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万見
- PDB-6may: Crystal structure of N-myristoyl transferase (NMT) G386E mutant f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6may
タイトルCrystal structure of N-myristoyl transferase (NMT) G386E mutant from Plasmodium vivax
要素Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / N-myristoyltransferase / NMT / Plasmodium vivax / Salvador I / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase ...Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRADEC-13-YNOIC ACID - COA THIOESTER / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: Structure-Guided Identification of Resistance Breaking Antimalarial N‐Myristoyltransferase Inhibitors.
著者: Schlott, A.C. / Mayclin, S. / Reers, A.R. / Coburn-Flynn, O. / Bell, A.S. / Green, J. / Knuepfer, E. / Charter, D. / Bonnert, R. / Campo, B. / Burrows, J. / Lyons-Abbott, S. / Staker, B.L. / ...著者: Schlott, A.C. / Mayclin, S. / Reers, A.R. / Coburn-Flynn, O. / Bell, A.S. / Green, J. / Knuepfer, E. / Charter, D. / Bonnert, R. / Campo, B. / Burrows, J. / Lyons-Abbott, S. / Staker, B.L. / Chung, C.W. / Myler, P.J. / Fidock, D.A. / Tate, E.W. / Holder, A.A.
履歴
登録2018年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
C: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,43715
ポリマ－141,9693
非ポリマー3,46812
水21,4021188
1
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4905
ポリマ－47,3231
非ポリマー1,1674
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3944
ポリマ－47,3231
非ポリマー1,0713
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5536
ポリマ－47,3231
非ポリマー1,2305
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.810, 120.810, 179.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase


分子量: 47323.008 Da / 分子数: 3 / 断片: PlviB.18219.a.FR21 / 変異: G386E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: PVC01_130042700, PVP01_1336100 / プラスミド: PlviB.18219.a.FR21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A1G4HIY1, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 1200分子

#2: 化合物 ChemComp-YNC / TETRADEC-13-YNOIC ACID - COA THIOESTER


分子量: 973.858 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H58N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 24% PEG 3350, 200 mM Ammonium Sulfate, 100 mM BisTris pH 6.0, 0.5mM myristoyl CoA: PlviB.18219.a.FR21.PS38348 conc 12.2mg/mL: 20eg: puck id zzu5-1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月15日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 79557 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.175 % / Biso Wilson estimate: 29.956 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 1.039 / Net I/σ(I): 15.01
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.05-2.16.2480.5723.1557770.8750.624100
2.1-2.166.2420.4693.857060.9080.512100
2.16-2.226.2660.4533.9955320.9250.495100
2.22-2.296.2420.3684.9353190.9280.402100
2.29-2.376.2430.297651870.9620.324100
2.37-2.456.2590.2457.2750380.9720.267100
2.45-2.546.2470.2148.2448730.9810.234100
2.54-2.656.2430.1829.5546730.9860.199100
2.65-2.766.2460.14611.945210.9890.159100
2.76-2.96.2170.12413.9843190.9910.136100
2.9-3.066.2030.09717.5140970.9950.105100
3.06-3.246.1470.07422.0838870.9970.08199.9
3.24-3.476.1120.05926.6636650.9970.06599.9
3.47-3.746.1320.05726.9134250.9980.062100
3.74-4.16.0780.04632.331670.9980.05100
4.1-4.585.9970.03837.4528880.9990.041100
4.58-5.2960.03538.2325700.9990.038100
5.29-6.485.9720.04133.3621850.9990.045100
6.48-9.175.8310.03138.3917230.9990.03499.9
9.17-505.2360.02443.7410050.9990.02797.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(1.14_3228: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.05→50 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2187 2024 2.54 %
Rwork0.1568 --
obs0.1583 79550 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 122.59 Å2 / Biso mean: 29.0538 Å2 / Biso min: 3.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9313 0 230 1190 10733
Biso mean--50.57 35.63 -
残基数----1136
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.05-2.10130.24291130.191754485561
2.1013-2.15810.23421560.183254975653
2.1581-2.22160.25321540.188254555609
2.2216-2.29330.30451340.199754735607
2.2933-2.37520.24761350.172154985633
2.3752-2.47030.24481500.17154505600
2.4703-2.58270.22741430.172954975640
2.5827-2.71890.24781540.168954995653
2.7189-2.88920.22861510.177455555706
2.8892-3.11220.24321430.167355125655
3.1122-3.42530.21951500.150755495699
3.4253-3.92070.19881440.141855815725
3.9207-4.93880.17521580.114256385796
4.9388-45.07170.18331390.150558746013
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.71920.02340.23490.8756-0.01752.2058-0.02050.25410.0253-0.0451-0.010.0488-0.1176-0.01570.03590.13570.0009-0.00650.1574-0.03710.18550.98-46.8406-56.1575
21.35630.3968-0.40780.63360.08840.5724-0.01830.12770.005-0.01280.032-0.0349-0.03020.0656-0.02110.12610.0081-0.01480.1639-0.00680.106424.2778-41.1856-51.1639
32.46910.2242-0.10412.4432-0.74811.355-0.1370.03220.2130.02430.0999-0.0642-0.08260.04650.03630.1204-0.0101-0.03710.1955-0.0310.181321.0538-73.95-10.3706
42.433-1.15-1.61162.462-0.64114.81350.0542-0.67440.7110.47410.4066-0.0447-0.48970.2746-0.38430.25290.01630.03890.4123-0.09090.33054.919-79.0062-1.0832
52.3777-0.15780.53853.1015-1.23932.204-0.1062-0.0176-0.06730.03020.024-0.1004-0.03230.01820.08140.0942-0.01270.00560.1668-0.02390.152517.3346-76.6775-11.6495
61.30940.08050.61260.67280.23560.6639-0.1632-0.7610.35250.16760.03190.10120.0003-0.10980.10680.25910.0527-0.00680.3832-0.0980.2438-5.0116-67.52322.4451
73.22320.3092-0.1821.22650.01780.9591-0.0975-0.06230.19560.00660.01560.1168-0.0517-0.08320.08330.1351-0.0024-0.03690.1511-0.020.1912-5.352-69.1925-10.9544
81.35380.1827-0.09131.72720.22781.0707-0.01850.08890.1391-0.13530.05060.0068-0.10450.0414-0.03490.15410.00530.00150.13520.02430.096339.0386-21.1136-15.5324
91.5113-0.53240.26560.7766-0.06980.6117-0.02580.00870.0271-0.04220.01560.0461-0.0126-0.0240.01820.1363-0.0199-0.00540.10890.01920.102415.8278-22.9386-23.0674
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 27 through 198 )A27 - 198
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 199 through 410 )A199 - 410
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 27 through 94 )B27 - 94
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 95 through 116 )B95 - 116
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 117 through 198 )B117 - 198
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 199 through 248 )B199 - 248
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 249 through 410 )B249 - 410
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 27 through 198 )C27 - 198
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 199 through 410 )C199 - 410

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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