PDB-6lrm: Crystal structure of PDE4D catalytic domain in complex with arctigenin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lrm

タイトル

Crystal structure of PDE4D catalytic domain in complex with arctigenin

要素

cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

キーワード

HYDROLASE / PDE4D / inhibitor / complex structure

機能・相同性

機能・相同性情報

signaling receptor regulator activity / negative regulation of heart contraction / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Zhang, X.L. / Li, M.J. / Xu, Y.C.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: J Adv Res / 年: 2021
タイトル: Identification of phosphodiesterase-4 as the therapeutic target of arctigenin in alleviating psoriatic skin inflammation.
著者: Li, H. / Zhang, X. / Xiang, C. / Feng, C. / Fan, C. / Liu, M. / Lu, H. / Su, H. / Zhou, Y. / Qi, Q. / Xu, Y. / Tang, W.

履歴

登録	2020年1月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lrm.cif.gz	294.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lrm.ent.gz	236 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lrm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/6lrm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/6lrm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6imdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2pw3-d 1y2b-d 1y2e-d 1tb5-d 1xot-d 7cbq-d 1xm6-d 1xor-d 6kk0-d 6f6u-d 6fdc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (8) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

ヘテロ分子

82.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.879, 80.448, 163.733
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D / PDE4D / DPDE3 / PDE43 分子量: 40096.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase

-
非ポリマー , 5種, 391分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-EQC / Arctigenin / (3R,4R)-4-[(3,4-dimethoxyphenyl)methyl]-3-[(3-methoxy-4-oxidanyl-phenyl)methyl]oxolan-2-one / アルクチゲニン分子量: 372.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗がん剤, 抗ウイルス剤*YM
#5: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.25 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0, 0.2 M MgCl2, 10% isopropanol, 30% EG, 18% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 135892 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 12.32 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / R_pim(I) all: 0.013 / R_rim(I) all: 0.046 / Χ²: 0.961 / Net I/σ(I): 16.9 / Num. measured all: 1788558

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.45-1.48	12.7	0.679	6670	0.932	0.198	0.708	0.852	99.8
1.48-1.5	13.3	0.545	6725	0.954	0.155	0.567	0.865	100
1.5-1.53	13.5	0.454	6766	0.969	0.128	0.472	0.88	100
1.53-1.56	13.5	0.376	6674	0.979	0.106	0.391	0.894	100
1.56-1.6	13.5	0.313	6726	0.986	0.088	0.325	0.907	100
1.6-1.63	13.3	0.255	6745	0.99	0.072	0.265	0.919	99.9
1.63-1.67	13.2	0.217	6719	0.991	0.062	0.226	0.932	99.9
1.67-1.72	12.9	0.181	6731	0.993	0.052	0.188	0.938	99.8
1.72-1.77	12.2	0.148	6768	0.995	0.044	0.155	0.964	99.8
1.77-1.83	12.4	0.121	6744	0.996	0.035	0.126	0.971	99.9
1.83-1.89	13.8	0.102	6753	0.998	0.028	0.106	0.981	100
1.89-1.97	13.9	0.082	6764	0.998	0.023	0.085	0.997	100
1.97-2.06	13.7	0.066	6812	0.999	0.018	0.068	1.044	100
2.06-2.17	13.5	0.054	6780	0.999	0.015	0.056	1.089	100
2.17-2.3	13.2	0.046	6813	0.999	0.013	0.048	1.079	100
2.3-2.48	12.2	0.04	6799	0.999	0.012	0.042	1.048	99.7
2.48-2.73	12.9	0.037	6840	0.999	0.011	0.038	1.03	99.9
2.73-3.12	14	0.034	6864	0.999	0.01	0.036	1.004	99.9
3.12-3.94	13.4	0.032	6974	0.999	0.009	0.033	0.978	100
3.94-50	12.2	0.031	7225	0.999	0.009	0.032	0.842	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.94 Å	33.42 Å
Translation	4.94 Å	33.42 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
PHENIX	1.11.1-2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6IMD

6imd

解像度: 1.45→33.42 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.03

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2017	6719	4.96 %
R_work	0.1813	-	-
obs	0.1823	135386	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.44 Å² / B_iso mean: 20.9807 Å² / B_iso min: 6.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.45→33.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5204	0	162	359	5725
B_iso mean	-	-	27.51	29.92	-
残基数	-	-	-	-	651

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	5448
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.313	7362
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.095	847
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	937
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.201	2000

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.45-1.4662	0.2551	202	0.2234	3858	92
1.4662-1.4835	0.2413	211	0.2073	4212	97
1.4835-1.5015	0.2204	224	0.2039	4204	99
1.5015-1.5206	0.2188	247	0.1973	4259	100
1.5206-1.5406	0.2305	214	0.1978	4225	100
1.5406-1.5617	0.2163	229	0.1968	4244	100
1.5617-1.584	0.2365	221	0.1979	4298	100
1.584-1.6076	0.2172	253	0.1933	4255	100
1.6076-1.6327	0.2267	215	0.1879	4234	100
1.6327-1.6595	0.224	228	0.1868	4271	100
1.6595-1.6881	0.2243	225	0.1915	4257	100
1.6881-1.7188	0.2256	211	0.1899	4270	100
1.7188-1.7519	0.19	221	0.1844	4293	100
1.7519-1.7876	0.2118	231	0.1808	4263	100
1.7876-1.8265	0.2087	230	0.1842	4262	100
1.8265-1.869	0.2252	216	0.1912	4322	100
1.869-1.9157	0.2068	230	0.1906	4250	100
1.9157-1.9675	0.2268	198	0.1907	4329	100
1.9675-2.0254	0.2243	212	0.1867	4310	100
2.0254-2.0908	0.1888	223	0.1768	4285	100
2.0908-2.1655	0.1937	237	0.1765	4306	100
2.1655-2.2522	0.1912	232	0.1714	4330	100
2.2522-2.3546	0.1934	228	0.1789	4269	100
2.3546-2.4787	0.1992	213	0.1778	4357	100
2.4787-2.634	0.1842	202	0.1786	4355	100
2.634-2.8372	0.1997	229	0.1793	4318	100
2.8372-3.1226	0.1961	241	0.185	4351	100
3.1226-3.574	0.1953	223	0.1751	4404	100
3.574-4.5011	0.1793	240	0.1645	4464	100
4.5011-33.42	0.1978	233	0.1783	4612	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 19.811 Å / Origin y: 83.405 Å / Origin z: 46.7968 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0814 Å²	0.0105 Å²	0.0304 Å²	-	0.0754 Å²	0.0101 Å²	-	-	0.122 Å²
L	0.2463 °²	-0.1767 °²	-0.1409 °²	-	0.4859 °²	0.2957 °²	-	-	1.6323 °²
S	-0.0722 Å °	-0.0424 Å °	-0.015 Å °	0.0966 Å °	0.0649 Å °	-0.0033 Å °	0.1456 Å °	0.0821 Å °	-0.0029 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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