PDB-6lv9: Cu- Carbonic Anhydrase II pH 7.8 0 atm CO2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lv9

タイトル

Cu- Carbonic Anhydrase II pH 7.8 0 atm CO2

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / LYASE / metalloenzymes / carbonic anhydrase / enzyme mechanism / metal coordination geometry / proton transfer / biological water dynamics

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Kim, C.U. / Kim, J.K.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Elucidating the role of metal ions in carbonic anhydrase catalysis.
著者: Kim, J.K. / Lee, C. / Lim, S.W. / Adhikari, A. / Andring, J.T. / McKenna, R. / Ghim, C.M. / Kim, C.U.

履歴

登録	2020年2月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lv9.cif.gz	213 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lv9.ent.gz	164.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lv9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lv9_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lv9_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6lv9_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	6lv9_validation.cif.gz	23.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/6lv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/6lv9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6luuC 6luvC 6luwC 6luxC 6luyC 6luzC 6lv1C 6lv2C 6lv3C 6lv4C 6lv5C 6lv6C 6lv7C 6lv8C 6lvaC 5yukS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3rz8-d 1oq5-d 3k7k-d 6lv8-d 1bnq-d 2gd8-d 4yx4-d 4dnq-6 6gxe-d 4mlt-d 3p5l-d 3rz5-d 5t72-d 5ehv-d 3u3a-d 4q8z-d 6gxb-d 3p44-d 4yxu-d 5jn7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.326, 41.225, 72.085
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.169, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, 50 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月17日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→30 Å / Num. obs: 71865 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 7.7 % / CC_1/2: 0.983 / CC star: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.099 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique obs: 3481 / CC_1/2: 0.915 / CC star: 0.977 / R_pim(I) all: 0.167 / R_rim(I) all: 0.46 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124 2015/06/02	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0124	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YUK

5yuk

解像度: 1.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 0.881 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.034 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1443	3689	-
R_work	0.1172	-	-
all	0.119	-	-
obs	-	71843	95.076 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.654 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	0 Å²	0.083 Å²
2-	-	-0.017 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.208 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	8	286	2343

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.031	0.019	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.55	1.952	3051
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.285	3	4825
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.829	5	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.48	25	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.59	15	374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.105	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.205	0.2	319
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.021	2584
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	515
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.282	0.2	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	4040
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	2074
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	2154
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.136	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.31	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.306	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.244	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.37	0.944	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.259	0.94	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.747	1.425	1369
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.769	1.428	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.546	1.231	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.545	1.231	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.23	1.727	1676
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.229	1.728	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.482	9.516	2767
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.348	8.843	2632
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	34.538	5	61
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	14.163	5	4458
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.258	3	4306

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.2-1.231	0.252	248	0.231	4884	5564	92.2358	0.208
1.231-1.265	0.213	260	0.169	4710	5381	92.362	0.151
1.265-1.301	0.149	268	0.111	4610	5260	92.7376	0.103
1.301-1.341	0.142	267	0.097	4522	5130	93.3528	0.088
1.341-1.385	0.137	223	0.089	4432	4959	93.8697	0.082
1.385-1.434	0.136	225	0.086	4269	4767	94.2731	0.08
1.434-1.488	0.133	238	0.083	4140	4633	94.496	0.08
1.488-1.548	0.122	213	0.082	4029	4465	95.0056	0.08
1.548-1.617	0.127	240	0.086	3815	4261	95.1655	0.086
1.617-1.696	0.133	181	0.089	3776	4130	95.8111	0.091
1.696-1.787	0.133	208	0.092	3549	3893	96.5065	0.097
1.787-1.895	0.122	169	0.096	3390	3695	96.3194	0.104
1.895-2.025	0.135	159	0.103	3205	3478	96.7223	0.115
2.025-2.187	0.131	163	0.104	3017	3244	98.0271	0.118
2.187-2.394	0.117	150	0.105	2740	2969	97.3392	0.125
2.394-2.675	0.16	123	0.118	2537	2714	98.0103	0.143
2.675-3.084	0.13	102	0.126	2267	2403	98.5851	0.158
3.084-3.768	0.13	129	0.127	1893	2043	98.9721	0.163
3.768-5.287	0.182	71	0.157	1504	1610	97.8261	0.208
5.287-30.002	0.244	52	0.264	855	934	97.1092	0.351

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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