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万見
- PDB-6lt0: cryo-EM structure of C9ORF72-SMCR8-WDR41 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lt0
タイトルcryo-EM structure of C9ORF72-SMCR8-WDR41
要素
  • Guanine nucleotide exchange C9orf72
  • Guanine nucleotide exchange protein SMCR8
  • WD repeat-containing protein 41
キーワードPROTEIN BINDING / ALS / FTD / GTPase / C9ORF72 / SMCR8 / WDR41 / GAP / GEF
機能・相同性
機能・相同性情報


Atg1/ULK1 kinase complex / late endosome to lysosome transport / negative regulation of immune response / regulation of TORC1 signaling / autophagosome-lysosome fusion / regulation of actin filament organization / guanyl-nucleotide exchange factor complex / negative regulation of autophagosome assembly / regulation of autophagosome assembly / Flemming body ...Atg1/ULK1 kinase complex / late endosome to lysosome transport / negative regulation of immune response / regulation of TORC1 signaling / autophagosome-lysosome fusion / regulation of actin filament organization / guanyl-nucleotide exchange factor complex / negative regulation of autophagosome assembly / regulation of autophagosome assembly / Flemming body / regulation of synaptic vesicle cycle / axon extension / positive regulation of autophagosome maturation / negative regulation of exocytosis / negative regulation of macroautophagy / protein kinase inhibitor activity / negative regulation of protein phosphorylation / positive regulation of macroautophagy / main axon / positive regulation of TOR signaling / axonal growth cone / presynaptic cytosol / stress granule assembly / GTPase activator activity / autophagosome / guanyl-nucleotide exchange factor activity / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / cell projection / P-body / small GTPase binding / autophagy / endocytosis / cytoplasmic stress granule / presynapse / regulation of protein localization / nuclear membrane / perikaryon / lysosome / postsynapse / endosome / regulation of autophagy / negative regulation of gene expression / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / dendrite / protein kinase binding / chromatin / glutamatergic synapse / extracellular space / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
WD repeat-containing protein 41 / WDR41 / Guanine nucleotide exchange factor C9orf72 / C9orf72-like protein family / Tripartite DENN C9ORF72-type domain profile. / Folliculin/SMCR8, longin domain / Folliculin/SMCR8, tripartite DENN domain / Vesicle coat protein involved in Golgi to plasma membrane transport / Tripartite DENN FLCN/SMCR8-type domain profile. / WD domain, G-beta repeat ...WD repeat-containing protein 41 / WDR41 / Guanine nucleotide exchange factor C9orf72 / C9orf72-like protein family / Tripartite DENN C9ORF72-type domain profile. / Folliculin/SMCR8, longin domain / Folliculin/SMCR8, tripartite DENN domain / Vesicle coat protein involved in Golgi to plasma membrane transport / Tripartite DENN FLCN/SMCR8-type domain profile. / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide exchange protein SMCR8 / Guanine nucleotide exchange factor C9orf72 / WD repeat-containing protein 41
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Tang, D. / Sheng, J. / Xu, L. / Zhan, X. / Yan, C. / Qi, S.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0506300 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFC1004601 中国
National Science Foundation (NSF, China)81671388 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of C9ORF72-SMCR8-WDR41 reveals the role as a GAP for Rab8a and Rab11a.
著者: Dan Tang / Jingwen Sheng / Liangting Xu / Xiechao Zhan / Jiaming Liu / Hui Jiang / Xiaoling Shu / Xiaoyu Liu / Tizhong Zhang / Lan Jiang / Cuiyan Zhou / Wenqi Li / Wei Cheng / Zhonghan Li / ...著者: Dan Tang / Jingwen Sheng / Liangting Xu / Xiechao Zhan / Jiaming Liu / Hui Jiang / Xiaoling Shu / Xiaoyu Liu / Tizhong Zhang / Lan Jiang / Cuiyan Zhou / Wenqi Li / Wei Cheng / Zhonghan Li / Kunjie Wang / Kefeng Lu / Chuangye Yan / Shiqian Qi /
要旨: A massive intronic hexanucleotide repeat (GGGGCC) expansion in is a genetic origin of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal dementia (FTD). Recently, C9ORF72, together with SMCR8 ...A massive intronic hexanucleotide repeat (GGGGCC) expansion in is a genetic origin of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal dementia (FTD). Recently, C9ORF72, together with SMCR8 and WDR41, has been shown to regulate autophagy and function as Rab GEF. However, the precise function of C9ORF72 remains unclear. Here, we report the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of the human C9ORF72-SMCR8-WDR41 complex at a resolution of 3.2 Å. The structure reveals the dimeric assembly of a heterotrimer of C9ORF72-SMCR8-WDR41. Notably, the C-terminal tail of C9ORF72 and the DENN domain of SMCR8 play critical roles in the dimerization of the two protomers of the C9ORF72-SMCR8-WDR41 complex. In the protomer, C9ORF72 and WDR41 are joined by SMCR8 without direct interaction. WDR41 binds to the DENN domain of SMCR8 by the C-terminal helix. Interestingly, the prominent structural feature of C9ORF72-SMCR8 resembles that of the FLNC-FNIP2 complex, the GTPase activating protein (GAP) of RagC/D. Structural comparison and sequence alignment revealed that Arg147 of SMCR8 is conserved and corresponds to the arginine finger of FLCN, and biochemical analysis indicated that the Arg147 of SMCR8 is critical to the stimulatory effect of the C9ORF72-SMCR8 complex on Rab8a and Rab11a. Our study not only illustrates the basis of C9ORF72-SMCR8-WDR41 complex assembly but also reveals the GAP activity of the C9ORF72-SMCR8 complex.
履歴
登録2020年1月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0966
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 41
B: Guanine nucleotide exchange protein SMCR8
C: Guanine nucleotide exchange C9orf72
D: WD repeat-containing protein 41
E: Guanine nucleotide exchange protein SMCR8
F: Guanine nucleotide exchange C9orf72


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)422,6496
ポリマ－422,6496
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area18520 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area102390 Å2

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要素

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 41


分子量: 51783.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR41, MSTP048
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9HAD4
#2: タンパク質 Guanine nucleotide exchange protein SMCR8 / Smith-Magenis syndrome chromosomal region candidate gene 8 protein


分子量: 105149.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMCR8
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8TEV9
#3: タンパク質 Guanine nucleotide exchange C9orf72


分子量: 54391.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C9orf72
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96LT7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dimer of C9-ORF72-SMCR8-WDR41 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.4 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
125 mMTirs1
2150 mMNaCl1
30.5 mMTCEP1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: monodisperse
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: DIFFRACTION
試料ホルダ凍結剤: HELIUM
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.25 sec. / 電子線照射量: 5.3 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5332
画像スキャン動画フレーム数/画像: 32

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
1Gautomatch粒子像選択
2Auto3DEM画像取得atuoEMation
4GctfCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 347925 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: The atomic coordinates of the CSW complex was generated by combining homology modelling and de novo model building.
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0059068
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.06312259
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.0675402
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0581419
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071529

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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