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- PDB-6m8f: Engineered sperm whale myoglobin-based carbene transferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m8f
タイトルEngineered sperm whale myoglobin-based carbene transferase
要素Myoglobin
キーワードTRANSFERASE / Metalloprotein / myoglobin / carbene transferase / cyclopropanation / heme
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Bacik, J.P. / Ando, N. / Fasan, R.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2019
タイトル: Origin of high stereocontrol in olefin cyclopropanation catalyzed by an engineered carbene transferase.
著者: Tinoco, A. / Wei, Y. / Bacik, J.P. / Carminati, D.M. / Moore, E.J. / Ando, N. / Zhang, Y. / Fasan, R.
履歴
登録2018年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5456
ポリマ－17,2981
非ポリマー1,2475
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.780, 90.780, 45.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-492-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Myoglobin


分子量: 17298.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ)
遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.76 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: A crystal was grown by mixing 1 ul of reservoir buffer (2 M ammonium sulfate, 0.2 M Tris pH 8.6) with 1 ul of protein in buffer (20 mM Tris pH 8.0, 1 mM EDTA). The crystal was cryoprotected ...詳細: A crystal was grown by mixing 1 ul of reservoir buffer (2 M ammonium sulfate, 0.2 M Tris pH 8.6) with 1 ul of protein in buffer (20 mM Tris pH 8.0, 1 mM EDTA). The crystal was cryoprotected by soaking it in a drop containing reservoir buffer supplemented with 25% sucrose for 5 minutes prior to being flash-cooled in liquid nitrogen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9768 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9768 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→39.43 Å / Num. obs: 76057 / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.1→1.16 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Num. unique obs: 5028 / CC1/2: 0.617 / Rpim(I) all: 0.407 / % possible all: 40.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JW8

1jw8


解像度: 1.1→32.163 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1458 3765 4.95 %
Rwork0.1263 --
obs0.1273 76038 87.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→32.163 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1216 0 81 224 1521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1341919
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.707524
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006230
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.11390.3356350.322595X-RAY DIFFRACTION20
1.1139-1.12860.3029480.27531107X-RAY DIFFRACTION36
1.1286-1.14410.2604670.26851433X-RAY DIFFRACTION47
1.1441-1.16040.2407970.23311735X-RAY DIFFRACTION58
1.1604-1.17770.23741250.2132072X-RAY DIFFRACTION68
1.1777-1.19610.22261150.19542286X-RAY DIFFRACTION75
1.1961-1.21570.21231110.18772479X-RAY DIFFRACTION82
1.2157-1.23670.22171450.17172667X-RAY DIFFRACTION87
1.2367-1.25920.20091710.15692840X-RAY DIFFRACTION94
1.2592-1.28340.14821590.13522978X-RAY DIFFRACTION98
1.2834-1.30960.15891340.12752989X-RAY DIFFRACTION98
1.3096-1.33810.14851650.11793059X-RAY DIFFRACTION100
1.3381-1.36920.12241560.11073040X-RAY DIFFRACTION100
1.3692-1.40350.13751270.11123069X-RAY DIFFRACTION100
1.4035-1.44140.11811410.11283072X-RAY DIFFRACTION100
1.4414-1.48380.11321490.10663047X-RAY DIFFRACTION100
1.4838-1.53170.14261610.0993072X-RAY DIFFRACTION100
1.5317-1.58650.11581390.10063082X-RAY DIFFRACTION100
1.5865-1.650.11691900.10843012X-RAY DIFFRACTION100
1.65-1.72510.13811480.10683065X-RAY DIFFRACTION100
1.7251-1.8160.14611500.11043098X-RAY DIFFRACTION100
1.816-1.92980.12211590.11053042X-RAY DIFFRACTION100
1.9298-2.07880.12071720.11493063X-RAY DIFFRACTION100
2.0788-2.28790.12471510.10593077X-RAY DIFFRACTION100
2.2879-2.61880.13111830.11313056X-RAY DIFFRACTION100
2.6188-3.29890.15132090.12913063X-RAY DIFFRACTION100
3.2989-32.17650.16121580.14343175X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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