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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lu2
タイトルCrystal structure of a substrate binding protein from Microbacterium hydrocarbonoxydans
要素Substrate binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Complex
生物種Microbacterium hydrocarbonoxydans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Shimamura, K. / Akiyama, T. / Yokoyama, K. / Takenoya, M. / Ito, S. / Sasaki, Y. / Yajima, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K05398 日本
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of substrate recognition by the substrate binding protein (SBP) of a hydrazide transporter, obtained from Microbacterium hydrocarbonoxydans.
著者: Shimamura, K. / Akiyama, T. / Yokoyama, K. / Takenoya, M. / Ito, S. / Sasaki, Y. / Yajima, S.
履歴
登録2020年1月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Substrate binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8671
ポリマ－53,8671
非ポリマー00
水6,251347
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18870 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)49.263, 78.443, 123.368
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Substrate binding protein


分子量: 53867.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Microbacterium hydrocarbonoxydans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS GAT74979 FOR THE PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium acetate 0.1 M sodium cacodylate, pH 7.5 30% (w/v) PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 48691 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 50.6
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 2301 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→39.551 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.107
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2064 2397 4.93 %
Rwork0.1941 --
all0.195 --
obs-48619 99.133 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.381 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.104 Å20 Å20 Å2
2--0.409 Å20 Å2
3----0.513 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.551 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3546 0 0 347 3893
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133658
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0370.0173289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4651.6455011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3941.5697629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.5185490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.4523.146178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.98315525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5411521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02745
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2702
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2120.23052
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1590.21837
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0690.21596
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0770.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1220.23
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1740.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2130.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6572.6021948
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6572.6011947
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4543.8982442
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4543.92443
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3322.8121710
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3312.8141711
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5284.1282569
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5284.132570
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.53532.0614058
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.49831.9094004
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.7950.2651480.2833218X-RAY DIFFRACTION94.5506
1.795-1.8450.251870.2483249X-RAY DIFFRACTION98.9346
1.845-1.8980.2731630.2553221X-RAY DIFFRACTION99.0342
1.898-1.9560.2651540.2423109X-RAY DIFFRACTION99.2095
1.956-2.020.2471460.2173005X-RAY DIFFRACTION99.0881
2.02-2.0910.2571590.2222925X-RAY DIFFRACTION99.6768
2.091-2.170.2771630.2172819X-RAY DIFFRACTION99.5327
2.17-2.2590.2491320.2072761X-RAY DIFFRACTION99.6212
2.259-2.3590.2271390.1942612X-RAY DIFFRACTION99.7824
2.359-2.4740.2241260.1962532X-RAY DIFFRACTION99.8497
2.474-2.6080.2261150.1942412X-RAY DIFFRACTION100
2.608-2.7660.1881350.22255X-RAY DIFFRACTION99.9582
2.766-2.9560.2151040.2042160X-RAY DIFFRACTION100
2.956-3.1920.1951070.2012001X-RAY DIFFRACTION100
3.192-3.4960.1861020.1871881X-RAY DIFFRACTION100
3.496-3.9080.171920.1711671X-RAY DIFFRACTION100
3.908-4.510.168720.1531518X-RAY DIFFRACTION100
4.51-5.5170.169680.1511294X-RAY DIFFRACTION99.7802
5.517-7.7750.135520.1631018X-RAY DIFFRACTION99.8134
7.775-39.50.178330.192561X-RAY DIFFRACTION91.5254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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