PDB-6lrl: Human cGAS catalytic domain bound with compound s2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lrl

タイトル

Human cGAS catalytic domain bound with compound s2

要素

Cyclic GMP-AMP synthase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / cGAS / Inhibitor / Complex structure

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of T cell activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.655 Å

データ登録者

Zhao, W.F. / Xiong, M.Y. / Yuan, X.J. / Sun, H.B. / Xu, Y.C.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2020
タイトル: In Silico Screening-Based Discovery of Novel Inhibitors of Human Cyclic GMP-AMP Synthase: A Cross-Validation Study of Molecular Docking and Experimental Testing.
著者: Zhao, W. / Xiong, M. / Yuan, X. / Li, M. / Sun, H. / Xu, Y.

履歴

登録	2020年1月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lrl.cif.gz	262.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lrl.ent.gz	207.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lrl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/6lrl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/6lrl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lrcC 6lreC 6lriC 6lrjC 6lrkC 4levS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5vds-d 5vdv-d 6nfg-d 6lri-d 6lrj-d 6lrc-d 5vdw-d 2ip4-d 5vdu-d 6lrk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Cyclic GMP-AMP synthase

A: Cyclic GMP-AMP synthase

ヘテロ分子

85.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	215.412, 47.985, 87.926
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.090, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Cyclic GMP-AMP synthase / h-cGAS / 2'3'-cGAMP synthase / Mab-21 domain-containing protein 1 分子量: 42759.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGAS, C6orf150, MB21D1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N884, cyclic GMP-AMP synthase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ER9 / 3-[[5-(1,2,4-triazol-4-yl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl]carbonylamino]benzoic acid 分子量: 299.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₉N₇O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.04 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 18-20% V/V PEG 3350, 0.2M AMMONIUM CITRATE (PH 7)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 24328 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 61.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.126 / Χ²: 2.934 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 151793

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.65-2.7	4.8	0.53	1128	0.831	0.266	0.596	0.477	93.6
2.7-2.74	5.3	0.545	1149	0.859	0.257	0.605	0.461	96.8
2.74-2.8	5.6	0.572	1204	0.846	0.265	0.633	0.537	98.7
2.8-2.85	5.7	0.508	1211	0.871	0.236	0.563	0.506	99.4
2.85-2.92	5.9	0.55	1199	0.816	0.271	0.615	2.53	99.5
2.92-2.98	6	0.389	1228	0.933	0.175	0.428	0.629	100
2.98-3.06	6.1	0.373	1206	0.924	0.166	0.409	0.844	100
3.06-3.14	6.1	0.306	1223	0.972	0.135	0.336	0.761	99.8
3.14-3.23	6.8	0.292	1218	0.978	0.121	0.316	0.848	99.9
3.23-3.34	6.9	0.251	1198	0.982	0.103	0.272	0.973	100
3.34-3.46	6.7	0.195	1216	0.984	0.081	0.211	1.424	100
3.46-3.6	6.7	0.169	1216	0.986	0.071	0.184	2.415	100
3.6-3.76	6.3	0.135	1231	0.988	0.059	0.147	1.974	100
3.76-3.96	6.7	0.126	1222	0.462	0.059	0.14	2.231	99.8
3.96-4.21	6.8	0.105	1219	0.986	0.044	0.114	4.879	99.9
4.21-4.53	6.5	0.089	1224	0.981	0.039	0.098	5.228	99.6
4.53-4.99	6.3	0.077	1232	0.987	0.034	0.085	5.342	99.8
4.99-5.71	6.8	0.08	1245	0.992	0.033	0.087	5.871	100
5.71-7.19	6.4	0.075	1248	0.994	0.033	0.082	5.021	100
7.19-50	6.1	0.073	1311	0.984	0.033	0.08	12.726	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER	2.6.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LEV

4lev

解像度: 2.655→40.736 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.02

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2904	1217	5.01 %
R_work	0.2541	-	-
obs	0.2559	24286	99.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 177.89 Å² / B_iso mean: 70 Å² / B_iso min: 33.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.655→40.736 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4774	0	24	0	4798
B_iso mean	-	-	98.68	-	-
残基数	-	-	-	-	643

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4876
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.53	6597
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	764
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	842
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.245	2911

