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万見
- PDB-6mds: Crystal structure of Streptococcus pyogenes endo-beta-N-acetylglu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mds
タイトルCrystal structure of Streptococcus pyogenes endo-beta-N-acetylglucosaminidase (EndoS2) with complex biantennary glycan
要素Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / endo-beta-N-acetylglucosaminidase S2 / endoglycosidase S2 / EndoS2
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / evasion of host immune response / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Leucine-rich repeat domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-beta-N-acetylglucosaminidase EndoS2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Klontz, E.H. / Trastoy, B. / Orwenyo, J. / Wang, L.X. / Guerin, M.E. / Sundberg, E.J.
引用ジャーナル: ACS Cent Sci / 年: 2019
タイトル: Molecular Basis of Broad SpectrumN-Glycan Specificity and Processing of Therapeutic IgG Monoclonal Antibodies by Endoglycosidase S2.
著者: Klontz, E.H. / Trastoy, B. / Deredge, D. / Fields, J.K. / Li, C. / Orwenyo, J. / Marina, A. / Beadenkopf, R. / Gunther, S. / Flores, J. / Wintrode, P.L. / Wang, L.X. / Guerin, M.E. / Sundberg, E.J.
履歴
登録2018年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
B: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,7216
ポリマ－181,7652
非ポリマー2,9574
水7,566420
1
A: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3613
ポリマ－90,8821
非ポリマー1,4782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3613
ポリマ－90,8821
非ポリマー1,4782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.378, 105.514, 259.768
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 46 and (name O or name...
21(chain B and ((resid 46 and (name N or name...
12chain C
22chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRTHRTHR(chain A and ((resid 46 and (name O or name...AA464
121THRTHRARGARG(chain A and ((resid 46 and (name O or name...AA46 - 8324 - 790
131THRTHRARGARG(chain A and ((resid 46 and (name O or name...AA46 - 8324 - 790
141THRTHRARGARG(chain A and ((resid 46 and (name O or name...AA46 - 8324 - 790
151THRTHRARGARG(chain A and ((resid 46 and (name O or name...AA46 - 8324 - 790
161THRTHRARGARG(chain A and ((resid 46 and (name O or name...AA46 - 8324 - 790
211THRTHRTHRTHR(chain B and ((resid 46 and (name N or name...BB464
221THRTHRARGARG(chain B and ((resid 46 and (name N or name...BB46 - 8324 - 790
231THRTHRARGARG(chain B and ((resid 46 and (name N or name...BB46 - 8324 - 790
241THRTHRARGARG(chain B and ((resid 46 and (name N or name...BB46 - 8324 - 790
251THRTHRARGARG(chain B and ((resid 46 and (name N or name...BB46 - 8324 - 790
261THRTHRARGARG(chain B and ((resid 46 and (name N or name...BB46 - 8324 - 790
112NAGNAGGALGALchain CCC1 - 8
212NAGNAGGALGALchain DDD1 - 8

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Endo-beta-N-acetylglucosaminidase / EndoS2


分子量: 90882.273 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 44-843 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: ndoS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T1WGN1
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1438.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-3-1-4-3-1-4/a4-b1_b3-c1_b6-f1_c2-d1_d4-e1_f2-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.14 % / 解説: Thin plate
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.2 M sodium citrate tribasic, 0.1 M sodium citrate, pH 4, 20% w/v PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月1日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→39.712 Å / Num. obs: 75988 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.174 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.5-2.554.11.11546630.4620.5861.26993.7
12.5-39.714.30.0435600.9970.0220.04976.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6E58

6e58


解像度: 2.5→39.712 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2418 3796 5 %
Rwork0.193 --
obs0.1955 75877 88.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.55 Å2 / Biso mean: 48.6985 Å2 / Biso min: 22.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→39.712 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12459 0 198 420 13077
Biso mean--66.38 47.06 -
残基数----1574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00912904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20417476
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651966
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0367751
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7168X-RAY DIFFRACTION7.139TORSIONAL
12B7168X-RAY DIFFRACTION7.139TORSIONAL
21A136X-RAY DIFFRACTION7.139TORSIONAL
22B136X-RAY DIFFRACTION7.139TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5001-2.53170.33431320.29862734286692
2.5317-2.5650.36241400.29462806294693
2.565-2.60010.34481430.28992730287392
2.6001-2.63730.37731420.29532769291192
2.6373-2.67660.34741330.28562696282991
2.6766-2.71840.33761560.27562737289392
2.7184-2.7630.34871510.27042701285291
2.763-2.81060.31511420.26812687282990
2.8106-2.86170.35361400.25752736287691
2.8617-2.91680.2971330.2542729286291
2.9168-2.97630.31611600.25692720288091
2.9763-3.0410.33151490.24632694284391
3.041-3.11170.25641540.23022693284790
3.1117-3.18950.32521570.23252701285890
3.1895-3.27570.26161410.21832700284190
3.2757-3.3720.27531550.20922660281589
3.372-3.48080.24791410.21042581272286
3.4808-3.60510.25261440.19652648279288
3.6051-3.74930.20411620.17682635279788
3.7493-3.91980.23541260.16762635276187
3.9198-4.12630.20651320.15132627275987
4.1263-4.38450.17141120.14322664277687
4.3845-4.72250.17071230.13542571269484
4.7225-5.19690.1721340.13762613274785
5.1969-5.94670.19471210.1572602272384
5.9467-7.4840.21511210.16882491261280
7.484-39.7170.16561520.1452521267378

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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