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- PDB-6lwz: Crystal structure of Laterosporulin10, bacteriocin produced by Br... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lwz
タイトルCrystal structure of Laterosporulin10, bacteriocin produced by Brevibacillus sp. strain SKDU10
要素Bacteriocin
キーワードTOXIN / Bacteriocin / antimicrobial peptide / Brevibacillus / Laterosporulin
生物種Brevibacillus sp. SKDU10 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Thakur, K.G. / Solanki, V.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR) インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Laterosporulin10, bacteriocin produced by Brevibacillus sp. strain SKDU10
著者: Thakur, K.G. / Solanki, V.
履歴
登録2020年2月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriocin
B: Bacteriocin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1542
ポリマ－12,1542
非ポリマー00
水25214
1
A: Bacteriocin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0771
ポリマ－6,0771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bacteriocin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0771
ポリマ－6,0771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)22.280, 29.340, 32.150
Angle α, β, γ (deg.)110.620, 89.990, 104.940
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Bacteriocin


分子量: 6077.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brevibacillus sp. SKDU10 (バクテリア)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M calcium chloride, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.5, 12 % PEG w/v 8000 and 3 % w/v Trimethylamine N-oxide dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→29.94 Å / Num. obs: 3487 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 2.5 % / Rpim(I) all: 0.087 / Rrim(I) all: 0.141 / Rsym value: 0.111 / Net I/av σ(I): 5.8 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.322.50.4931.511914730.3840.6280.4932.190.3
2.32-2.462.50.3951.912504960.3090.5040.3952.593.6
2.46-2.632.50.3382.311054400.2650.4320.338393.6
2.63-2.842.50.25310934330.1960.3190.253.893.9
2.84-3.112.50.1445.29663790.1130.1840.144693.6
3.11-3.482.50.0927.88873520.0720.1180.0928.794.6
3.48-4.022.50.06710.67953190.0530.0860.06711.896.4
4.02-4.922.50.05910.96572660.0450.0750.05913.996
4.92-6.962.50.06110.15362130.0480.0780.06113.698.2
6.96-26.3992.40.0627.52781160.0530.0820.06214.697.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
REFMAC5.8.0218精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OZK

4ozk


解像度: 2.2→29.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 363 -
Rwork0.2237 --
obs0.2237 3486 94.09 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 86.76 Å2 / Biso mean: 40.091 Å2 / Biso min: 6.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.82 Å21.21 Å20.57 Å2
2--1.47 Å21.28 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数842 0 0 14 856
Biso mean---35.61 -
残基数----106
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.019868
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1841.931172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7255104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.48624.28642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.7915148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.72154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021662
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.327 237 -
obs--89.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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