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- PDB-6lyz: Real-space refinement of the structure of hen egg-white lysozyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lyz
タイトルReal-space refinement of the structure of hen egg-white lysozyme
要素HEN EGG WHITE LYSOZYME
キーワードHYDROLASE / HYDROLASE (O-GLYCOSYL)
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Diamond, R. / Phillips, D.C. / Blake, C.C.F. / North, A.C.T.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: Real-space refinement of the structure of hen egg-white lysozyme.
著者: Diamond, R.
#1: ジャーナル: Lysozyme / 年: 1974
タイトル: Crystallographic Studies of Lysozyme and its Interactions with Inhibitors and Substrates
著者: Phillips, D.C.
#2: ジャーナル: The Enzymes,Third Edition / 年: 1972
タイトル: Vertebrate Lysozymes
著者: Imoto, T. / Johnson, L.N. / North, A.C.T. / Phillips, D.C. / Rupley, J.A.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1975
タイトル: An X-Ray Study of the Structure and Binding Properties of Iodine-Inactivated Lysozyme
著者: Beddell, C.R. / Blake, C.C.F. / Oatley, S.J.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: Energy Refinement of Hen Egg-White Lysozyme
著者: Levitt, M.
#5: ジャーナル: Proc.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1967
タイトル: On the Conformation of the Hen Egg-White Lysozyme Molecule
著者: Blake, C.C.F. / Mair, G.A. / North, A.C.T. / Phillips, D.C. / Sarma, V.R.
#6: ジャーナル: Proc.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1967
タイトル: Crystallographic Studies of the Activity of Hen Egg-White Lysozyme
著者: Blake, C.C.F. / Johnson, L.N. / Mair, G.A. / North, A.C.T. / Phillips, D.C. / Sarma, V.R.
#7: ジャーナル: Sci.Am. / 年: 1966
タイトル: The Three-Dimensional Structure of an Enzyme Molecule
著者: Phillips, D.C.
#8: ジャーナル: Nature / 年: 1965
タイトル: Structure of Hen Egg-White Lysozyme, a Three-Dimensional Fourier Synthesis at 2 Angstroms Resolution
著者: Blake, C.C.F. / Koenig, D.F. / Mair, G.A. / North, A.C.T. / Phillips, D.C. / Sarma, V.R.
#9: ジャーナル: Nature / 年: 1965
タイトル: Structure of Some Crystalline Lysozyme-Inhibitor Complexes Determined by X-Ray Analysis at 6 Angstroms Resolution
著者: Johnson, L.N. / Phillips, D.C.
#10: ジャーナル: Atlas of Macromolecular Structure on Microfiche
年: 1976
#11: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure (Data Section)
年: 1972
履歴
登録1975年2月1日処理サイト: BNL
改定 1.01977年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEN EGG WHITE LYSOZYME