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.655-2.761	0.3434	104	0.3105	2418	94
2.761-2.8866	0.3235	170	0.2935	2477	99
2.8866-3.0388	0.3597	117	0.2982	2612	100
3.0388-3.2291	0.3004	123	0.2877	2569	100
3.2291-3.4783	0.3294	139	0.2641	2554	100
3.4783-3.8281	0.2974	126	0.2545	2596	100
3.8281-4.3815	0.2547	147	0.2289	2585	100
4.3815-5.518	0.2763	135	0.2376	2597	100
5.518-40.736	0.2823	156	0.2476	2661	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0294	1.6076	-4.0298	1.2327	-1.2637	3.3611	-1.1843	-0.1301	0.0409	-0.3341	0.3269	1.6323	-0.5388	-0.8159	0.9122	1.1043	0.2524	-0.1078	1.0302	-0.3619	1.6322	13.9802	0.5504	17.287
2	1.6968	-0.3511	-0.5473	2.025	-0.0006	1.8985	-0.2191	0.1885	-0.529	-0.2666	0.0177	0.7977	0.189	-0.7474	0.2507	0.6865	-0.1109	0.1123	1.3907	-0.4467	1.3879	1.0696	-18.7946	22.3045
3	1.7438	-0.9814	0.5125	3.4339	-0.3689	2.8645	0.2258	0.7819	-0.4037	-0.1474	-0.4943	0.9618	-0.4991	-0.9609	0.2028	0.6574	0.1018	0.0057	1.42	-0.2808	0.8655	-0.5113	-11.8874	17.8218
4	5.777	1.371	2.4283	3.3235	2.6001	5.0982	-0.1171	-0.1703	-0.3821	0.0231	-0.2688	0.7958	0.0738	-1.1688	0.3942	0.4709	-0.0451	0.061	0.6425	-0.0985	0.6167	13.8263	-18.3979	30.3284
5	2.5189	-0.3384	-1.4814	2.6361	0.4173	2.6259	0.0799	0.2166	0.2636	-0.0846	-0.0448	0.2786	-0.019	-0.171	-0.0357	0.3701	-0.0106	0.011	0.385	0.004	0.454	26.467	-11.2085	20.582
6	4.8381	3.1039	1.1024	9.9516	1.8063	4.5918	0.2327	-0.0551	0.3327	0.5365	-0.1149	-0.0669	0.2002	0.4297	-0.2035	0.3954	-0.0395	0.0631	0.4348	0.005	0.393	33.5436	-16.1981	18.2195
7	3.8445	0.3555	-2.1173	2.2378	-0.3043	4.8125	0.0146	0.4985	0.1898	-0.4462	0.0854	0.0679	0.3918	-0.2453	-0.112	0.531	0.0471	-0.0566	0.6026	0.0417	0.5069	26.5369	-20.9924	11.3188
8	2.022	-1.5091	3.4895	1.731	0.2305	2.0933	1.0564	-0.036	-1.7028	0.0761	-0.7072	0.0497	0.825	-0.2069	-0.2331	0.789	-0.0061	0.1982	0.8232	0.1073	1.0503	13.0883	-20.505	64.0985
9	0.794	1.3664	0.5746	2.9394	-0.3905	2.1267	-0.2912	-0.3876	0.2005	-0.006	0.2746	0.5971	0.0266	-0.5944	0.0253	0.6024	0.1014	-0.0058	1.1751	-0.1152	1.033	-1.2243	-0.5779	57.5839
10	1.5079	-0.6772	0.3375	2.973	-1.76	4.0032	0.1066	0.1253	0.3492	0.4489	0.4318	0.6761	-0.169	-0.88	-0.4696	0.469	0.0562	0.0431	1.1346	0.018	0.7739	-2.3616	-9.3731	67.2779
11	4.6039	-0.4235	-2.3216	2.5625	0.2996	3.9362	-0.1061	-0.2485	-0.1412	0.1054	-0.011	0.1144	-0.3568	-0.5144	0.1045	0.5734	0.0704	0.003	0.6373	-0.0262	0.621	12.0812	1.5086	50.6006
12	0.9032	-0.3371	1.7943	3.5097	-2.0986	4.0884	-0.27	-0.2045	-0.2465	0.7898	0.1605	-0.4091	0.2489	-0.1775	0.1275	0.6844	0.0151	0.0844	0.402	-0.0623	0.5921	29.4138	-14.4865	46.8454
13	2.6535	-0.1718	0.7506	3.0412	0.125	4.5632	-0.1569	-0.414	-0.224	0.8695	0.1204	0.2563	0.3947	-0.5427	0.1117	0.7116	-0.0547	0.0748	0.4937	0.0307	0.4575	22.3528	-6.6212	71.2667
14	9.3971	-3.3509	-6.5372	1.2068	2.4035	6.2481	-0.0176	-0.1528	0.4542	-0.2169	0.0671	-0.3043	-0.1637	0.2676	-0.043	0.5531	0.0003	-0.016	0.4072	0.0319	0.4652	27.1018	-2.7441	55.6939
15	3.6034	0.2418	1.1718	2.3986	0.0523	4.24	0.0787	-0.3878	-0.1115	0.3308	-0.0612	-0.0338	0.0077	0.0067	0.0599	0.4633	-0.0063	-0.0025	0.3847	0.0505	0.4323	27.3863	1.1458	67.4861

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 161 through 199 )	B	161 - 199
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 200 through 272 )	B	200 - 272
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 273 through 334 )	B	273 - 334
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 335 through 388 )	B	335 - 388
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 389 through 456 )	B	389 - 456
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 457 through 477 )	B	457 - 477
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 478 through 520 )	B	478 - 520
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 161 through 196 )	A	161 - 196
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 197 through 272 )	A	197 - 272
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 273 through 326 )	A	273 - 326
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 327 through 388 )	A	327 - 388
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 389 through 405 )	A	389 - 405
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 406 through 434 )	A	406 - 434
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 435 through 456 )	A	435 - 456
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 457 through 520 )	A	457 - 520

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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