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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6max | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Ribonuclease P protein from Thermotoga maritima in complex with purpurin | ||||||
![]() | Ribonuclease P protein component | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / HYDROLASE / P protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3'-tRNA processing endoribonuclease activity / ribonuclease P complex / tRNA 3'-end processing / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / tRNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Torres-Larios, A. / Madrigal-Carrillo, E.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A screening platform to monitor RNA processing and protein-RNA interactions in ribonuclease P uncovers a small molecule inhibitor. 著者: Madrigal-Carrillo, E.A. / Diaz-Tufinio, C.A. / Santamaria-Suarez, H.A. / Arciniega, M. / Torres-Larios, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 758.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 758.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1nz0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13824.431 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 9-117 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: rnpA, TM_1463 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-9TF / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 100 mM Sodium acetate trihydrate pH 4.8, 200 mM K2SO4, PEG 1000 12% |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.42→51.91 Å / Num. obs: 22032 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.42→1.44 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 4336 / Num. unique obs: 1066 / % possible all: 97.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1NZ0 解像度: 1.42→51.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 2.357 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.06 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.78 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.42→51.91 Å
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拘束条件 |
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