PDB-6lu2: Crystal structure of a substrate binding protein from Microbacter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lu2

タイトル

Crystal structure of a substrate binding protein from Microbacterium hydrocarbonoxydans

要素

Substrate binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Complex

生物種

Microbacterium hydrocarbonoxydans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Shimamura, K. / Akiyama, T. / Yokoyama, K. / Takenoya, M. / Ito, S. / Sasaki, Y. / Yajima, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of substrate recognition by the substrate binding protein (SBP) of a hydrazide transporter, obtained from Microbacterium hydrocarbonoxydans.
著者: Shimamura, K. / Akiyama, T. / Yokoyama, K. / Takenoya, M. / Ito, S. / Sasaki, Y. / Yajima, S.

履歴

登録	2020年1月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lu2.cif.gz	108.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lu2.ent.gz	84.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lu2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lu2_validation.pdf.gz	423.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lu2_full_validation.pdf.gz	426.7 KB	表示
XML形式データ	6lu2_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	6lu2_validation.cif.gz	32.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6lu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6lu2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lu3C 6lu4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wlr-d 5j71-d 4v3b-d 2iy8-d 6hez-1 2bu8-d 4opl-d 3tcg-3 7kz9-1 5j6a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Substrate binding protein

53.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.263, 78.443, 123.368
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Substrate binding protein 分子量: 53867.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Microbacterium hydrocarbonoxydans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS GAT74979 FOR THE PROTEIN.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M sodium acetate 0.1 M sodium cacodylate, pH 7.5 30% (w/v) PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 48691 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 50.6
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 11.5 % / R_merge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 2301 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→39.551 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.107
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2064	2397	4.93 %
R_work	0.1941	-	-
all	0.195	-	-
obs	-	48619	99.133 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.381 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.104 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.409 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.513 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.551 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3546	0	0	347	3893

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3658
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	3289
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.465	1.645	5011
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.394	1.569	7629
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.518	5	490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.45	23.146	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.983	15	525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.541	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	506
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4262
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	745
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	702
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	3052
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	1837
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.069	0.2	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.077	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.122	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.174	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.213	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.657	2.602	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.657	2.601	1947
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.454	3.898	2442
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.454	3.9	2443
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.332	2.812	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.331	2.814	1711
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.528	4.128	2569
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.528	4.13	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.535	32.061	4058
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.498	31.909	4004

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.795	0.265	148	0.283	3218	X-RAY DIFFRACTION	94.5506
1.795-1.845	0.25	187	0.248	3249	X-RAY DIFFRACTION	98.9346
1.845-1.898	0.273	163	0.255	3221	X-RAY DIFFRACTION	99.0342
1.898-1.956	0.265	154	0.242	3109	X-RAY DIFFRACTION	99.2095
1.956-2.02	0.247	146	0.217	3005	X-RAY DIFFRACTION	99.0881
2.02-2.091	0.257	159	0.222	2925	X-RAY DIFFRACTION	99.6768
2.091-2.17	0.277	163	0.217	2819	X-RAY DIFFRACTION	99.5327
2.17-2.259	0.249	132	0.207	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.6212
2.259-2.359	0.227	139	0.194	2612	X-RAY DIFFRACTION	99.7824
2.359-2.474	0.224	126	0.196	2532	X-RAY DIFFRACTION	99.8497
2.474-2.608	0.226	115	0.194	2412	X-RAY DIFFRACTION	100
2.608-2.766	0.188	135	0.2	2255	X-RAY DIFFRACTION	99.9582
2.766-2.956	0.215	104	0.204	2160	X-RAY DIFFRACTION	100
2.956-3.192	0.195	107	0.201	2001	X-RAY DIFFRACTION	100
3.192-3.496	0.186	102	0.187	1881	X-RAY DIFFRACTION	100
3.496-3.908	0.171	92	0.171	1671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.908-4.51	0.168	72	0.153	1518	X-RAY DIFFRACTION	100
4.51-5.517	0.169	68	0.151	1294	X-RAY DIFFRACTION	99.7802
5.517-7.775	0.135	52	0.163	1018	X-RAY DIFFRACTION	99.8134
7.775-39.5	0.178	33	0.192	561	X-RAY DIFFRACTION	91.5254

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)