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- PDB-6lyn: CD146 D4-D5/AA98 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lyn
タイトルCD146 D4-D5/AA98 Fab
要素
  • AA98 Fab heavy chain
  • AA98 Fab light chain
  • Cell surface glycoprotein MUC18
キーワードCELL ADHESION / CD146 / AA98
機能・相同性
機能・相同性情報


glomerular filtration / vascular wound healing / anatomical structure morphogenesis / angiogenesis / membrane => GO:0016020 / cell adhesion / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / focal adhesion / extracellular space ...glomerular filtration / vascular wound healing / anatomical structure morphogenesis / angiogenesis / membrane => GO:0016020 / cell adhesion / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / focal adhesion / extracellular space / extracellular region / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin ...CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Cell surface glycoprotein MUC18
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.776 Å
データ登録者Chen, X. / Yan, X.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770793 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31370740 中国
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2021
タイトル: Structure basis for AA98 inhibition on the activation of endothelial cells mediated by CD146.
著者: Chen, X. / Yan, H. / Liu, D. / Xu, Q. / Duan, H. / Feng, J. / Yan, X. / Xie, C.
履歴
登録2020年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AA98 Fab heavy chain
B: AA98 Fab light chain
C: Cell surface glycoprotein MUC18
L: AA98 Fab light chain
D: Cell surface glycoprotein MUC18
H: AA98 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,61321
ポリマ－135,6446
非ポリマー1,96915
水2,450136
1
A: AA98 Fab heavy chain
B: AA98 Fab light chain
C: Cell surface glycoprotein MUC18
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, AA98 Fab is purified to homogeneity and then pooled with purified CD146 D4-D5 protein. Elution profiles of AA98 Fab, CD146 D4-D5 and complex of both are compared. Same result ...根拠: gel filtration, AA98 Fab is purified to homogeneity and then pooled with purified CD146 D4-D5 protein. Elution profiles of AA98 Fab, CD146 D4-D5 and complex of both are compared. Same result could also be found in the final crystal structure.
  • 68.9 kDa, 3 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,94512
ポリマ－67,8223
非ポリマー1,1239
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5920 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area28950 Å2
手法PISA
2
L: AA98 Fab light chain
D: Cell surface glycoprotein MUC18
H: AA98 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6689
ポリマ－67,8223
非ポリマー8476
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area29050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.203, 88.387, 94.644
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.930, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 AHBL

#1: 抗体 AA98 Fab heavy chain


分子量: 23458.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 AA98 Fab light chain


分子量: 24031.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 CD

#3: タンパク質 Cell surface glycoprotein MUC18 / CD146 / Cell surface glycoprotein P1H12 / Melanoma cell adhesion molecule / Melanoma-associated ...CD146 / Cell surface glycoprotein P1H12 / Melanoma cell adhesion molecule / Melanoma-associated antigen A32 / Melanoma-associated antigen MUC18 / S-endo 1 endothelial-associated antigen


分子量: 20331.879 Da / 分子数: 2 / Fragment: domain 4, domain 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCAM, MUC18
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P43121
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 147分子

#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Hepes, pH 7.5, 8~15% w/v Polyethylene glycol 2000 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月29日
放射モノクロメーター: CCD / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.776→30 Å / Num. obs: 30880 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 64.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.8-2.95.331220.70.4530.91389.9
2.9-3.025.330980.8210.3240.919900.7230.796
3.02-3.155.430910.8930.2190.97289.50.4890.539
3.15-3.325.431020.9470.1521.00689.50.3420.376
3.32-3.535.531330.9760.0891.0189.70.20.22
3.53-3.85.630980.9860.0591.02689.60.1340.147
3.8-4.185.730900.9930.0431.02188.90.0980.108
4.18-4.785.730660.9940.0340.99388.30.0770.085
4.78-6.025.830560.9960.0271.10286.80.060.066
6.02-305.930240.9990.0171.04684.60.040.044

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YEC

1yec


解像度: 2.776→29.712 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2615 1582 5.13 %
Rwork0.2166 --
obs0.2189 30865 87.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 224.31 Å2 / Biso mean: 66.8924 Å2 / Biso min: 26.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.776→29.712 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9437 0 118 136 9691
Biso mean--70.22 52.1 -
残基数----1224
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.776-2.86530.41031040.3183233176
2.8653-2.96760.35551350.3145273390
2.9676-3.08630.36291460.2945270389
3.0863-3.22660.32041490.2831271590
3.2266-3.39650.29751700.262269090
3.3965-3.6090.29221690.2386267490
3.609-3.88710.29091210.2157274289
3.8871-4.27720.2521620.1938268989
4.2772-4.89370.1961360.1752270988
4.8937-6.15660.22831740.1867261487
6.1566-29.7120.22791160.1924268385

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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