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万見
- PDB-6m9h: JAK2 JH2 in complex with diaminopyrimidine JAK040 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m9h
タイトルJAK2 JH2 in complex with diaminopyrimidine JAK040
要素Tyrosine-protein kinase JAK2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-35-mediated signaling pathway / nuclear receptor-mediated mineralocorticoid signaling pathway / histone H3Y41 kinase activity / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / symbiont-induced defense-related programmed cell death / mammary gland epithelium development / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex ...interleukin-35-mediated signaling pathway / nuclear receptor-mediated mineralocorticoid signaling pathway / histone H3Y41 kinase activity / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / symbiont-induced defense-related programmed cell death / mammary gland epithelium development / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / interleukin-12 receptor binding / Signaling by Erythropoietin / collagen-activated signaling pathway / Erythropoietin activates STAT5 / interleukin-5-mediated signaling pathway / response to interleukin-12 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / positive regulation of leukocyte proliferation / post-embryonic hemopoiesis / interleukin-12 receptor complex / activation of Janus kinase activity / interleukin-23 receptor complex / tyrosine phosphorylation of STAT protein / Interleukin-23 signaling / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of platelet aggregation / positive regulation of T-helper 17 type immune response / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of platelet activation / positive regulation of NK T cell proliferation / interleukin-12-mediated signaling pathway / acetylcholine receptor binding / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway / Signaling by Leptin / regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of signaling receptor activity / Interleukin-12 signaling / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / positive regulation of natural killer cell proliferation / response to hydroperoxide / positive regulation of cell-substrate adhesion / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth hormone receptor binding / axon regeneration / growth hormone receptor signaling pathway / peptide hormone receptor binding / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IFNG signaling activates MAPKs / extrinsic component of plasma membrane / Interleukin-20 family signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / negative regulation of cell-cell adhesion / Interleukin-6 signaling / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / Prolactin receptor signaling / MAPK3 (ERK1) activation / positive regulation of interleukin-17 production / response to amine / negative regulation of DNA binding / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / MAPK1 (ERK2) activation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / mesoderm development / positive regulation of SMAD protein signal transduction / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / response to tumor necrosis factor / Interleukin receptor SHC signaling / phosphatidylinositol 3-kinase binding / Regulation of IFNG signaling / type II interferon-mediated signaling pathway / Erythropoietin activates RAS / Growth hormone receptor signaling / positive regulation of T cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / actin filament polymerization / SH2 domain binding / cellular response to dexamethasone stimulus / erythrocyte differentiation / post-translational protein modification / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / positive regulation of interleukin-1 beta production / caveola / endosome lumen / positive regulation of cell differentiation / positive regulation of apoptotic signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J9D / Tyrosine-protein kinase JAK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Puleo, D.E. / Schlessinger, J. / Jorgensen, W.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM007324 米国
Other privateYG-003-13 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM32136 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: JAK2 JH2 Binders
著者: Puleo, D.E. / Schlessinger, J.
履歴
登録2018年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Author supporting evidence / Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_audit_support
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6134
ポリマ－33,1211
非ポリマー4923
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area370 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area12930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.298, 57.600, 60.691
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase JAK2 / Janus kinase 2 / JAK-2


分子量: 33120.961 Da / 分子数: 1 / 変異: W659A, W777A, F794H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O60674, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-J9D / 4-({4-amino-6-[4-(2-hydroxyethyl)-1H-imidazol-1-yl]pyrimidin-2-yl}amino)benzonitrile


分子量: 321.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N7O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris, pH 8.0 0.2M Sodium acetate 12-20% PEG 4,000
PH範囲: 7.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→56.971 Å / Num. obs: 27116 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.311 / Net I/σ(I): 14.25
反射 シェル解像度: 1.79→1.85 Å / Rmerge(I) obs: 7.879 / Num. unique all: 9535

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.79→56.971 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2063 1344 5.05 %
Rwork0.1706 --
obs0.1725 26601 98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→56.971 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2130 0 34 269 2433
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082218
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9283013
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8421320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006390
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.79-1.8540.33831290.29662507X-RAY DIFFRACTION98
1.854-1.92830.3231030.25392545X-RAY DIFFRACTION98
1.9283-2.0160.21931300.20112510X-RAY DIFFRACTION98
2.016-2.12230.21251240.18372519X-RAY DIFFRACTION98
2.1223-2.25530.19331320.1672469X-RAY DIFFRACTION97
2.2553-2.42940.19521450.16512483X-RAY DIFFRACTION97
2.4294-2.67390.21211470.17082512X-RAY DIFFRACTION98
2.6739-3.06080.21021260.1712541X-RAY DIFFRACTION98
3.0608-3.85620.20711580.1462574X-RAY DIFFRACTION99
3.8562-56.99970.16711500.14482597X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2008-0.94360.22576.14-0.59721.8176-0.03260.12090.26820.27450.014-0.1671-0.12080.34780.00420.2518-0.007-0.0250.2148-0.040.0646-2.625922.206727.1996
20.6638-0.3445-0.40013.3863-0.75911.7836-0.0128-0.07440.05430.09520.0289-0.1362-0.11650.1843-0.02140.2348-0.0128-0.01050.165-0.02290.1491-0.681221.998623.2476
33.0026-0.21964.15691.968-0.00978.9867-0.0612-0.15010.18940.0353-0.0617-0.2815-0.37160.20850.22040.1613-0.04040.00810.17740.01890.19161.197321.407418.3703
42.03930.41091.6313.73581.86815.1361-0.0537-0.0211-0.07750.0963-0.18850.69130.0702-0.44610.21440.12040.01540.0560.2006-0.02770.2517-13.383711.342115.7874
53.9858-0.3177-0.51383.2948-0.03672.49880.08820.21370.1083-0.1561-0.11920.2279-0.0446-0.22820.02160.13540.0158-0.01370.0947-0.00430.0867-7.146210.4166.1998
62.7352-0.32791.08093.02870.59972.8301-0.0706-0.2478-0.07210.42570.0677-0.3670.05050.1990.04650.16090.0471-0.02010.18570.00180.11584.26331.182821.1328
71.4633-0.04210.34332.99530.05742.3527-0.0739-0.07520.11480.0045-0.013-0.2520.1330.26340.06740.17580.03190.0080.11830.00730.09283.2922-1.403111.5155
82.24720.1012-0.18882.5983-0.6523.9897-0.1098-0.1348-0.21760.0951-0.12160.04880.38870.10650.16780.23190.02720.06330.0820.00480.1624-3.8585-10.690715.3291
92.7757-0.328-0.27983.1922-0.71133.60830.07850.1884-0.0709-0.2878-0.16030.0399-0.06230.10130.13440.22280.03110.02080.1244-0.020.0540.5253-2.71510.5588
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 536 through 556 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 557 through 603 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 604 through 622 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 623 through 646 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 647 through 697 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 698 through 720 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 721 through 748 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 749 through 780 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 781 through 808 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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