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- PDB-6lpk: A2AR crystallized in EROCOC17+4, LCP-SFX at 293 K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lpk
タイトルA2AR crystallized in EROCOC17+4, LCP-SFX at 293 K
要素Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a
キーワードMEMBRANE PROTEIN / LCP crystallization / Isoprenoid-Chained-Lipid / GPCR / SFX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / sensory perception / NGF-independant TRKA activation ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / sensory perception / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / positive regulation of urine volume / positive regulation of glutamate secretion / synaptic transmission, dopaminergic / inhibitory postsynaptic potential / : / negative regulation of vascular permeability / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / synaptic transmission, cholinergic / blood circulation / response to caffeine / intermediate filament / eating behavior / alpha-actinin binding / presynaptic active zone / regulation of calcium ion transport / membrane depolarization / asymmetric synapse / axolemma / cellular defense response / prepulse inhibition / phagocytosis / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to amphetamine / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / excitatory postsynaptic potential / regulation of mitochondrial membrane potential / apoptotic signaling pathway / positive regulation of long-term synaptic potentiation / synaptic transmission, glutamatergic / central nervous system development / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of protein secretion / locomotory behavior / astrocyte activation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / electron transport chain / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / blood coagulation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / postsynaptic membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / periplasmic space / electron transfer activity / calmodulin binding / inflammatory response / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / lipid binding / glutamatergic synapse / dendrite / heme binding / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / apoptotic process / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Octadecane / CHOLESTEROL / DECANE / DODECANE / Chem-ER0 / HEXANE / PENTADECANE / N-OCTANE / TRIDECANE / UNDECANE ...Octadecane / CHOLESTEROL / DECANE / DODECANE / Chem-ER0 / HEXANE / PENTADECANE / N-OCTANE / TRIDECANE / UNDECANE / Chem-ZMA / Soluble cytochrome b562 / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ihara, K. / Hato, M. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Kimura-Someya, T. / Hosaka, T. / Ishizuka-Katsura, Y. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Sugahara, M. ...Ihara, K. / Hato, M. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Kimura-Someya, T. / Hosaka, T. / Ishizuka-Katsura, Y. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Sugahara, M. / Hirata, K. / Yamamoto, M. / Nureki, O. / Tono, K. / Nango, E. / Iwata, S. / Shirouzu, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP16K14688 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Isoprenoid-chained lipid EROCOC 17+4 : a new matrix for membrane protein crystallization and a crystal delivery medium in serial femtosecond crystallography.
著者: Ihara, K. / Hato, M. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Kimura-Someya, T. / Hosaka, T. / Ishizuka-Katsura, Y. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Sugahara, M. / Hirata, K. / Yamamoto, M. / Nureki, O. / ...著者: Ihara, K. / Hato, M. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Kimura-Someya, T. / Hosaka, T. / Ishizuka-Katsura, Y. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Sugahara, M. / Hirata, K. / Yamamoto, M. / Nureki, O. / Tono, K. / Nango, E. / Iwata, S. / Shirouzu, M.
履歴
登録2020年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,05728
ポリマ－49,9741
非ポリマー6,08327
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint23 kcal/mol
Surface area23630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.500, 179.200, 142.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a / Cytochrome b-562


分子量: 49974.281 Da / 分子数: 1 / 変異: M29W, H124I, R128L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ADORA2A, ADORA2, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29274, UniProt: P0ABE7

-
非ポリマー , 13種, 143分子

#2: 化合物 ChemComp-ZMA / 4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol / ZM-241385


分子量: 337.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N7O2 / コメント: アンタゴニスト*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#6: 化合物
ChemComp-MYS / PENTADECANE / ペンタデカン


分子量: 212.415 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H32
#7: 化合物 ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン


分子量: 86.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14
#8: 化合物 ChemComp-8K6 / Octadecane / N-Octadecane / オクタデカン


分子量: 254.494 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38
#9: 化合物 ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#10: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#11: 化合物 ChemComp-UND / UNDECANE / LIPID FRAGMENT / ウンデカン


分子量: 156.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24
#12: 化合物 ChemComp-ER0 / [(2~{R},3~{S})-2,3,4-tris(oxidanyl)butyl] (5~{R},9~{R},13~{R})-5,9,13,17-tetramethyloctadecanoate


分子量: 444.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H52O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物
ChemComp-TRD / TRIDECANE / LIPID FRAGMENT / トリデカン


分子量: 184.361 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H28
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM sodium citrate pH5.5, 37% PEG300, 50 mM NaSCN, and 2% 2,5-hexanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.23 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30.4 Å / Num. obs: 48924 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 306.5 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / CC1/2: 0.995 / R split: 0.071 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 90.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2438 / CC1/2: 0.393 / R split: 1.079 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery手法: injection

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EYI

4eyi


解像度: 1.8→30.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.63 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 2453 5 %RANDOM
Rwork0.1769 ---
obs0.1786 46445 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 152.02 Å2 / Biso mean: 54.105 Å2 / Biso min: 23.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.13 Å20 Å20 Å2
2---0.98 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→30.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3036 0 431 116 3583
Biso mean--76.62 58.29 -
残基数----390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0133525
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173797
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5821.6564697
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.311.6178806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4445388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.06321.644146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.34115517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2721517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023499
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02683
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 177 -
Rwork0.346 3405 -
all-3582 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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