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- PDB-6mbw: Structure of Transcription Factor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mbw
タイトルStructure of Transcription Factor
要素Signal transducer and activator of transcription 5B
キーワードTRANSCRIPTION ACTIVATOR / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


development of secondary female sexual characteristics / natural killer cell proliferation / development of secondary male sexual characteristics / mast cell migration / positive regulation of natural killer cell differentiation / taurine metabolic process / negative regulation of erythrocyte differentiation / response to interleukin-2 / response to interleukin-15 / response to interleukin-4 ...development of secondary female sexual characteristics / natural killer cell proliferation / development of secondary male sexual characteristics / mast cell migration / positive regulation of natural killer cell differentiation / taurine metabolic process / negative regulation of erythrocyte differentiation / response to interleukin-2 / response to interleukin-15 / response to interleukin-4 / luteinization / myeloid cell apoptotic process / regulation of epithelial cell differentiation / natural killer cell differentiation / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / progesterone metabolic process / gamma-delta T cell differentiation / positive regulation of gamma-delta T cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / nuclear glucocorticoid receptor binding / STAT5 Activation / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / Peyer's patch development / Erythropoietin activates STAT5 / lipid storage / erythropoietin-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of multicellular organism growth / Interleukin-15 signaling / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Signaling by Leptin / Interleukin-2 signaling / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of B cell differentiation / Interleukin-20 family signaling / natural killer cell mediated cytotoxicity / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / Prolactin receptor signaling / T cell homeostasis / positive regulation of natural killer cell proliferation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of multicellular organism growth / Growth hormone receptor signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of interleukin-2 production / cellular response to hormone stimulus / Signaling by CSF3 (G-CSF) / lactation / Signaling by FLT3 fusion proteins / positive regulation of mitotic cell cycle / Downstream signal transduction / positive regulation of erythrocyte differentiation / Interleukin-7 signaling / B cell differentiation / cellular response to epidermal growth factor stimulus / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / erythrocyte differentiation / female pregnancy / defense response / Signaling by SCF-KIT / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cellular response to growth factor stimulus / response to peptide hormone / RNA polymerase II transcription regulator complex / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of inflammatory response / T cell differentiation in thymus / response to estradiol / regulation of cell population proliferation / mitotic cell cycle / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
STAT5b, SH2 domain / STAT5a/5b / : / STAT transcription factor, DNA-binding domain / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : ...STAT5b, SH2 domain / STAT5a/5b / : / STAT transcription factor, DNA-binding domain / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / p53-like transcription factor, DNA-binding / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal transducer and activator of transcription 5B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural and functional consequences of the STAT5BN642H driver mutation.
著者: de Araujo, E.D. / Erdogan, F. / Neubauer, H.A. / Meneksedag-Erol, D. / Manaswiyoungkul, P. / Eram, M.S. / Seo, H.S. / Qadree, A.K. / Israelian, J. / Orlova, A. / Suske, T. / Pham, H.T.T. / ...著者: de Araujo, E.D. / Erdogan, F. / Neubauer, H.A. / Meneksedag-Erol, D. / Manaswiyoungkul, P. / Eram, M.S. / Seo, H.S. / Qadree, A.K. / Israelian, J. / Orlova, A. / Suske, T. / Pham, H.T.T. / Boersma, A. / Tangermann, S. / Kenner, L. / Rulicke, T. / Dong, A. / Ravichandran, M. / Brown, P.J. / Audette, G.F. / Rauscher, S. / Dhe-Paganon, S. / Moriggl, R. / Gunning, P.T.
履歴
登録2018年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal transducer and activator of transcription 5B
B: Signal transducer and activator of transcription 5B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,2392
ポリマ－131,2392
非ポリマー00
水543
1
A: Signal transducer and activator of transcription 5B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6191
ポリマ－65,6191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Signal transducer and activator of transcription 5B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6191
ポリマ－65,6191
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)134.600, 138.620, 76.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Signal transducer and activator of transcription 5B


分子量: 65619.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAT5B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P51692
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→96.57 Å / Num. obs: 21977 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 114.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.87
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
3.29-3.386.91.0382137198.4
14.71-96.575.70.037197.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Y1U

1y1u


解像度: 3.29→96.566 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3054 1150 5.23 %
Rwork0.2664 --
obs0.2684 21968 98.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.29→96.566 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7677 0 0 3 7680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027841
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62610720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.14615
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411259
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041386
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.29-3.43980.41741590.34242541X-RAY DIFFRACTION99
3.4398-3.62110.38981750.32062545X-RAY DIFFRACTION99
3.6211-3.8480.40851250.31692562X-RAY DIFFRACTION97
3.848-4.14510.34111290.27362585X-RAY DIFFRACTION99
4.1451-4.56220.34211360.26632613X-RAY DIFFRACTION99
4.5622-5.22240.29991390.24722597X-RAY DIFFRACTION97
5.2224-6.57940.34381320.30582659X-RAY DIFFRACTION99
6.5794-96.60810.22091550.22832716X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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