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- PDB-6m7l: Complex of OxyA with the X-domain from GPA biosynthesis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m7l
タイトルComplex of OxyA with the X-domain from GPA biosynthesis
要素
  • Putative cytochrome P450 hydroxylase
  • Putative non-ribosomal peptide synthetase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / NRPS / P450 / GPAs / monooxygenase / X-domain
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / biosynthetic process / phosphopantetheine binding / catalytic activity / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Thioesterase / Thioesterase domain / Condensation domain / Condensation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily ...Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Thioesterase / Thioesterase domain / Condensation domain / Condensation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Putative cytochrome P450 hydroxylase / Putative non-ribosomal peptide synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Actinomadura parvosata subsp. kistnae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64829708903 Å
データ登録者Greule, A. / Izore, T. / Tailhades, J. / Peschke, M. / Schoppet, M. / Ahmed, I. / Kulik, A. / Adamek, M. / Ziemert, N. / De Voss, J. ...Greule, A. / Izore, T. / Tailhades, J. / Peschke, M. / Schoppet, M. / Ahmed, I. / Kulik, A. / Adamek, M. / Ziemert, N. / De Voss, J. / Stegmann, E. / Cryle, M.J.
資金援助 オーストラリア, ドイツ, 3件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1140619 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP170102220 オーストラリア
German Research Foundation (DFG)CR 392/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Kistamicin biosynthesis reveals the biosynthetic requirements for production of highly crosslinked glycopeptide antibiotics.
著者: Greule, A. / Izore, T. / Iftime, D. / Tailhades, J. / Schoppet, M. / Zhao, Y. / Peschke, M. / Ahmed, I. / Kulik, A. / Adamek, M. / Goode, R.J.A. / Schittenhelm, R.B. / Kaczmarski, J.A. / ...著者: Greule, A. / Izore, T. / Iftime, D. / Tailhades, J. / Schoppet, M. / Zhao, Y. / Peschke, M. / Ahmed, I. / Kulik, A. / Adamek, M. / Goode, R.J.A. / Schittenhelm, R.B. / Kaczmarski, J.A. / Jackson, C.J. / Ziemert, N. / Krenske, E.H. / De Voss, J.J. / Stegmann, E. / Cryle, M.J.
履歴
登録2018年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年9月4日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Putative non-ribosomal peptide synthetase
A: Putative cytochrome P450 hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,1603
ポリマ－98,5442
非ポリマー6161
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.834, 87.344, 95.955
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.769, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Putative non-ribosomal peptide synthetase


分子量: 53594.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinomadura parvosata subsp. kistnae (バクテリア)
遺伝子: KIS93_04814 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ArticExpress / 参照: UniProt: A0A2P9IBG7
#2: タンパク質 Putative cytochrome P450 hydroxylase


分子量: 44949.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinomadura parvosata subsp. kistnae (バクテリア)
遺伝子: KIS93_04812 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ArticExpress / 参照: UniProt: A0A2P9IBF7
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG3350 300 mM NaCl 100 mM BIS-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→48.14 Å / Num. obs: 28454 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 64.8360834054 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.65→2.78 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3722 / CC1/2: 0.837 / Rpim(I) all: 0.464 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.13-2998位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TX3

4tx3


解像度: 2.64829708903→47.7345054735 Å / SU ML: 0.384661428753 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34748235633 / 位相誤差: 30.2165510926
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26415420757 1415 4.97503691724 %
Rwork0.214127417481 --
obs0.216600287234 28442 99.5938090903 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 73.1223540858 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64829708903→47.7345054735 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6190 0 43 0 6233
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002375347757246362
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5414934774968648
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0368299378569965
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003807559884931145
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.09943852393874
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6483-2.74290.3196192483681380.291162365082659X-RAY DIFFRACTION98.7292622661
2.7429-2.85270.3472876329961360.2802355997312695X-RAY DIFFRACTION99.6129486277
2.8527-2.98260.3457780733821330.281898298252686X-RAY DIFFRACTION99.7876106195
2.9826-3.13980.3479540578521580.2689857037682682X-RAY DIFFRACTION99.7541271514
3.1398-3.33650.3453663391481400.2694068413932708X-RAY DIFFRACTION99.7548161121
3.3365-3.5940.2775223737981670.2381998051952673X-RAY DIFFRACTION99.8242530756
3.594-3.95550.3061253534681180.2238357812852709X-RAY DIFFRACTION99.7882103777
3.9555-4.52750.2445208390031520.186573197412712X-RAY DIFFRACTION99.965095986
4.5275-5.70270.2305643062461360.1896568864142755X-RAY DIFFRACTION99.7928891957
5.7027-47.74220.1999231260781370.177188971362748X-RAY DIFFRACTION98.9368998628

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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