[日本語] English
万見
- PDB-6m1t: Bacterial beta class Sphingomonas chungbukensis Glutathione S-tra... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m1t
タイトルBacterial beta class Sphingomonas chungbukensis Glutathione S-transferase
要素Glutathione S-transferase
キーワードTRANSFERASE / detoxification / GSH
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione metabolic process / transferase activity
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / GLUTATHIONE / Glutathione S-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingobium chungbukense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Han, Y.H. / Chung, Y.J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Korea)2018R1A6A3A11051079 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bacterial beta class Sphingomonas chungbukensis Glutathione S-transferase
著者: Han, Y.H. / Chung, Y.J.
履歴
登録2020年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase
B: Glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1709
ポリマ－42,8832
非ポリマー1,2877
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area17100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.634, 95.447, 99.567
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase


分子量: 21441.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingobium chungbukense (バクテリア)
遺伝子: phnC, YP76_23560 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O30347

-
非ポリマー , 5種, 121分子

#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 50% saturated ammonium sulfate, 2% PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 40525 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 3.344 / Net I/σ(I): 31.6 / Num. measured all: 276554
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.8370.15420331.5541100
1.83-1.867.20.14219701.7011100
1.86-1.97.10.11920261.7921100
1.9-1.947.10.11420101.981100
1.94-1.987.10.10220282.161100
1.98-2.037.10.09619802.2611100
2.03-2.087.10.08520272.5841100
2.08-2.1370.07819952.705199.9
2.13-2.270.07520372.9161100
2.2-2.2770.0720152.9951100
2.27-2.356.90.06420033.095199.9
2.35-2.446.90.06120393.323199.6
2.44-2.556.80.05820153.532199.6
2.55-2.696.80.05620413.757199.4
2.69-2.866.70.05420283.922199.4
2.86-3.086.70.04920234.379198.9
3.08-3.396.70.04820325.417199
3.39-3.886.50.04420395.855198
3.88-4.886.10.0420785.826198.3
4.88-505.70.03921066.544193.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.2 Å43.04 Å
Translation2.2 Å43.04 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F2E

1f2e


解像度: 1.9→43.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 3.347 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.1622 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.154
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2558 1769 5.1 %RANDOM
Rwork0.2112 ---
obs0.2134 33012 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 77 Å2 / Biso mean: 22.381 Å2 / Biso min: 8.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→43.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2988 0 78 114 3180
Biso mean--29.3 27.32 -
残基数----402
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0133130
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172946
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7841.644248
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7331.5836827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8185400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.32421.908131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.50915476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0051514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02620
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 118 -
Rwork0.227 2419 -
all-2537 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る