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- PDB-6m83: Crystal structure of TylM1 S120A bound to SAH and dTDP-phenol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m83
タイトルCrystal structure of TylM1 S120A bound to SAH and dTDP-phenol
要素dTDP-3-amino-3,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose N,N-dimethyltransferase
キーワードTRANSFERASE / TylM1 / N-methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-3-amino-3,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose N,N-dimethyltransferase / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / methylation / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Chem-TLO / dTDP-3-amino-3,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose N,N-dimethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces fradiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3685 Å
データ登録者Fick, R.J. / McDole, B.G. / Trievel, R.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1508492 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structural and Functional Characterization of Sulfonium Carbon-Oxygen Hydrogen Bonding in the Deoxyamino Sugar Methyltransferase TylM1.
著者: Fick, R.J. / Horowitz, S. / McDole, B.G. / Clay, M.C. / Mehl, R.A. / Al-Hashimi, H.M. / Scheiner, S. / Trievel, R.C.
履歴
登録2018年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dTDP-3-amino-3,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose N,N-dimethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4204
ポリマ－28,5221
非ポリマー8983
水3,909217
1
A: dTDP-3-amino-3,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose N,N-dimethyltransferase
ヘテロ分子

A: dTDP-3-amino-3,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose N,N-dimethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8408
ポリマ－57,0442
非ポリマー1,7966
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.521, 91.267, 93.629
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 dTDP-3-amino-3,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose N,N-dimethyltransferase / Tylosin biosynthesis protein M1


分子量: 28521.885 Da / 分子数: 1 / 変異: S120A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces fradiae (バクテリア)
遺伝子: tylM1, tylMI / プラスミド: pET31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)
参照: UniProt: P95748, dTDP-3-amino-3,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose N,N-dimethyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-TLO / 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phenoxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]thymidine / thymidine diphosphate phenol


分子量: 478.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20N2O11P2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 % / Mosaicity: 0.288 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: Precipitant:27% w/v PEG 3350, 20 mM sodium malonate, 1% v/v 2-propanol, 4.5 mM trimethylamine, 100 mM Hepes pH 7.7 Protein:20 mM sodium malonate pH 7.0, 100 mM sodium chloride, 5 mM AdoMet, 5 ...詳細: Precipitant:27% w/v PEG 3350, 20 mM sodium malonate, 1% v/v 2-propanol, 4.5 mM trimethylamine, 100 mM Hepes pH 7.7 Protein:20 mM sodium malonate pH 7.0, 100 mM sodium chloride, 5 mM AdoMet, 5 mM dTDP-phenol, 18 mg/mL TylM1 S120A Protein:Precipitant 4:2uL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3685→50 Å / Num. obs: 57236 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 15.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 1.046 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.37-1.43.20.42328060.8380.2320.4870.93177.3
1.4-1.435.10.41632870.8660.1850.4580.95691.7
1.43-1.4780.37235840.9460.1330.3960.99298.7
1.47-1.5110.80.32135830.9740.0990.3361.02699.9
1.51-1.5512.80.26536420.9870.0760.2761.067100
1.55-1.614.10.21736050.9910.060.2251.098100
1.6-1.6614.70.18136420.9940.0490.1871.112100
1.66-1.7314.80.14636130.9960.0390.1511.093100
1.73-1.814.80.1236380.9970.0320.1241.169100
1.8-1.914.80.08936460.9980.0240.0920.96100
1.9-2.0214.80.0736370.9980.0190.0720.95100
2.02-2.1714.80.05936500.9990.0160.0611.04100
2.17-2.3914.70.05536750.9990.0150.0571.074100
2.39-2.7414.40.04936740.9990.0130.0511.019100
2.74-3.4514.20.03737320.9990.010.0390.925100
3.45-5013.20.03238220.9990.0090.0331.12999

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3685→34.995 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1817 2868 5.01 %
Rwork0.1527 --
obs0.1542 57233 97.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 52.42 Å2 / Biso mean: 21.3019 Å2 / Biso min: 8.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3685→34.995 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1795 0 58 217 2070
Biso mean--17.89 32.88 -
残基数----237
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3685-1.39210.2765990.25472039213874
1.3921-1.41740.27871420.21992409255189
1.4174-1.44460.26061340.18482628276296
1.4446-1.47410.22081430.15242751289499
1.4741-1.50620.16631440.131927342878100
1.5062-1.54120.17111440.123327752919100
1.5412-1.57980.16761450.124727632908100
1.5798-1.62250.18891490.123727362885100
1.6225-1.67020.1431470.118627582905100
1.6702-1.72410.15241410.119727612902100
1.7241-1.78580.18331470.123127652912100
1.7858-1.85730.14231460.132927592905100
1.8573-1.94180.15121520.12827622914100
1.9418-2.04410.18241420.136527862928100
2.0441-2.17220.17071430.145127732916100
2.1722-2.33990.17851490.15427932942100
2.3399-2.57530.19521450.164427882933100
2.5753-2.94780.19131510.173328272978100
2.9478-3.71320.18691480.165728282976100
3.7132-35.00650.18351570.1592930308799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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