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万見
- PDB-6m2m: A role for histone chaperone OsChz1 in histone recognition and de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m2m
タイトルA role for histone chaperone OsChz1 in histone recognition and deposition
要素
  • Expressed protein
  • Histone H2B.1
  • Probable histone H2A.3
キーワードCHAPERONE / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / DNA binding / extracellular region / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
HIRA-interacting protein 3 / Histone chaperone domain CHZ / Histone chaperone domain CHZ / Histone chaperone domain CHZ / DEK, C-terminal / DEK C-terminal (DEK-C) domain profile. / Histone, subunit A / Histone, subunit A / : / Histone H2B signature. ...HIRA-interacting protein 3 / Histone chaperone domain CHZ / Histone chaperone domain CHZ / Histone chaperone domain CHZ / DEK, C-terminal / DEK C-terminal (DEK-C) domain profile. / Histone, subunit A / Histone, subunit A / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable histone H2A.3 / Expressed protein / Histone H2B.1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Luo, Q. / Wang, B.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: OsChz1 acts as a histone chaperone in modulating chromatin organization and genome function in rice.
著者: Du, K. / Luo, Q. / Yin, L. / Wu, J. / Liu, Y. / Gan, J. / Dong, A. / Shen, W.H.
履歴
登録2020年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Probable histone H2A.3
A: Probable histone H2A.3
C: Probable histone H2A.3
D: Histone H2B.1
G: Probable histone H2A.3
I: Probable histone H2A.3
K: Probable histone H2A.3
F: Histone H2B.1
J: Histone H2B.1
H: Histone H2B.1
L: Histone H2B.1
B: Histone H2B.1
M: Expressed protein
N: Expressed protein
O: Expressed protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,12218
ポリマ－160,84515
非ポリマー2763
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)167.361, 116.336, 101.904
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.980, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Probable histone H2A.3 / histone H2A / HTA2


分子量: 10049.619 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At4g27230, M4I22.40 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O81826
#2: タンパク質
Histone H2B.1 / HTB1


分子量: 11033.928 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g07790, F24B9.10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LQQ4
#3: タンパク質 Expressed protein / Os11g0544600 protein / cDNA clone:002-102-E08 / full insert sequence


分子量: 11448.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: LOC_Os11g34190, Os11g0544600, OSNPB_110544600 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2R2Z3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2M Sodium citrate,0.1M Tris-HCl pH 8.5, 30%(w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→30 Å / Num. obs: 41445 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 0.887 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 134001
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.85-2.952.80.46540340.6450.320.5670.81498.3
2.95-3.072.90.37941220.7230.2570.4590.81198.5
3.07-3.2130.30640770.8260.2040.3690.88198.6
3.21-3.383.10.22141360.9110.1450.2650.88499.1
3.38-3.593.20.16941500.9440.1090.2010.92699.4
3.59-3.873.30.12541450.970.0790.1481.05899.5
3.87-4.253.40.09641660.9820.060.1131.14399.5
4.25-4.873.50.07241900.9890.0440.0851.09499.5
4.87-6.123.40.05941580.9930.0370.070.73999.7
6.12-303.70.03342670.9980.020.0380.53799.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.85→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 15.064 / SU ML: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.81 / ESU R Free: 0.352 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2531 1884 4.8 %RANDOM
Rwork0.1936 ---
obs0.1964 37265 94.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 165.6 Å2 / Biso mean: 60.24 Å2 / Biso min: 1.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20.39 Å2
2--0.03 Å2-0 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7988 0 18 14 8020
Biso mean--66.79 30.8 -
残基数----1068
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0198375
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.028283
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7381.98111281
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08319140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.11951055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.24423.844346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.584151541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1581563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029147
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021616
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.923 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 103 -
Rwork0.28 1715 -
all-1818 -
obs--60 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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