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万見
- PDB-6mci: Solution structure of 7SK stem-loop 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mci
タイトルSolution structure of 7SK stem-loop 1
要素7SK RNA
キーワードRNA / Transcription
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Pham, V.V. / D'Souza, V.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103297-01 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)55108516 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: HIV-1 Tat interactions with cellular 7SK and viral TAR RNAs identifies dual structural mimicry.
著者: Pham, V.V. / Salguero, C. / Khan, S.N. / Meagher, J.L. / Brown, W.C. / Humbert, N. / de Rocquigny, H. / Smith, J.L. / D'Souza, V.M.
履歴
登録2018年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7SK RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3591
ポリマ－18,3591
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, Used binding with the Tat and HEXIM RNA Binding domains to determine NMR buffer conditions to solve this structure at, SAXS, From the bound 7SK:Tat RNA ...根拠: isothermal titration calorimetry, Used binding with the Tat and HEXIM RNA Binding domains to determine NMR buffer conditions to solve this structure at, SAXS, From the bound 7SK:Tat RNA binding domain structure, saw that the SAXS envelopes between the 2 complexes did not differ significantly so the bound structure guided the final free structure.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10090 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: RNA鎖 7SK RNA


分子量: 18358.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
122isotropic12D 1H-15N HSQC
133isotropic12D 1H-13C HSQC
144isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM 7SK RNA, 10mM Phosphate, 70mM NaCl, 0.1mM EDTA, 90%H2O/10%D2O7SK RNA-190% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-13C; U-15N] 7SK RNA, 10mM Phosphate, 70mM NaCl, 0.1mM EDTA, 90%H2O/10%D2O7SK RNA-290% H2O/10% D2O
solution40.5 mM 7SK RNA, 10mM Phosphate, 70mM NaCl, 0.1mM EDTA, 100% D2O7SK RNA-4100% D2O
solution30.5 mM [U-13C; U-15N] 7SK RNA, 10mM Phosphate, 70mM NaCl, 0.1mM EDTA, 100% D2O7SK RNA-3100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mM7SK RNAnatural abundance1
0.5 mM7SK RNA[U-13C; U-15N]2
0.5 mM7SK RNAnatural abundance4
0.5 mM7SK RNA[U-13C; U-15N]3
試料状態イオン強度: 10mM Phosphate, 70mM NaCl mM / Label: 7SK Buffer / pH: 5.4 / 圧: 100000 Pa / 温度: 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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