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- PDB-6lyd: Crystal Structure of mimivirus UNG Y322L in complex with UGI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lyd
タイトルCrystal Structure of mimivirus UNG Y322L in complex with UGI
要素
  • Probable uracil-DNA glycosylase
  • Uracil-DNA glycosylase inhibitor
キーワードDNA BINDING PROTEIN/INHIBITOR / UDG / UNG / uracil DNA glycosylase / UGI / DNA BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor / Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily ...Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor / Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uracil-DNA glycosylase inhibitor / Probable uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
Bacillus phage PBS2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.598 Å
データ登録者Pathak, D. / Kwon, E. / Kim, D.Y.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2017R1A6A3A11029218 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2017R1D1A1B03034088 韓国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Selective interactions between mimivirus uracil-DNA glycosylase and inhibitory proteins determined by a single amino acid.
著者: Pathak, D. / Kwon, E. / Kim, D.Y.
履歴
登録2020年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable uracil-DNA glycosylase
I: Uracil-DNA glycosylase inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1492
ポリマ－41,1492
非ポリマー00
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area15870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.766, 103.766, 81.523
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Probable uracil-DNA glycosylase / UDG


分子量: 31797.719 Da / 分子数: 1 / 変異: Y322L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
遺伝子: UNG, MIMI_L249 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5UPT2, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: タンパク質 Uracil-DNA glycosylase inhibitor


分子量: 9351.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage PBS2 (ファージ) / 遺伝子: UGI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14739
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.05 %
結晶化温度: 295 K / 手法: batch mode
詳細: 10% PEG 8000 (v/v), 40 mM potassium phosphate monobasic, 20% glycerol (v/v), and 0.2 uL of 5% ethyl acetate (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.598→50 Å / Num. obs: 15494 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 30.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.458 / Num. unique obs: 770

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3051精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X55

5x55


解像度: 2.598→32.053 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2273 1509 10.02 %
Rwork0.1698 13552 -
obs0.1756 15061 97.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.93 Å2 / Biso mean: 42.7332 Å2 / Biso min: 21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.598→32.053 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2855 0 0 131 2986
Biso mean---40.36 -
残基数----354
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.598-2.68170.36411360.2336116493
2.6817-2.77750.28891330.2162116694
2.7775-2.88870.26711380.2175121996
2.8887-3.02010.31131330.2151120596
3.0201-3.17910.28051380.2094120697
3.1791-3.37810.23451350.1933124597
3.3781-3.63860.25691320.1709124498
3.6386-4.00420.21021410.1613126699
4.0042-4.58210.19241330.13381270100
4.5821-5.76750.18681440.13931267100
5.7675-32.0530.17351460.15081300100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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