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万見
- PDB-6mbm: HS02 - Intragenic antimicrobial peptides derived from the protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mbm
タイトルHS02 - Intragenic antimicrobial peptides derived from the protein unconventional myosin 1h
要素Unconventional myosin-Ih peptide
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / pro-inflammatory mediators / migration of fibroblasts
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament-based movement / myosin complex / microfilament motor activity / microvillus / actin filament organization / endocytosis / actin filament binding / actin cytoskeleton / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Class I myosin tail homology domain / Class I myosin, motor domain / Unconventional myosin tail, actin- and lipid-binding / Class I myosin tail homology (TH1) domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Unconventional myosin-Ih
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Santos, M.A. / Brand, G.D. / Oliveira, A.L.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Foundation for Research Support of the Federal District - Government of BrasiliaFAP-DF: 0193.001566/2017 ブラジル
Foundation for Research Support of the Federal District - Government of BrasiliaFAP-DF: 0193.000866/2015 ブラジル
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Intragenic antimicrobial peptides (IAPs) from human proteins with potent antimicrobial and anti-inflammatory activity.
著者: Brand, G.D. / Ramada, M.H.S. / Manickchand, J.R. / Correa, R. / Ribeiro, D.J.S. / Santos, M.A. / Vasconcelos, A.G. / Abrao, F.Y. / Prates, M.V. / Murad, A.M. / Cardozo Fh, J.L. / Leite, J.R.S. ...著者: Brand, G.D. / Ramada, M.H.S. / Manickchand, J.R. / Correa, R. / Ribeiro, D.J.S. / Santos, M.A. / Vasconcelos, A.G. / Abrao, F.Y. / Prates, M.V. / Murad, A.M. / Cardozo Fh, J.L. / Leite, J.R.S.A. / Magalhaes, K.G. / Oliveira, A.L. / Bloch Jr., C.
履歴
登録2018年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Unconventional myosin-Ih peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9671
ポリマ－1,9671
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1890 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Unconventional myosin-Ih peptide / Myosin-1H


分子量: 1967.469 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 751-766 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N1T3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
141isotropic12D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 2 uM peptide, 50 uM D-98% Dodecylphosphorylcholine-d38, 10 mM PBS, 90% H2O/10% D2O
Label: HS02 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 uMpeptidenatural abundance1
50 uMDodecylphosphorylcholine-d38D-98%1
10 mMPBSnatural abundance1
試料状態イオン強度: PBS 10mM Not defined / Label: conditions_1 / pH: 7.4 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3.1Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CcpNMR2.4CCPNchemical shift assignment
CcpNMR2.4CCPNpeak picking
ARIA2.3.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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