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- PDB-6lzz: Crystal structure of the PDE9 catalytic domain in complex with in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lzz
タイトルCrystal structure of the PDE9 catalytic domain in complex with inhibitor 4a
要素High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
キーワードHYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cGMP metabolic process / negative regulation of neural precursor cell proliferation / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / cGMP catabolic process / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling ...cGMP metabolic process / negative regulation of neural precursor cell proliferation / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / cGMP catabolic process / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling / positive regulation of long-term synaptic potentiation / sarcolemma / ruffle membrane / perikaryon / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EZU / High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.40003752238 Å
データ登録者Huang, Y.Y. / Wu, Y. / Luo, H.B.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Identification of phosphodiesterase-9 as a novel target for pulmonary arterial hypertension by using highly selective and orally bioavailable inhibitors
著者: Tian, Y.J. / Zhou, Q. / Zhang, P. / Jiang, M.Y. / Zhang, B. / Wu, X.N. / Zhang, C. / Li, Z. / Wu, Y. / Chen, Z. / Luo, H.B.
履歴
登録2020年2月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
B: High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1008
ポリマ－76,1762
非ポリマー9246
水3,243180
1
A: High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
ヘテロ分子

B: High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1008
ポリマ－76,1762
非ポリマー9246
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_544x+1/2,-y-1/2,-z-1/41
Buried area1840 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area27810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.383, 103.383, 268.366
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A


分子量: 38088.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE9A / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O76083, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EZU / 1-cyclopentyl-6-[[(2R)-1-(2-oxa-6-azaspiro[3.3]heptan-6-yl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]amino]-5H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one


分子量: 372.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 2.5M Na formate, 5% xylitol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→21.872 Å / Num. obs: 57569 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 31.4864973288 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.187 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.716 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 5767 / CC1/2: 0.82 / Rpim(I) all: 0.304 / Rrim(I) all: 0.779 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
CrysalisPro38.41データ削減
CrysalisPro38.41データスケーリング
PHASER1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HD1

2hd1


解像度: 2.40003752238→21.871728104 Å / SU ML: 0.42495802348 / 交差検証法: NONE / σ(F): 2.0139037024 / 位相誤差: 29.3847431381
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295412615112 2834 4.92278830621 %
Rwork0.253419807951 --
obs0.255448854661 57569 99.6710469364 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.8080136684 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.40003752238→21.871728104 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5266 0 58 180 5504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009787176645785463
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.048854464947410
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532399563088796
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00834259955055975
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9411177873331
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4001-2.44140.3726384699931300.3353902404942695X-RAY DIFFRACTION99.6824276641
2.4414-2.48570.3405675448151340.3197913754982702X-RAY DIFFRACTION99.9295278365
2.4857-2.53340.3654043144711250.329661576352718X-RAY DIFFRACTION100
2.5334-2.58510.3645335136471390.3324621054432707X-RAY DIFFRACTION100
2.5851-2.64120.3751095231961410.3284423114582679X-RAY DIFFRACTION100
2.6412-2.70250.3537181545911550.3138144011352695X-RAY DIFFRACTION99.9649245879
2.7025-2.770.362516034111550.2986153207972684X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.84470.3273142795211510.3118851477442703X-RAY DIFFRACTION100
2.8447-2.92820.3481082095381490.3021481250682714X-RAY DIFFRACTION100
2.9282-3.02250.3806856713241430.2990872528692717X-RAY DIFFRACTION99.9650471863
3.0225-3.13030.3116309317461480.2911479983112721X-RAY DIFFRACTION99.9651567944
3.1303-3.25520.3613275923321500.279746706832723X-RAY DIFFRACTION99.9304347826
3.2552-3.40280.2780079185871340.2639546035732728X-RAY DIFFRACTION99.8604326588
3.4028-3.58150.2986753027651210.2541918770822741X-RAY DIFFRACTION99.6865203762
3.5815-3.80480.3042886331371520.2345066493932731X-RAY DIFFRACTION99.4137931034
3.8048-4.09680.281686715541340.2379078969252756X-RAY DIFFRACTION99.2445054945
4.0968-4.50580.2260287544151340.2128334174352754X-RAY DIFFRACTION98.8026000684
4.5058-5.15040.245934079981350.2003484355832775X-RAY DIFFRACTION98.5772357724
5.1504-6.46110.2427612098971500.2096055700142821X-RAY DIFFRACTION99.5309882747
6.4611-21.8710.2154856968751540.1821835421312971X-RAY DIFFRACTION99.0805326569

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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