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万見
- PDB-6ly3: PylRS C-terminus domain mutant bound with 3-Benzothienyl-L-alanin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ly3
タイトルPylRS C-terminus domain mutant bound with 3-Benzothienyl-L-alanine and AMPNP
要素Pyrrolysine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / tRNA Synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrrolysine-tRNAPyl ligase / pyrrolysyl-tRNA synthetase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyrrolysyl-tRNA ligase / Pyrrolysyl-tRNA ligase, N-terminal / Pyrrolysyl-tRNA ligase, C-terminal / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(1-benzothiophen-3-yl)-L-alanine / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Pyrrolysine--tRNA ligase / Pyrrolysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina mazei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8959014841 Å
データ登録者Weng, J.H. / Tsai, M.D. / Wang, Y.S.
資金援助 台湾, 3件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan)AS-KPQ-109-TPP2 台湾
Academia Sinica (Taiwan)AS-KPQ-105-TPP 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)107-2113-M-001-025-MY3 台湾
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Probing the Active Site of Deubiquitinase USP30 with Noncanonical Tryptophan Analogues.
著者: Jiang, H.K. / Wang, Y.H. / Weng, J.H. / Kurkute, P. / Li, C.L. / Lee, M.N. / Chen, P.J. / Tseng, H.W. / Tsai, M.D. / Wang, Y.S.
履歴
登録2020年2月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 2.02020年10月14日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrrolysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7765
ポリマ－32,0001
非ポリマー7764
水3,045169
1
A: Pyrrolysine--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Pyrrolysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,55110
ポリマ－63,9992
非ポリマー1,5528
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_685-x+1,-y+3,z1
Buried area7130 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area22130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.252, 105.252, 71.701
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Space group name HallP64
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Pyrrolysine--tRNA ligase / Pyrrolysyl-tRNA synthetase / PylRS


分子量: 31999.602 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminus domain / 変異: N346G,C348Q,V401G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌) / 遺伝子: pylS, DU43_20175, DU67_18120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0F8JXW8, UniProt: Q8PWY1*PLUS, pyrrolysine-tRNAPyl ligase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-4OG / 3-(1-benzothiophen-3-yl)-L-alanine / 3-(ベンゾ[b]チオフェン-3-イル)アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 221.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C11H11NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM HEPES, 10% PEG 8000, 10% Ethylene Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8958→38.463 Å / Num. obs: 35849 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 30.3947927499 Å2 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 36.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3499 / Rpim(I) all: 0.226 / Rrim(I) all: 0.735

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZCE

2zce


解像度: 1.8959014841→38.4629946681 Å / SU ML: 0.217725866964 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3764791465 / 位相誤差: 19.8178998942
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2018395396 1986 5.54005802276 %
Rwork0.179803739962 33862 -
obs0.181043746981 35848 99.7523443804 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.3724953184 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8959014841→38.4629946681 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2090 0 48 169 2307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008918692260442191
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.041633164922958
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591905141891320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00574419093079379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.2022030651842
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.896-1.94330.3052675670331380.2477863844982330X-RAY DIFFRACTION96.746373971
1.9433-1.99590.2350882571741420.2035982105962410X-RAY DIFFRACTION100
1.9959-2.05460.225007973291400.200309241322411X-RAY DIFFRACTION99.9216607912
2.0546-2.12090.2083622191171410.1888001365242418X-RAY DIFFRACTION100
2.1209-2.19670.2154021939831410.1860564300942430X-RAY DIFFRACTION100
2.1967-2.28460.2139779601111430.1900771950942394X-RAY DIFFRACTION100
2.2846-2.38860.2156534899351400.1817878109942420X-RAY DIFFRACTION100
2.3886-2.51450.2309054256051420.1860400940742406X-RAY DIFFRACTION100
2.5145-2.6720.2124183065641450.1859937234042413X-RAY DIFFRACTION100
2.672-2.87820.2231698475661390.182038079032436X-RAY DIFFRACTION100
2.8782-3.16780.1892971009251460.1884744104762425X-RAY DIFFRACTION100
3.1678-3.62590.1864435677141380.1814805669082449X-RAY DIFFRACTION100
3.6259-4.5670.1784192051371440.1521124071362444X-RAY DIFFRACTION100
4.567-38.462990.1979805501811470.1794008916362476X-RAY DIFFRACTION99.847735059

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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