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- PDB-6lsc: Structure of the E202Y mutant of the Cl-/H+ antiporter CLC-ec1 fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lsc
タイトルStructure of the E202Y mutant of the Cl-/H+ antiporter CLC-ec1 from E.coli: a re-refined model of the 4FTP model
要素H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CLC chloride/proton antiporter
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular stress response to acidic pH / chloride:proton antiporter activity / voltage-gated chloride channel activity / proton transmembrane transport / chloride transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Lim, H.H. / Shane, T. / Miller, C.
引用ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2012
タイトル: Intracellular proton access in a Cl(-)/H(+) antiporter.
著者: Lim, H.H. / Shane, T. / Miller, C.
履歴
登録2020年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2020年2月26日ID: 4FTP
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7282
ポリマ－49,6931
非ポリマー351
水181
1
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
ヘテロ分子

A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4564
ポリマ－99,3862
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area3940 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area30700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.702, 85.166, 100.092
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.610, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA / ClC-ec1


分子量: 49692.754 Da / 分子数: 1 / 変異: E202Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: clcA, eriC, yadQ, b0155, JW5012 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P37019
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 38% PEG400, 100mM CaCl2, 100mM Glycine-NaOH, pH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月4日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→25 Å / Num. obs: 12142 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Num. unique obs: 904 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OTS

1ots


解像度: 3.21→24.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 18.55 / SU ML: 0.318 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.451
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 637 5.2 %RANDOM
Rwork0.2101 ---
obs0.213 11500 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 239.86 Å2 / Biso mean: 96.111 Å2 / Biso min: 57.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.93 Å2-0 Å23.78 Å2
2---6.85 Å20 Å2
3---8.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.21→24.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3142 0 1 1 3144
Biso mean--113.41 60.14 -
残基数----423
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0133211
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.471.6184360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.191.5587327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5015420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.3220.924119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.59515508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.821515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02696
LS精密化 シェル解像度: 3.213→3.296 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 36 -
Rwork0.293 868 -
all-904 -
obs--97.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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