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- PDB-6lqw: Crystal structure of a dimeric yak lactoperoxidase at 2.59 A reso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lqw
タイトルCrystal structure of a dimeric yak lactoperoxidase at 2.59 A resolution.
要素Lactoperoxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Peroxide family
機能・相同性
機能・相同性情報


thiocyanate peroxidase activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / peroxidase / lactoperoxidase activity / hydrogen peroxide catabolic process / antibacterial humoral response / response to oxidative stress / basolateral plasma membrane / heme binding / calcium ion binding ...thiocyanate peroxidase activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / peroxidase / lactoperoxidase activity / hydrogen peroxide catabolic process / antibacterial humoral response / response to oxidative stress / basolateral plasma membrane / heme binding / calcium ion binding / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HYDROGEN PEROXIDE / Lactoperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos mutus (ノヤク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Viswanathan, V. / Pandey, S.N. / Ahmad, N. / Rani, C. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India)PDF/2018/000008 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a dimeric yak lactoperoxidase at 2.59 A resolution.
著者: Viswanathan, V. / Pandey, S.N. / Sharma, P. / Rani, C. / Ahmad, N. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2020年1月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactoperoxidase
B: Lactoperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,76818
ポリマ－135,5472
非ポリマー3,22216
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area48780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.295, 96.732, 83.931
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.304, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 10分子 AB

#1: タンパク質 Lactoperoxidase


分子量: 67773.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos mutus (ノヤク) / 参照: UniProt: L8ICE9
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 264分子

#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2M Ammonium formate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→40.64 Å / Num. obs: 40278 / % possible obs: 98.74 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 32.31 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.59→2.67 Å / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3537 / CC1/2: 0.84 / Rpim(I) all: 0.266 / Rrim(I) all: 0.521 / % possible all: 88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6L3Z

6l3z
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.6→40.64 Å / SU ML: 0.4379 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.9451
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2923 1058 2.64 %
Rwork0.2116 --
obs0.2137 40090 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→40.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9540 0 206 256 10002
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009110046
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.109413676
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551446
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00821779
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.2167147
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.720.36121410.26734779X-RAY DIFFRACTION98.28
2.72-2.860.32771490.24454835X-RAY DIFFRACTION99.96
2.86-3.040.31381050.23354893X-RAY DIFFRACTION99.98
3.04-3.270.34771320.22864873X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.60.31831320.20514880X-RAY DIFFRACTION100
3.6-4.120.26411120.18434903X-RAY DIFFRACTION99.98
4.12-5.20.23041470.18584891X-RAY DIFFRACTION100
5.2-58.240.28881400.21684978X-RAY DIFFRACTION99.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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