PDB-6lz4: Crystal structure of PMab-1 Fv-clasp fragment with its antigen peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lz4

タイトル

Crystal structure of PMab-1 Fv-clasp fragment with its antigen peptide

要素

MAP peptide
PMab-1 VH(S112C)-SARAH Chimera
PMab-1 VL-SARAH(S37C) Chimera

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody fragment / Fv-clasp

機能・相同性

機能・相同性情報

tube morphogenesis / regulation of myofibroblast contraction / lymphatic endothelial cell fate commitment / actin-mediated cell contraction / GPVI-mediated activation cascade / leading edge of lamellipodium / visceral serous pericardium development / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of extracellular matrix disassembly / lymphangiogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Arimori, T. / Takagi, J.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2020
タイトル: Site-specific epitope insertion into recombinant proteins using the MAP tag system.
著者: Wakasa, A. / Kaneko, M.K. / Kato, Y. / Takagi, J. / Arimori, T.

履歴

登録	2020年2月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6lz4_full_validation.pdf.gz	475.5 KB	表示
XML形式データ	6lz4_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	6lz4_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/6lz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/6lz4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1lk3S 5w5zS 5xctS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6lcs-d 3mh6-d 5xcx-d 2dby-d 4lj4-d 5ua1-1 4bvu-d 1v4a-d 2dwq-2 6g8h-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PMab-1 VH(S112C)-SARAH Chimera

B: PMab-1 VL-SARAH(S37C) Chimera

C: MAP peptide

D: PMab-1 VH(S112C)-SARAH Chimera

E: PMab-1 VL-SARAH(S37C) Chimera

F: MAP peptide

78 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PMab-1 VH(S112C)-SARAH Chimera

B: PMab-1 VL-SARAH(S37C) Chimera

C: MAP peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
39 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: PMab-1 VH(S112C)-SARAH Chimera

E: PMab-1 VL-SARAH(S37C) Chimera

F: MAP peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.652, 85.088, 115.662
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: 抗体	PMab-1 VH(S112C)-SARAH Chimera 分子量: 19156.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The VH domain region (residues 1-113) of this chimeric protein is derived from Rattus norvegicus, while the SARAH domain region (residues 114-164) is derived from Homo sapiens. 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	PMab-1 VL-SARAH(S37C) Chimera 分子量: 18424.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The VL domain region (residues 1-108) of this chimeric protein is derived from Rattus norvegicus, while the SARAH domain region (residues 109-159) is derived from Homo sapiens. 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド	MAP peptide 分子量: 1429.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q62011*PLUS
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Potassium formate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→48.15 Å / Num. obs: 23798 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 61.08 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_sym value: 0.13 / Net I/σ(I): 11.55
反射シェル	解像度: 2.49→2.64 Å / Num. unique obs: 3645 / CC_1/2: 0.65 / R_sym value: 1.42

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LK3, 5W5Z, 5XCT

1lk3

5w5z

5xct

解像度: 2.49→42.54 Å / SU ML: 0.4411 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.0949 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2693	1190	5 %
R_work	0.2448	22597	-
obs	0.246	23787	99.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.49→42.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5175	0	0	0	5175

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0051	5289
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8297	7164
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0449	780
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0059	915
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.9453	3185

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.49-2.59	0.4041	126	0.3954	2342	X-RAY DIFFRACTION	94.31
2.59-2.71	0.3629	130	0.3633	2488	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.71-2.85	0.3788	130	0.3513	2479	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.85-3.03	0.3585	132	0.3356	2498	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.03-3.27	0.3221	132	0.3025	2499	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.27-3.59	0.2746	132	0.27	2513	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.59-4.11	0.2682	133	0.2286	2521	X-RAY DIFFRACTION	99.85
4.11-5.18	0.2331	135	0.1899	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.18-42.54	0.2162	140	0.2037	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.82

