390.19663564X-RAY DIFFRACTION100
2.1341-2.26780.1951410.1813612X-RAY DIFFRACTION100
2.2678-2.44290.22041400.18883588X-RAY DIFFRACTION100
2.4429-2.68870.22791410.19143612X-RAY DIFFRACTION100
2.6887-3.07770.24921420.19273636X-RAY DIFFRACTION100
3.0777-3.87730.20711440.17223690X-RAY DIFFRACTION100
3.8773-46.24560.1781490.16443813X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 66.1441 Å / Origin y: 67.3301 Å / Origin z: 148.8584 Å
111213212223313233
T0.2253 Å20.0067 Å20.0033 Å2-0.25 Å2-0.0093 Å2--0.2473 Å2
L0.2669 °2-0.0816 °20.3109 °2-0.6487 °2-0.0664 °2--0.6494 °2
S0.0429 Å °-0.0054 Å °-0.0617 Å °0.0117 Å °-0.0429 Å °-0.0006 Å °-0.0197 Å °-0.061 Å °-0.0004 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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