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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m67 | ||||||
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タイトル | The Cryo-EM Structure of Human Pannexin 1 with D376E/D379E Mutation | ||||||
![]() | Pannexin-1 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Pannexin 1 / ATP release / Heptameric channel | ||||||
機能・相同性 | ![]() ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / Electric Transmission Across Gap Junctions / leak channel activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / bleb / wide pore channel activity / monoatomic anion channel activity / monoatomic anion transmembrane transport / gap junction ...ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / Electric Transmission Across Gap Junctions / leak channel activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / bleb / wide pore channel activity / monoatomic anion channel activity / monoatomic anion transmembrane transport / gap junction / gap junction channel activity / positive regulation of macrophage cytokine production / response to ATP / oogenesis / monoatomic cation transport / The NLRP3 inflammasome / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to ischemia / calcium channel activity / calcium ion transport / actin filament binding / cell-cell signaling / scaffold protein binding / protease binding / transmembrane transporter binding / signaling receptor binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
![]() | Jin, Q. / Bo, Z. / Xiang, Z. / Xiaokang, Z. / Ye, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of human pannexin 1 channel. 著者: Qiuheng Jin / Bo Zhang / Xiang Zheng / Ningning Li / Lingyi Xu / Yuan Xie / Fangjun Song / Eijaz Ahmed Bhat / Yuan Chen / Ning Gao / Jiangtao Guo / Xiaokang Zhang / Sheng Ye / ![]() | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 334.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 279 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49791.629 Da / 分子数: 7 / 変異: D376E, D379E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Pannexin 1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 57.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 108902 / 対称性のタイプ: POINT |