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- PDB-6m08: Crystal structure of Lp-PLA2 in complex with a novel covalent inh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m08
タイトルCrystal structure of Lp-PLA2 in complex with a novel covalent inhibitor.
要素Platelet-activating factor acetylhydrolase
キーワードHYDROLASE / Lp-PLA2 / Covalent inhibitor / Complex structure / Serine phospholipase.
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma lipoprotein particle oxidation / platelet activating factor catabolic process / calcium-independent phospholipase A2 activity / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / platelet activating factor metabolic process / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / lipid oxidation / phosphatidylcholine catabolic process / low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle ...plasma lipoprotein particle oxidation / platelet activating factor catabolic process / calcium-independent phospholipase A2 activity / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / platelet activating factor metabolic process / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / lipid oxidation / phosphatidylcholine catabolic process / low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle / low-density lipoprotein particle remodeling / positive regulation of monocyte chemotaxis / peptide hormone processing / hydrolase activity, acting on ester bonds / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / phospholipid binding / positive regulation of inflammatory response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Platelet-activating factor acetylhydrolase, eucaryote / Platelet-activating factor acetylhydrolase, isoform II / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BWL / Platelet-activating factor acetylhydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Hu, H.C. / Xu, Y.C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Identification of Highly Selective Lipoprotein-Associated Phospholipase A2 (Lp-PLA2) Inhibitors by a Covalent Fragment-Based Approach.
著者: Huang, F. / Hu, H. / Wang, K. / Peng, C. / Xu, W. / Zhang, Y. / Gao, J. / Liu, Y. / Zhou, H. / Huang, R. / Li, M. / Shen, J. / Xu, Y.
履歴
登録2020年2月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年1月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platelet-activating factor acetylhydrolase
B: Platelet-activating factor acetylhydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0683
ポリマ－84,5342
非ポリマー5341
水1,06359
1
A: Platelet-activating factor acetylhydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2671
ポリマ－42,2671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Platelet-activating factor acetylhydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8012
ポリマ－42,2671
非ポリマー5341
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.346, 82.345, 96.664
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.730, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Platelet-activating factor acetylhydrolase / PAF acetylhydrolase / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / 2-acetyl-1- ...PAF acetylhydrolase / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / 2-acetyl-1-alkylglycerophosphocholine esterase / Group-VIIA phospholipase A2 / gVIIA-PLA2 / LDL-associated phospholipase A2 / LDL-PLA(2) / PAF 2-acylhydrolase


分子量: 42267.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLA2G7, PAFAH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q13093, 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase
#2: 化合物 ChemComp-BWL / (2S)-2-[(Z)-3-[2-(diethylamino)ethyl-[[4-[4-(trifluoromethyl)phenyl]phenyl]methyl]amino]-1-oxidanyl-3-oxidanylidene-prop-1-enyl]pyrrolidine-1-carboxylic acid


分子量: 533.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H34F3N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MOPS pH 6.6, 0.4 M Li2SO4, 22.5-27% (w/v) (NH4)2SO4, 1 M Na-Ac, 1.4 % 1,4-butanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 42102 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.914 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.246.41.05621180.7160.4511.1510.91999.9
2.24-2.286.81.00320700.760.4141.0870.93399.8
2.28-2.326.70.89521000.7660.3710.9710.90699.8
2.32-2.376.70.74520980.8260.310.8080.91499.9
2.37-2.426.80.63320980.8790.2610.6860.94999.9
2.42-2.486.70.54720990.9080.2260.5920.94499.7
2.48-2.546.80.46721130.9350.1930.5060.93799.9
2.54-2.616.70.37220710.9510.1540.4040.9199.8
2.61-2.696.70.31721140.9610.1320.3440.9399.7
2.69-2.776.30.24321010.9710.1040.2650.9299.5
2.77-2.8760.19620450.9740.0850.2140.93198.1
2.87-2.997.10.17421270.9840.070.1880.96599.9
2.99-3.127.10.1321120.9910.0520.140.932100
3.12-3.297.10.10821070.9920.0430.1160.9599.9
3.29-3.4970.08621050.9940.0350.0931.0299.6
3.49-3.766.90.07121310.9930.0290.0770.96999.6
3.76-4.146.10.06220720.9940.0270.0680.88698.2
4.14-4.7470.05721150.9960.0230.0610.85100
4.74-5.9770.05421430.9940.0220.0590.72599.8
5.97-506.50.05921630.9960.0250.0640.79299.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I9I

5i9i


解像度: 2.19→46.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 6.213 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.216
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2401 1952 4.9 %RANDOM
Rwork0.1927 ---
obs0.1951 37721 92.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 122.8 Å2 / Biso mean: 31.109 Å2 / Biso min: 14.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å2-0 Å20.11 Å2
2--0.19 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.19→46.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5768 0 37 59 5864
Biso mean--73.52 28.95 -
残基数----741
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0135950
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0175322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5651.6448080
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3871.58312297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7935739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.61322.376303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.24815939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4191532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2782
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021315
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.242 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 84 -
Rwork0.26 1413 -
obs--47.05 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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