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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m2i | ||||||
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タイトル | Structure of the 2-Aminoisobutyric acid Monooxygenase Hydroxylase | ||||||
![]() | (Amidohydrolase) x 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Monooxygenase / Hydroxylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() secondary metabolic process / : / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hibi, M. / Mikami, B. / Ogawa, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A three-component monooxygenase from Rhodococcus wratislaviensis may expand industrial applications of bacterial enzymes. 著者: Hibi, M. / Fukuda, D. / Kenchu, C. / Nojiri, M. / Hara, R. / Takeuchi, M. / Aburaya, S. / Aoki, W. / Mizutani, K. / Yasohara, Y. / Ueda, M. / Mikami, B. / Takahashi, S. / Ogawa, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 196.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 125.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 43474.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Rhow_000804 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 42600.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Rhow_000803 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 5種, 149分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris/HCl (pH 8.5), 1 M ammonium sulfate and 12% (v/v) glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→45.92 Å / Num. obs: 207203 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.56 % / Biso Wilson estimate: 40.25 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.6 Å / 冗長度: 2.64 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique obs: 13330 / CC1/2: 0.709 / Rrim(I) all: 0.593 / % possible all: 98.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6M1W 解像度: 2.45→44.99 Å / SU ML: 0.2704 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.5781
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→44.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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