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3311
ポリマ－14,3311
非ポリマー00
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.100, 79.100, 37.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Atom site foot note1: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO CARBONYL OF TYR 53, N OF LEU 56, OG OF SER 91
2: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 44, HOH 61, CARBONYL OF ASP 87, N AND OG OF SER 91
3: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 4, NZ OF LYS 1, CARBONYL OF VAL 2, OE1 OF GLU 7
4: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 3, HOH 40, OE OF GLU 7 POSSIBLE HYDROGEN BOND TO NE OF ARG 5
5: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO NE OF ARG 14, CARBONYL OF ARG 128, HOH 40
6: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO NZ OF LYS 33, NE OF ARG 73, HOH 40
7: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO CARBONYLS OF ILE 124, CYS 127, HOH 39
8: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO OD1 OF ASP 48, N OF GLY 126 / 9: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO NE OF ARG 61 / 10: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO NE OF ARG 5 / 11: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO N OF CYS 6 / 12: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO NE OF ARG 14 / 13: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO OG OF SER 24 / 14: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO AMIDE OF GLN 121 / 15: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 24A, AMIDE OF GLN 121 / 16: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO OD OF ASP 119 / 17: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO HOH 35, NEAR NE1 OF TRP 123
18: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO N OF TYR 23, ND2 OF ASN 27, NE OF ARG 114
19: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO ND2 OF ASN 37
20: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO CARBONYL OF GLY 67, AND NEAR VAL 2
21: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO N OF LYS 1, OG OF SER 86, HOH 34 PRO 79G
22: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO N OF LYS 1, OD1 OF ASN 39, OE1 OF GLN 41, HOH 22 COG 66
23: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO HOH 21 OD 65G / 24: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO OG OF SER 24, N OF GLY 26
25: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO CARBONYL OF THR 118, N OF VAL 120, HOH 24A
26: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 14, HOH 24 / 27: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 26, NE OF ARG 114
28: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO CARBONYL OF ARG 114, HOH 25, HOH 35
29: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 28, CARBONYL OF PHE 34 COE 22
30: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 27, HOH 29 NODE 19
31: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO CARBONYL OF GLU 35, HOH 28, HOH 30, HOH 31
32: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 29, HOH 32 NEH G68
33: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO ND2 OF ASN 44, OE1 OF GLN 57, HOH 29
34: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO CARBONYL OF SER 36, ND2 OF ASN 39, HOH 30, HOH 33 G68
35: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO ND2 OF ASN 37, HOH 32 G67 / 36: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO HOH 20, NEAR OG OF SER 26 / 37: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 16, HOH 26, HOH 55 E116
38: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO CARBONYL OF PHE 34, NH1 OF ARG 114 E22
39: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO CARBONYL OF GLN 41, NE OF ARG 68 OEHG53
40: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO OG1 OF THR 40, CARBONYL OF LEU 84, OG OF SER 86 N86
41: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 7, HOH 40, NE OF ARG 14
42: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 4, HOH 5, HOH 6, HOH 39, HOH 41, ND1 OF HIS 15
43: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 40, NE OF ARG 14, OD2 OF ASP 87
44: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO CARBONYL OF LYS 13, N OF ASP 18, HOH 63
45: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO CARBONYLS OF LEU 83, SER 85
46: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO N OF ALA 110, ND2 OF ASN 113, HOH 47 HOH 32
47: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO OD1 OF ASN 113 / 48: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 45, HOH 48
49: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 47, OE1 OF GLU 35, HOH 58, HOH 59
50: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO N OF GLU 7, N OF THR 118 / 51: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO OG OF SER 85, HOH 51, HOH 66 / 52: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO HOH 50 / 53: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO HOH 53 / 54: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO HOH 52 / 55: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO HOH 35 / 56: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO NE OF ARG 14
57: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 57A, CARBONYLS OF ARG 14, HIS 15
58: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO HOH 57 / 59: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 48, OD2 OF ASP 52 / 60: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 48, HOH 60 / 61: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO HOH 59
62: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 2, OG OF SER 85, CARBONYL OF ASP 87
63: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO OG1 OF THR 89 / 64: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO CARBONYL OF GLY 16, HOH 43 / 65: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 65, N OF ARG 45 / 66: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 64, CARBONYL OF ARG 45 / 67: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO HOH 50
68: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 67A, HOH 68, HOH 69, HOH 70 CARBONYL OF GLN 57
69: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 67, HOH 68, HOH 70
70: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 67, HOH 67A, CARBONYL OF ALA 107
71: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 67, N OF VAL 109
72: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 67, HOH 67A, OD1 AND OD2 OF ASP 52
73: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO OD1 OF ASN 46 / 74: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO CARBONYL OF ASN 46 / 75: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO NZ OF LYS 96, HOH 75 / 76: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO HOH 73 / 77: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO N OF ASN 59 / 78: EXTENDED DENSITY NEAR CLEFT
79: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO CARBONYL OF GLY 49, OG1 OF THR 51, OG OF SER 60, ND2 OF ASP 66, NE OF ARG 68
81: NO CONTACT
82: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO CARBONYL OF ILE 98, N OF GLY 102, N OF ASN 103
83: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO OD2 OF ASN 103, HOH 95 / 84: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO CARBONYL OF THR 47
85: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO NE OF ARG 45, CARBONYL OF ASP 48, CARBONYL OF ARG 68
86: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO OH OF TYR 20, OG OF SER 100 / 88: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO NE OF ARG 21, OG OF SER 100 / 89: ON TWO-FOLD AXIS
90: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 94, NE1 OF TRP 62, HOH 95
91: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 93, NE OF ARG 61 / 92: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 82, HOH 93
93: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO OD1 OF ASN 65, N AND CARBONYL OF THR 69, OG OF SER 72, NEAR BAD PATCH
94: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO CARBONYL OF CYS 76 / 95: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO NE OF ARG 61 / 96: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO HOH 100 / 97: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 99, HOH 101, HOH 102 / 98: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO HOH 100 / 99: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 100, HOH 103 / 100: POSSIBLE HYDROGEN BONDS TO HOH 102, HOH 104 / 101: POSSIBLE HYDROGEN BOND TO HOH 103
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-218-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HEN EGG WHITE LYSOZYME


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.52 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

精密化最高解像度: 2 Å
詳細: THE TEMPERATURE FACTOR FIELDS OF THIS ENTRY CONTAIN ELECTRON COUNTS INSTEAD, IN THE FORM THEY WERE DEPOSITED. THE WATER MOLECULES WERE REFINED AGAINST A DIFFERENCE- ELECTRON-DENSITY MAP ...詳細: THE TEMPERATURE FACTOR FIELDS OF THIS ENTRY CONTAIN ELECTRON COUNTS INSTEAD, IN THE FORM THEY WERE DEPOSITED. THE WATER MOLECULES WERE REFINED AGAINST A DIFFERENCE- ELECTRON-DENSITY MAP OBTAINED USING THE COORDINATE SET DESIGNATED RS4 IN THE PAPER CITED IN THE JRNL RECORDS ABOVE.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 0 101 1102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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