ソフトウェア 名称 バージョン 分類 PHENIX1.10.1_2155精密化 HKL-2000データスケーリング PDB_EXTRACT3.25 データ抽出 HKL-2000データ削減 SHELXCD位相決定
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 1.55→19.734 Å / SU ML : 0.16 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 1.34 / 位相誤差 : 23.6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.19 1303 9.97 % Rwork 0.165 - - obs 0.1675 13071 50 %
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.11 Å原子変位パラメータ Biso max : 97.89 Å2 / Biso mean : 29.611 Å2 / Biso min : 9.97 Å2 精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.55→19.734 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 0 1059 128 207 1394 Biso mean - - 24.96 28.05 - 残基数 - - - - 52
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.009 1314 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d1.251 1995 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.048 190 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.008 60 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d32.418 592
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error : 0
解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork % reflection obs (%)1.55-1.605 0.269 133 0.2502 1207 46 1.605-1.678 0.2629 148 0.1972 1296 49 1.678-1.7664 0.2213 147 0.1785 1355 51 1.7664-1.877 0.1965 144 0.1616 1306 50 1.877-2.0218 0.2115 146 0.1701 1312 50 2.0218-2.225 0.193 148 0.1694 1334 51 2.225-2.5464 0.2212 142 0.1753 1299 49 2.5464-3.206 0.2141 149 0.1754 1325 50 3.206-19.734 0.1449 146 0.1433 1334 50
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 4) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.2658 1.0021 0.4403 2.6489 0.088 1.3178 -0.1878 0.0297 0.1811 -0.1471 0.1571 0.3888 -0.0787 -0.0688 -0.0405 0.1424 0.0365 0.0187 0.2113 -0.0047 0.3026 -22.4645 17.044 1.3827 2 2.8392 -1.9771 1.4178 2.9199 -1.7717 1.9544 0.144 0.2709 -0.0353 -0.4009 -0.0483 0.2197 0.2355 -0.1432 -0.0086 0.2367 -0.0365 -0.0167 0.2301 0.0071 0.1583 -16.9889 14.015 -7.6107 3 1.5575 0.3956 1.2021 2.8655 1.5906 2.9422 0.1485 -0.3352 -0.0522 0.4291 -0.0458 0.036 0.2917 -0.264 -0.2256 0.2505 -0.0028 -0.0055 0.2025 0.0282 0.2021 -11.8618 13.8643 7.8759 4 2.3001 -1.9578 -0.2536 3.6209 0.0652 1.3602 0.0914 0.1247 0.1889 -0.2028 0.0001 -0.533 0.2781 0.3396 -0.0353 0.195 0.0253 0.0001 0.178 -0.0507 0.2038 -6.2664 16.9233 -1.202
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details 1 X-RAY DIFFRACTION 1 chain 'A' and (resid 2 through 13 )2 X-RAY DIFFRACTION 2 chain 'B' and (resid 2 through 13 )3 X-RAY DIFFRACTION 3 chain 'C' and (resid 2 through 13 )4 X-RAY DIFFRACTION 4 chain 'D' and (resid 2 through 13 )