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.84998732211	0.98149697958	0.487997680068	2.61454491882	1.86743431337	5.32702671046	0.0732327584824	-0.158869499094	-0.584049030755	0.313695270034	0.153109527347	-0.327748086868	1.14223609498	0.0541382821529	-0.303633632757	0.6154391187	0.0605714382483	-0.0932090659748	0.360649031018	0.0654299762252	0.594286362094	4.06820683103	-14.2671416275	-0.606885970296
2	1.77903587577	-1.87998498914	-1.7032503147	3.35029764092	1.5614424873	3.82496260439	-0.00468639259255	-0.0224732751234	-0.128394488185	-0.0899271283603	0.29948774491	-0.198877611442	-0.0459005655382	1.05056658733	-0.169920282756	0.596017213407	-0.0453678700077	-0.062739430311	0.860441193612	-0.103066755492	0.52986912241	25.6010454047	7.84339309667	-12.0377248031
3	2.0619775671	-0.120770433497	-0.277313950756	5.92091271137	0.0919704163835	4.07699929381	-0.0504514686853	-0.237051614667	0.101938935941	0.0517006244885	-0.0679786761729	0.705893710843	0.109995295983	-0.533168442853	0.155599730508	0.253965250822	0.032060378012	0.0065159405084	0.451044435435	-0.0256106096389	0.391801711661	-7.73468335486	4.3556907185	1.95487156332
4	2.68785231461	-1.25945053452	-1.82709320343	4.12114304429	2.80379549806	6.88141572674	-0.362970182607	0.0937436901473	-0.417148840609	-0.0602673034346	0.0896795982639	0.326817490564	0.358870756977	0.541544403187	0.267077579931	0.396385783255	-0.0511626022729	-0.0267473525687	0.577599326204	-0.0131695130922	0.465578551455	16.5634727969	8.86967200188	-4.21549379579
5	3.92451900281	-1.38780764264	1.29983981292	5.89970395229	-2.22465843511	5.2232769829	0.517552971056	0.256519537019	-0.0148525013051	-0.700149133306	-0.43197785557	-0.434446425478	0.197064672915	0.888509767181	-0.144100444181	0.813090119787	-0.0528403412369	0.0639163158796	0.536416359861	0.0218665159119	0.469790988497	-1.43775137264	-31.1966527543	-27.8305688959
6	5.49758869187	-3.47587538258	2.36033330038	4.50846336697	-3.43069156948	3.92967115051	0.00695934824679	0.230195554855	0.157641119567	-0.279789415875	0.124685054748	0.147962409308	0.246124257401	-0.183691599967	-0.0258156239867	0.519579285583	-0.0750856077533	0.0330455067387	0.541518594817	0.0203887047678	0.480116863405	-22.4497692432	-51.7596639729	-15.8239379474
7	4.34846137481	-1.88474655535	3.86325416327	3.85318077136	-1.63678469342	6.77141122655	0.211333561177	-0.485835003961	0.350509721303	0.420392845373	0.0712142948991	0.23334517965	-0.919820953883	-1.26491889985	-0.329628770811	1.01723135074	0.186131244923	0.182111124377	0.735869006774	0.0787351040841	0.507618017089	-19.0028237743	-17.6356280644	-31.3769248899
8	3.27703085019	0.430445053699	0.922053004649	1.84036962834	-1.93982768252	3.40376793881	-0.327540604575	1.16280752126	0.806136870189	0.224463729049	-0.0386493471726	-0.093085335484	-0.237798346928	0.162519726308	0.108153987031	0.350370307503	-0.0214407556309	0.0337909867149	0.661092478047	0.0552295803013	0.551728216268	-19.1834020853	-45.0224409029	-21.9807856559
9	3.04417928809	4.61362996386	0.459418563999	6.99547102712	0.717393980981	0.0925947772502	-0.356851168666	-0.0819811518036	0.440346089427	0.177127928317	0.143401080824	0.27213475883	-0.129740649759	-0.440604937669	0.103660408281	0.726589208515	-0.136540055279	0.0743238326497	0.542127142636	-0.0644981537797	0.682457105737	-11.337602667	-12.0757615595	4.31165285855
10	0.0680283269905	0.872571295667	-0.436376350551	8.56421979617	-4.36839305777	2.24353529172	-0.0200054655245	-0.0110582259715	-0.43368598101	0.523337602078	0.0706437890577	-0.47259477104	-0.0939053460802	-0.157936580016	-0.0427098860069	0.794929259941	-0.0543303475406	0.15728630374	0.61866630892	0.0986891470688	0.547523173908	-3.14001530198	-17.1674998867	-34.4648190453

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 113 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 118 through 164)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 0 through 108 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 109 through 158 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 1 through 113 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 117 through 163 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'E' and (resid 1 through 106 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'E' and (resid 119 through 159 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1 through 8 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'F' and (resid 1 through 7 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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