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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lpv | ||||||
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タイトル | structure of Spermidine hydroxycinnamoyl transferases from Arabidopsis thaliana | ||||||
要素 | Spermidine hydroxycinnamoyl transferase | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN / Key words: BAHD transferase / phenolamides / spermidine / putrescine / multisite-acylation / molecular mechanism / sequence similarity network | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 spermidine:coumaroyl CoA N-acyltransferase activity / spermidine:caffeoyl CoA N-acyltransferase activity / spermidine:feruloyl CoA N-acyltransferase activity / spermidine hydroxycinnamate conjugate biosynthetic process / spermidine:sinapoyl CoA N-acyltransferase activity / pollen exine formation / pollen development / N-acyltransferase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.297 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, C.Y. / Zhang, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2020 タイトル: Structural and Biochemical Insights Into Two BAHD Acyltransferases ( At SHT and At SDT) Involved in Phenolamide Biosynthesis. 著者: Wang, C. / Li, J. / Ma, M. / Lin, Z. / Hu, W. / Lin, W. / Zhang, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lpv.cif.gz | 106.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lpv.ent.gz | 78.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lpv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6lpv_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6lpv_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6lpv_validation.xml.gz | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6lpv_validation.cif.gz | 28.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/6lpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/6lpv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50492.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: SHT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O64470, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの |
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#2: 化合物 | ChemComp-COA / |
#3: 化合物 | ChemComp-SPD / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.72 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl (pH 8.5), 25% W/V PEG 3350 at 20 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 81 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 22640 / % possible obs: 99.43 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.94 |
反射 シェル | 解像度: 2.29→2.37 Å / Num. unique obs: 22640 / CC1/2: 0.09 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4G0B 解像度: 2.297→49.14 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.81 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 91.55 Å2 / Biso mean: 36.6371 Å2 / Biso min: 7.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.297→49.14 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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