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- PDB-6lyx: Crystal structure of oxidized ACHT1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lyx
タイトルCrystal structure of oxidized ACHT1
要素Thioredoxin-like 2-1, chloroplastic
キーワードOXIDOREDUCTASE / Arabidopsis thaliana / 2-Cys PrxA / Peroxidase activity.
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of photosynthesis / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor / detection of redox state / chloroplast stroma / chloroplast
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin-like 2-1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.696 Å
データ登録者Wang, J.C. / Pan, W.M. / Cai, W.G. / Wang, M.Z. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Structural insight into the biological functions of Arabidopsis thaliana ACHT1.
著者: Wang, J. / Pan, W. / Cai, W. / Wang, M. / Liu, L. / Zhang, M.
履歴
登録2020年2月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin-like 2-1, chloroplastic
B: Thioredoxin-like 2-1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8684
ポリマ－34,6802
非ポリマー1882
水5,873326
1
A: Thioredoxin-like 2-1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5283
ポリマ－17,3401
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area190 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area6460 Å2
手法PISA
2
B: Thioredoxin-like 2-1, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3401
ポリマ－17,3401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.611, 102.537, 92.657
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-511-

HOH

21A-552-

HOH

31B-425-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Thioredoxin-like 2-1, chloroplastic / Atypical cysteine/histidine-rich thioredoxin 1 / AtACHT1


分子量: 17339.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At4g26160, F20B18.270 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8LEK4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: ammonium sulfate, isopropanol,agarose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 52914 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 14.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 0.936 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.7-1.765.50.6952040.8460.320.7630.78199.6
1.76-1.837.30.50452530.940.20.5430.817100
1.83-1.917.40.33452070.9720.1320.360.911100
1.91-2.027.40.23152740.9840.0910.2490.983100
2.02-2.147.40.1752550.9880.0670.1831.07100
2.14-2.317.40.12752810.9920.050.1361.071100
2.31-2.547.30.10552620.9940.0420.1131.02100
2.54-2.917.30.08853140.9940.0350.0950.963100
2.91-3.666.70.07353490.9950.0320.080.96100
3.66-506.50.06255150.9950.0270.0680.72399.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
ARP/wARPdata processing
AMBER精密化
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3zzx

3zzx


解像度: 1.696→38.93 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.29
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1887 2457 4.8 %
Rwork0.1734 --
obs0.1741 51212 96.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 60.5 Å2 / Biso mean: 18.41 Å2 / Biso min: 3.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.696→38.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1906 0 11 326 2243
Biso mean--21.78 34.11 -
残基数----239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072000
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0252702
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081283
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004346
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.653733
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.696-1.72860.2104780.2219129647
1.7286-1.76390.25941080.2157236285
1.7639-1.80230.23291540.2094275699
1.8023-1.84420.18961430.18352779100
1.8442-1.89030.19931400.17312790100
1.8903-1.94140.18731280.17712817100
1.9414-1.99850.21961390.16942776100
1.9985-2.0630.16371290.15352810100
2.063-2.13680.16471490.15942799100
2.1368-2.22230.18771470.15512785100
2.2223-2.32350.16771350.16012809100
2.3235-2.44590.18621480.16782807100
2.4459-2.59910.18831310.16772824100
2.5991-2.79980.20411420.17582834100
2.7998-3.08140.15761370.172826100
3.0814-3.52710.21141610.17122832100
3.5271-4.44270.16121570.15542864100
4.4427-38.930.21281310.2032298999
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.1816 Å / Origin y: 63.0548 Å / Origin z: 16.02 Å
111213212223313233
T0.0378 Å2-0.0004 Å20.0057 Å2-0.047 Å2-0.0044 Å2--0.0475 Å2
L0.0707 °2-0.1674 °2-0.1073 °2-0.3038 °20.2337 °2--0.2285 °2
S-0.0109 Å °-0.0297 Å °-0.0147 Å °0.0011 Å °0.0146 Å °0.0187 Å °-0.0054 Å °0.0353 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA85 - 241
2X-RAY DIFFRACTION1allB84 - 205
3X-RAY DIFFRACTION1allB240
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 326

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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