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- PDB-6m2p: Crystal structure of a NIR-emitting DNA-stabilized Ag16 nanoclust... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m2p
タイトルCrystal structure of a NIR-emitting DNA-stabilized Ag16 nanocluster (A10-deletion mutant)
要素DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / Nanocluster / Silver
機能・相同性SILVER ION / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.13 Å
データ登録者Kondo, J. / Cerretani, C. / Vosch, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan) 日本
引用ジャーナル: Rsc Adv / 年: 2020
タイトル: Removal of the A10 adenosine in a DNA-stabilized Ag16 nanocluster.
著者: Cerretani, C. / Kondo, J. / Vosch, T.
履歴
登録2020年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年3月22日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_type / chem_comp / database_2 / entity / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] ..._atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 / 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_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_2 / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr.type / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Ligand identity
詳細: AG atoms with low occupancy are replaced with Cl ions according to our new experimental results by Mass Spectroscopy.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,47742
ポリマ－10,8034
非ポリマー3,67438
水1,856103
1
A: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,23821
ポリマ－5,4022
非ポリマー1,83719
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,23821
ポリマ－5,4022
非ポリマー1,83719
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)24.211, 33.713, 58.551
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*G)-3')


分子量: 2700.788 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物...
ChemComp-AG / SILVER ION


分子量: 107.868 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: MOPS, MPD, Spermine, calcium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.125→29.142 Å / Num. obs: 67312 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.406 % / Biso Wilson estimate: 4.16 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 1.21 / Net I/σ(I): 16.89
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.13-1.153.2390.3593.2915726524948550.9040.4392.5
1.15-1.193.2260.2295.1114983492246440.960.27594.4
1.19-1.223.3310.1756.7315548492946670.9730.20994.7
1.22-1.263.4870.1448.3215673474044950.9810.1794.8
1.26-1.33.4490.10810.4715170458743990.9880.12895.9
1.3-1.353.3760.09411.4714405443742670.990.11296.2
1.35-1.43.2620.08811.9513408423741100.9910.10697
1.4-1.453.3470.0813.2413273408339660.9920.09597.1
1.45-1.523.5930.07115.4814067401239150.9940.08397.6
1.52-1.593.5270.06916.1113133379437240.9950.08198.2
1.59-1.683.4990.06416.9312176356134800.9960.07697.7
1.68-1.783.3270.05518.9311207341833690.9960.06598.6
1.78-1.93.2860.04223.1410372321131560.9980.0598.3
1.9-2.053.4030.03528.49907294629110.9980.04298.8
2.05-2.253.6180.02935.729829274327170.9990.03499.1
2.25-2.523.5770.02640.368711245224350.9990.0399.3
2.52-2.913.4640.02638.27509218721680.9990.03199.1
2.91-3.563.310.02834.196101185718430.9990.03499.2
3.56-5.033.620.02639.495119141814140.9990.03199.7
5.03-29.1423.7790.02246.3929367797770.9990.02699.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JR4

6jr4


解像度: 1.13→29.14 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 6.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.096 1994 5.83 %
Rwork0.0853 --
obs0.0859 67302 96.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.13→29.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 716 38 103 857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011934
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4471460
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.815456
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.02246
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.13-1.140.23581090.23792117X-RAY DIFFRACTION90
1.14-1.150.20181420.20512301X-RAY DIFFRACTION94
1.15-1.170.191430.16932138X-RAY DIFFRACTION94
1.17-1.180.13911360.13252203X-RAY DIFFRACTION94
1.18-1.20.12691310.122247X-RAY DIFFRACTION95
1.2-1.220.11411720.10262180X-RAY DIFFRACTION95
1.22-1.240.1251190.09362181X-RAY DIFFRACTION95
1.24-1.260.09251360.08842280X-RAY DIFFRACTION95
1.26-1.280.09071490.08662207X-RAY DIFFRACTION96
1.28-1.30.09011310.08762256X-RAY DIFFRACTION97
1.3-1.330.08871600.08892232X-RAY DIFFRACTION96
1.33-1.360.09571320.07492268X-RAY DIFFRACTION97
1.36-1.390.07341360.06912238X-RAY DIFFRACTION97
1.39-1.420.06491370.06512300X-RAY DIFFRACTION97
1.42-1.450.08511270.06482228X-RAY DIFFRACTION97
1.45-1.490.06991640.06242297X-RAY DIFFRACTION97
1.49-1.540.08831500.06512281X-RAY DIFFRACTION98
1.54-1.590.08461430.06452270X-RAY DIFFRACTION98
1.59-1.640.0711260.06872315X-RAY DIFFRACTION98
1.64-1.710.09581530.06932292X-RAY DIFFRACTION98
1.71-1.790.07851340.07212320X-RAY DIFFRACTION99
1.79-1.880.08361480.06972329X-RAY DIFFRACTION98
1.88-20.08991460.07262273X-RAY DIFFRACTION98
2-2.150.07121400.06892320X-RAY DIFFRACTION99
2.15-2.370.06881430.06092323X-RAY DIFFRACTION99
2.37-2.710.07061400.06542327X-RAY DIFFRACTION99
2.71-3.410.13451370.11422343X-RAY DIFFRACTION99
3.42-29.140.13461430.11742309X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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