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万見
- PDB-6m2i: Structure of the 2-Aminoisobutyric acid Monooxygenase Hydroxylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m2i
タイトルStructure of the 2-Aminoisobutyric acid Monooxygenase Hydroxylase
要素(Amidohydrolase) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Monooxygenase / Hydroxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


secondary metabolic process / : / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase / Amidohydrolase / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Amidohydrolase / Amidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus wratislaviensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Hibi, M. / Mikami, B. / Ogawa, J.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: A three-component monooxygenase from Rhodococcus wratislaviensis may expand industrial applications of bacterial enzymes.
著者: Hibi, M. / Fukuda, D. / Kenchu, C. / Nojiri, M. / Hara, R. / Takeuchi, M. / Aburaya, S. / Aoki, W. / Mizutani, K. / Yasohara, Y. / Ueda, M. / Mikami, B. / Takahashi, S. / Ogawa, J.
履歴
登録2020年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amidohydrolase
B: Amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,78827
ポリマ－86,0752
非ポリマー1,71325
水2,234124
1
A: Amidohydrolase
B: Amidohydrolase
ヘテロ分子

A: Amidohydrolase
B: Amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,57654
ポリマ－172,1514
非ポリマー3,42550
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area27350 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area44650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.751, 206.684, 91.489
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-539-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Amidohydrolase


分子量: 43474.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus wratislaviensis (バクテリア)
遺伝子: Rhow_000804 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A402C2V4
#2: タンパク質 Amidohydrolase


分子量: 42600.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus wratislaviensis (バクテリア)
遺伝子: Rhow_000803 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A402C2Q3

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非ポリマー , 5種, 149分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris/HCl (pH 8.5), 1 M ammonium sulfate and 12% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→45.92 Å / Num. obs: 207203 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.56 % / Biso Wilson estimate: 40.25 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.45→2.6 Å / 冗長度: 2.64 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique obs: 13330 / CC1/2: 0.709 / Rrim(I) all: 0.593 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6M1W

6m1w


解像度: 2.45→44.99 Å / SU ML: 0.2704 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.5781
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2363 2153 5 %
Rwork0.1842 --
obs0.1868 43054 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→44.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5629 0 96 124 5849
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00795880
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98597996
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0542849
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00731047
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.116791
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.510.29641420.24232700X-RAY DIFFRACTION98.68
2.51-2.570.30871440.23642734X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.640.28031420.23362693X-RAY DIFFRACTION99.93
2.64-2.720.28951430.23322726X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.80.28351450.22262751X-RAY DIFFRACTION99.93
2.8-2.90.24591430.20822711X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.020.26031450.20382745X-RAY DIFFRACTION99.93
3.02-3.160.2461430.19852728X-RAY DIFFRACTION99.9
3.16-3.320.24431430.20112723X-RAY DIFFRACTION99.72
3.32-3.530.24921450.18652747X-RAY DIFFRACTION99.28
3.53-3.80.21981420.16552715X-RAY DIFFRACTION98.82
3.8-4.190.18461440.15712729X-RAY DIFFRACTION98.32
4.19-4.790.20481420.14842711X-RAY DIFFRACTION97.64
4.79-6.040.25311430.1682718X-RAY DIFFRACTION96.95
6.04-44.990.20921470.17842770X-RAY DIFFRACTION94.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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