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- PDB-6lzj: Aquifex aeolicus MutL ATPase domain complexed with AMPPCP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lzj
タイトルAquifex aeolicus MutL ATPase domain complexed with AMPPCP
要素DNA mismatch repair protein MutL
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA repair / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


mismatch repair complex / mismatched DNA binding / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA mismatch repair protein, MutL / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like / DNA mismatch repair, conserved site / DNA mismatch repair protein MutL/Mlh/Pms / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain ...DNA mismatch repair protein, MutL / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like / DNA mismatch repair, conserved site / DNA mismatch repair protein MutL/Mlh/Pms / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / DNA mismatch repair proteins mutL / hexB / PMS1 signature. / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / DNA mismatch repair protein MutL
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72835563454 Å
データ登録者Fukui, K. / Izuhara, K. / Yano, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K07376 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: A Lynch syndrome-associated mutation at a Bergerat ATP-binding fold destabilizes the structure of the DNA mismatch repair endonuclease MutL.
著者: Izuhara, K. / Fukui, K. / Murakawa, T. / Baba, S. / Kumasaka, T. / Uchiyama, K. / Yano, T.
履歴
登録2020年2月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA mismatch repair protein MutL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1933
ポリマ－35,6631
非ポリマー5302
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Gel filtration, DLS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.016, 42.863, 53.859
Angle α, β, γ (deg.)81.110, 71.598, 77.691
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 DNA mismatch repair protein MutL


分子量: 35663.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 1-12, 68-90, 216-217, 231, 259, 273-292, and 306-310 are disordered.
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: mutL / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: O67518
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 50 mM tris-HCl, 50 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 5 mM AMPPCP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.728→33.85 Å / Num. obs: 27191 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 28.2509524166 Å2 / CC1/2: 0.75 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 1.73→1.79 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.769 / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 2818 / Rpim(I) all: 0.458 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.10.1精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
PHENIXv1.10.1位相決定
PHENIXv1.10.1モデル構築
Cootv0.7.2モデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5x9y

5x9y


解像度: 1.72835563454→33.8470218389 Å / SU ML: 0.166573750674 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 4.9219533031 / 位相誤差: 23.4865123955
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234289477111 1997 7.35489098409 %
Rwork0.208637409745 25155 -
obs0.210518540207 27152 89.6875206448 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.9128505527 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72835563454→33.8470218389 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1999 0 32 139 2170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01035995521892056
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.298968892952756
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0704865882669314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087219584007342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.27297799931272
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7284-1.77160.196684003842990.1455532661891253X-RAY DIFFRACTION62.4192059095
1.7716-1.81950.1828302375881530.1486582851021920X-RAY DIFFRACTION95.6180811808
1.8195-1.8730.2265026711091520.1850118670511910X-RAY DIFFRACTION95.6400742115
1.873-1.93350.2887494197971180.2600622570441509X-RAY DIFFRACTION74.6672785682
1.9335-2.00260.2642749421831530.2052164335731913X-RAY DIFFRACTION96.2721342032
2.0026-2.08270.2366220732361520.1931263983241931X-RAY DIFFRACTION96.0793357934
2.0827-2.17750.2245913900961550.2058053363591940X-RAY DIFFRACTION96.5437788018
2.1775-2.29230.2964495037811100.2643904926151381X-RAY DIFFRACTION69.6403549743
2.2923-2.43590.2451340112061570.2193775924521972X-RAY DIFFRACTION97.4816849817
2.4359-2.62390.2588919079791540.2273804387361946X-RAY DIFFRACTION97.7198697068
2.6239-2.88780.2668549398061560.2208522280321970X-RAY DIFFRACTION98.1532779317
2.8878-3.30530.2574330541121560.2187072787191958X-RAY DIFFRACTION98.417132216
3.3053-4.16320.1935445086141270.1922065141411597X-RAY DIFFRACTION79.593721145
4.1632-4.750.2207771476071550.1953445798811955X-RAY DIFFRACTION97.5046210721
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.9546732781 Å / Origin y: 29.613288474 Å / Origin z: -26.1773897294 Å
111213212223313233
T0.163315155728 Å20.0180756774053 Å20.00619754492888 Å2-0.180227536401 Å2-0.0143517486578 Å2--0.164376002564 Å2
L0.484412530205 °20.6607421299 °2-0.0572045594144 °2-1.89171944658 °2-0.176479303207 °2--0.651943227941 °2
S0.0538800782265 Å °-0.0301316462491 Å °-0.00494451457011 Å °0.247508386031 Å °-0.0282310301645 Å °-0.139642096119 Å °-0.0131987153181 Å °-0.0488250258892 Å °-0.000181294894779 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resseq 12:303)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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