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万見
- PDB-6m6o: NMR SOLUTION STRUCTURE OF A C-FLIPs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m6o
タイトルNMR SOLUTION STRUCTURE OF A C-FLIPs
要素CASP8 and FADD-like apoptosis regulator
キーワードAPOPTOSIS / c-FLIPS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of myoblast fusion / skeletal muscle atrophy / skeletal myofibril assembly / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / ripoptosome / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 ...negative regulation of myoblast fusion / skeletal muscle atrophy / skeletal myofibril assembly / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / ripoptosome / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / regulation of necroptotic process / positive regulation of extracellular matrix organization / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / skeletal muscle tissue regeneration / positive regulation of hepatocyte proliferation / death-inducing signaling complex / death receptor binding / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / RIPK1-mediated regulated necrosis / response to testosterone / macrophage differentiation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cellular response to dexamethasone stimulus / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / skeletal muscle tissue development / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to nitric oxide / cellular response to epidermal growth factor stimulus / Regulation of TNFR1 signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / enzyme activator activity / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of neuron projection development / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of neuron apoptotic process / protease binding / cellular response to hypoxia / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / proteolysis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain ...Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CASP8 and FADD-like apoptosis regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Bai, Z.Q. / Hu, K.F.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Solution structure of c-FLIP death effector domains.
著者: Bai, Z.Q. / Ma, X. / Liu, B. / Huang, T. / Hu, K.
履歴
登録2020年3月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5881
ポリマ－21,5881
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: fluorescence resonance energy transfer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11550 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 120structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 CASP8 and FADD-like apoptosis regulator / Caspase homolog / CASH / Caspase-eight-related protein / Casper / Caspase-like apoptosis regulatory ...Caspase homolog / CASH / Caspase-eight-related protein / Casper / Caspase-like apoptosis regulatory protein / CLARP / Cellular FLICE-like inhibitory protein / c-FLIP / FADD-like antiapoptotic molecule 1 / FLAME-1 / Inhibitor of FLICE / I-FLICE / MACH-related inducer of toxicity / MRIT / Usurpin


分子量: 21588.219 Da / 分子数: 1 / 変異: F114G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFLAR, CASH, CASP8AP1, CLARP, MRIT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: O15519

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC
131isotropic23D HNCA
141isotropic23D HN(CA)CB
151isotropic13D CBCA(CO)NH
161isotropic23D HNCO
171isotropic13D HBHA(CO)NH
181isotropic23D (H)CCH-COSY
191isotropic23D 1H-15N NOESY
1101isotropic23D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.6 nM [U-99% 13C; U-99% 15N] c-FLIPS, 1.0 nM EDTA-Na2, 1.0 nM TCEP, 0.02 % NaN3, 60 nM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O
詳細: 0.6 mM. / Label: 13C,15N / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 nMc-FLIPS[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1.0 nMEDTA-Na2natural abundance1
1.0 nMTCEPnatural abundance1
0.02 %NaN3natural abundance1
60 nMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
試料状態イオン強度: 110 mM / Label: 1 / pH: 7.5 / 圧: 1 Pa / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 120 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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