PDB-6lux: Zn- Carbonic Anhydrase II pH 7.8 20 atm CO2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lux

タイトル

Zn- Carbonic Anhydrase II pH 7.8 20 atm CO2

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / LYASE / metalloenzymes / carbonic anhydrase / enzyme mechanism / metal coordination geometry / proton transfer / biological water dynamics

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Kim, C.U. / Kim, J.K.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Elucidating the role of metal ions in carbonic anhydrase catalysis.
著者: Kim, J.K. / Lee, C. / Lim, S.W. / Adhikari, A. / Andring, J.T. / McKenna, R. / Ghim, C.M. / Kim, C.U.

履歴

登録	2020年2月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lux.cif.gz	217 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lux.ent.gz	167.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lux.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lux_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lux_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6lux_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	6lux_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6lux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6lux	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6luuC 6luvC 6luwC 6luyC 6luzC 6lv1C 6lv2C 6lv3C 6lv4C 6lv5C 6lv6C 6lv7C 6lv8C 6lv9C 6lvaC 5yukS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3u47-d 5yuk-d 3gz0-d 2nwp-d 3dvb-d 5t75-d 6ouk-d 3ibn-d 1teq-d 1t9n-d 2weh-d 6lv6-d 6km4-d 6eda-d 6ebe-d 1ca3-d 1fsr-1 3oyq-d 5dsk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.369, 41.442, 72.133
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.049, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素分子量: 44.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, 50 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月17日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→30 Å / Num. obs: 73208 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 29.8
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 3522 / CC_1/2: 0.856 / CC star: 0.96 / R_pim(I) all: 0.263 / R_rim(I) all: 0.72 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124 2015/06/02	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0124	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YUK

5yuk

解像度: 1.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / SU B: 0.964 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.033 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1418	3748	-
R_work	0.1128	-	-
all	0.114	-	-
obs	-	73183	96.118 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.193 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.032 Å²	-0 Å²	-0.065 Å²
2-	-	0.059 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	13	367	2429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.019	2225
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.423	1.952	3037
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.209	3	4807
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.093	5	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.682	24.904	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.742	15	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.139	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.194	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.021	2569
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	514
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.303	0.2	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	4024
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	2102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.008	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.07	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.312	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.379	1.05	1081
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.181	1.047	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.504	1.588	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.514	1.59	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.281	1.33	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.281	1.33	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.014	1.873	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.013	1.873	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.289	11.067	2872
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.583	9.906	2674
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	44.123	5	86
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	13.443	5	4503
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.079	3	4293

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.2-1.231	0.32	252	0.288	4951	5618	92.613	0.257
1.231-1.265	0.236	265	0.211	4857	5459	93.8267	0.184
1.265-1.301	0.17	263	0.137	4703	5272	94.1958	0.118
1.301-1.341	0.148	283	0.11	4610	5170	94.6422	0.092
1.341-1.385	0.152	214	0.097	4527	4983	95.1435	0.082
1.385-1.434	0.136	234	0.088	4380	4832	95.4884	0.073
1.434-1.488	0.138	239	0.084	4237	4675	95.7433	0.071
1.488-1.548	0.116	226	0.08	4098	4496	96.1744	0.069
1.548-1.617	0.114	239	0.078	3873	4268	96.3449	0.07
1.617-1.696	0.125	188	0.082	3833	4169	96.45	0.075
1.696-1.787	0.123	206	0.085	3590	3894	97.4833	0.08
1.787-1.895	0.116	177	0.087	3477	3738	97.7528	0.085
1.895-2.025	0.123	165	0.092	3258	3510	97.5214	0.092
2.025-2.187	0.122	159	0.095	3052	3258	98.5574	0.097
2.187-2.394	0.114	151	0.094	2799	2998	98.3989	0.099
2.394-2.675	0.139	125	0.103	2582	2739	98.8317	0.11
2.675-3.084	0.127	104	0.11	2281	2406	99.1272	0.122
3.084-3.768	0.131	131	0.114	1927	2069	99.4683	0.134
3.768-5.287	0.159	75	0.143	1518	1614	98.6989	0.166
5.287-30.002	0.274	52	0.264	877	944	98.411	0.309

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)