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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lvf | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the multiple peptide resistance factor (MprF) loaded with one lysyl-phosphatidylglycerol molecule | ||||||||||||
要素 | Low pH-inducible protein LpiA | ||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / bacteria membrane protein | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphatidylglycerol alanyltransferase activity / phospholipid homeostasis / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Rhizobium tropici CIAT 899 (根粒菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Song, D.F. / Jiao, H.Z. / Liu, Z.F. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Phospholipid translocation captured in a bifunctional membrane protein MprF. 著者: Danfeng Song / Haizhan Jiao / Zhenfeng Liu / 要旨: As a large family of membrane proteins crucial for bacterial physiology and virulence, the Multiple Peptide Resistance Factors (MprFs) utilize two separate domains to synthesize and translocate ...As a large family of membrane proteins crucial for bacterial physiology and virulence, the Multiple Peptide Resistance Factors (MprFs) utilize two separate domains to synthesize and translocate aminoacyl phospholipids to the outer leaflets of bacterial membranes. The function of MprFs enables Staphylococcus aureus and other pathogenic bacteria to acquire resistance to daptomycin and cationic antimicrobial peptides. Here we present cryo-electron microscopy structures of MprF homodimer from Rhizobium tropici (RtMprF) at two different states in complex with lysyl-phosphatidylglycerol (LysPG). RtMprF contains a membrane-embedded lipid-flippase domain with two deep cavities opening toward the inner and outer leaflets of the membrane respectively. Intriguingly, a hook-shaped LysPG molecule is trapped inside the inner cavity with its head group bent toward the outer cavity which hosts a second phospholipid-binding site. Moreover, RtMprF exhibits multiple conformational states with the synthase domain adopting distinct positions relative to the flippase domain. Our results provide a detailed framework for understanding the mechanisms of MprF-mediated modification and translocation of phospholipids. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lvf.cif.gz | 286 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lvf.ent.gz | 226.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lvf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6lvf_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6lvf_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6lvf_validation.xml.gz | 52.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6lvf_validation.cif.gz | 77 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/6lvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/6lvf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 96094.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhizobium tropici CIAT 899 (根粒菌) 遺伝子: lpiA, RTCIAT899_CH14740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0LM43, UniProt: A0A6P1C618*PLUS #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: bacterial membrane protein / タイプ: CELL 詳細: A recombinant protein from Rhizobium tropici expressed in Escherichia coli cells Entity ID: #1 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Rhizobium tropici (根粒菌) / 細胞内の位置: Membrane | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The protein is reconstituted in lipid nanodiscs | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 291 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5.2 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2921 |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 1-32 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 887196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 160417 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient |