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万見
- PDB-6maa: WFIKKN2 Follistatin Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6maa
タイトルWFIKKN2 Follistatin Domain
要素WAP, Kazal, immunoglobulin, Kunitz and NTR domain-containing protein 2
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / WFIKKN2 / GASP / Kazal / Follsitatin
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor antagonist activity / muscle cell development / transforming growth factor beta binding / roof of mouth development / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / skeletal system development / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
WAP, Kazal, immunoglobulin, Kunitz and NTR domain-containing protein 1/2 / WAP-type 'four-disulfide core' domain / Elafin-like superfamily / WAP-type (Whey Acidic Protein) 'four-disulfide core' / WAP-type 'four-disulfide core' domain profile. / Four-disulfide core domains / Kazal domain superfamily / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Kazal domain ...WAP, Kazal, immunoglobulin, Kunitz and NTR domain-containing protein 1/2 / WAP-type 'four-disulfide core' domain / Elafin-like superfamily / WAP-type (Whey Acidic Protein) 'four-disulfide core' / WAP-type 'four-disulfide core' domain profile. / Four-disulfide core domains / Kazal domain superfamily / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Kazal domain / Kazal domain profile. / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / WAP, Kazal, immunoglobulin, Kunitz and NTR domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.394 Å
データ登録者McCoy, J.C. / Walker, R.G. / Thomas, T.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)GM114640 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the WFIKKN2 follistatin domain reveals insight into how it inhibits growth differentiation factor 8 (GDF8) and GDF11.
著者: McCoy, J.C. / Walker, R.G. / Murray, N.H. / Thompson, T.B.
履歴
登録2018年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WAP, Kazal, immunoglobulin, Kunitz and NTR domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3225
ポリマ－10,0741
非ポリマー2484
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.460, 46.460, 95.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-315-

HOH

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要素

#1: タンパク質 WAP, Kazal, immunoglobulin, Kunitz and NTR domain-containing protein 2 / Growth and differentiation factor-associated serum protein 1 / mGASP-1


分子量: 10074.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Wfikkn2, Gasp1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q7TQN3
#2: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細The "LVPRGS" is a thrombin cleavage site

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.03 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: ammonium Nitrate, sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→41.8 Å / Num. all: 277020 / Num. obs: 21677 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 1.39→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.166 / Num. measured obs: 10502 / Rpim(I) all: 0.08

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2450精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLM7.2.1データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.394→23.23 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1801 1035 4.79 %
Rwork0.1645 --
obs0.1653 21597 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 52.58 Å2 / Biso mean: 17.9174 Å2 / Biso min: 6.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.394→23.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数598 0 16 156 770
Biso mean--25.6 32.26 -
残基数----78
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004627
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.745843
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0787
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004111
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.802239
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.394-1.46750.18911340.119728793013100
1.4675-1.55940.15211580.112428833041100
1.5594-1.67980.12661380.117529103048100
1.6798-1.84880.18441470.132929123059100
1.8488-2.11610.1691550.143429453100100
2.1161-2.66550.19941550.169729723127100
2.6655-23.23320.18861480.2043061320997

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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