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- PDB-6m0a: The heme-bound structure of the chloroplast protein At3g03890 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m0a
タイトルThe heme-bound structure of the chloroplast protein At3g03890
要素AT3G03890 protein
キーワードPLANT PROTEIN / heme binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


heme catabolic process / chloroplast / heme binding / protein homodimerization activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Domain of unknown function DUF2470 / Domain of unknown function (DUF2470) / Haem oxygenase HugZ-like superfamily / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / FMN-binding split barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / AT3G03890 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wang, J. / Liu, L.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503703 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31370759 中国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: The Arabidopsis locus AT3G03890 encodes a dimeric beta-barrel protein implicated in heme degradation.
著者: Wang, J. / Guo, Q. / Li, X. / Wang, X. / Liu, L.
履歴
登録2020年2月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AT3G03890 protein
B: AT3G03890 protein
C: AT3G03890 protein
D: AT3G03890 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,49212
ポリマ－127,8574
非ポリマー2,6348
水4,900272
1
A: AT3G03890 protein
B: AT3G03890 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2466
ポリマ－63,9292
非ポリマー1,3174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area24160 Å2
手法PISA
2
C: AT3G03890 protein
D: AT3G03890 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2466
ポリマ－63,9292
非ポリマー1,3174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area23780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.346, 79.936, 80.105
Angle α, β, γ (deg.)99.950, 109.410, 104.050
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 69 through 70 and (name N...
21(chain B and ((resid 69 through 70 and (name N...
31(chain C and ((resid 69 through 70 and (name N...
41(chain D and (resid 69 through 95 or resid 97...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSLEULEU(chain A and ((resid 69 through 70 and (name N...AA69 - 7040 - 41
12ASPASPHOHHOH(chain A and ((resid 69 through 70 and (name N...AA - M66 - 50137
13ASPASPHOHHOH(chain A and ((resid 69 through 70 and (name N...AA - M66 - 50137
21LYSLYSLEULEU(chain B and ((resid 69 through 70 and (name N...BB69 - 7040 - 41
22THRTHRHOHHOH(chain B and ((resid 69 through 70 and (name N...BB - N65 - 50136
23THRTHRHOHHOH(chain B and ((resid 69 through 70 and (name N...BB - N65 - 50136
31LYSLYSLEULEU(chain C and ((resid 69 through 70 and (name N...CC69 - 7040 - 41
32THRTHRHOHHOH(chain C and ((resid 69 through 70 and (name N...CC - O65 - 50136
33THRTHRHOHHOH(chain C and ((resid 69 through 70 and (name N...CC - O65 - 50136
41LYSLYSILEILE(chain D and (resid 69 through 95 or resid 97...DD69 - 9540 - 66
42GLYGLYGLYGLY(chain D and (resid 69 through 95 or resid 97...DD97 - 21268 - 183
43VALVALALAALA(chain D and (resid 69 through 95 or resid 97...DD213 - 214184 - 185
44VALVALHOHHOH(chain D and (resid 69 through 95 or resid 97...DD - P67 - 50138
45THRTHRTHRTHR(chain D and (resid 69 through 95 or resid 97...DD215186

-
要素

#1: タンパク質
AT3G03890 protein / FMN binding protein


分子量: 31964.373 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At3g03890, F20H23.6, F20H23_6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8LDU1
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M trisodium citrate, 25% (w/v) PEG 4,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 60833 / % possible obs: 78.3 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 5279 / CC1/2: 0.764 / Rpim(I) all: 0.345

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N7R

4n7r


解像度: 2.2→32.844 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2329 2993 4.94 %
Rwork0.192 --
obs0.194 60639 90.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 127.06 Å2 / Biso mean: 56.9764 Å2 / Biso min: 24.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→32.844 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7748 0 184 272 8204
Biso mean--59.92 49.66 -
残基数----1016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098124
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9711054
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051412
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4142955
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4658X-RAY DIFFRACTION10.708TORSIONAL
12B4658X-RAY DIFFRACTION10.708TORSIONAL
13C4658X-RAY DIFFRACTION10.708TORSIONAL
14D4658X-RAY DIFFRACTION10.708TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.23610.28931090.2471218271
2.2361-2.27460.28981220.243256286
2.2746-2.3160.31581390.2392279593
2.316-2.36050.30671520.227287494
2.3605-2.40870.26761600.2208285095
2.4087-2.4610.28711330.2143286495
2.461-2.51820.28251630.2167288594
2.5182-2.58120.27131510.2169281994
2.5812-2.6510.26491620.205279093
2.651-2.72890.2471320.2156279092
2.7289-2.8170.30051300.2163267889
2.817-2.91760.30341360.2061248182
2.9176-3.03430.25121660.215289296
3.0343-3.17230.29721780.2164285795
3.1723-3.33940.23831360.2057288094
3.3394-3.54840.26371370.1999280393
3.5484-3.8220.23081130.1924278091
3.822-4.20590.18851500.1817249884
4.2059-4.81290.18011710.1517273792
4.8129-6.05750.19421400.1706289895
6.0575-32.8440.20031130.1727273190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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