PDB-6lpg: human VASH1-SVBP complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lpg

タイトル

human VASH1-SVBP complex

要素

Small vasohibin-binding protein
Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 1

キーワード

HYDROLASE / TUBULIN CARBOXYPEPTIDASES / MICROTUBULE MODIFICATION / ANGIOGENESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of metallopeptidase activity / tubulinyl-Tyr carboxypeptidase / tubulin-tyrosine carboxypeptidase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / regulation of cellular senescence / negative regulation of lymphangiogenesis / peptidase activator activity / labyrinthine layer blood vessel development / negative regulation of endothelial cell migration / axon development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ikeda, A. / Nishino, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: The crystal structure of the tetrameric human vasohibin-1-SVBP complex reveals a variable arm region within the structural core.
著者: Ikeda, A. / Urata, S. / Ando, T. / Suzuki, Y. / Sato, Y. / Nishino, T.

履歴

登録	2020年1月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb6lpg.ent.gz	103.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

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文書・詳細版	6lpg_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
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CIF形式データ	6lpg_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/6lpg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/6lpg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nvqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3kxy-1 4paq-d 4fv2-d 6j9h-1 6fin-d 6dcg-d 5m28-d 4qp2-2 1tnd-2 6e1c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 1

B: Small vasohibin-binding protein

ヘテロ分子

37.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: PDBePISA

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.854, 71.854, 215.811
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

#1: タンパク質	Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 1 / Tubulin carboxypeptidase 1 / Tyrosine carboxypeptidase 1 / TTCP 1 / Vasohibin-1 分子量: 29336.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VASH1, KIAA1036, VASH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7L8A9, tubulinyl-Tyr carboxypeptidase
#2: タンパク質	Small vasohibin-binding protein / Coiled coil domain-containing protein 23 分子量: 7804.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SVBP, CCDC23 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N300
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.16 M ammonium sulfate, 0.08 M Sodium acetate pH4.6, 20%(w/v) PEG4000, 20%(v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→47.06 Å / Num. obs: 15488 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 48.41 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.01637 / R_pim(I) all: 0.01637 / R_rim(I) all: 0.02315 / Net I/σ(I): 24.05
反射シェル	解像度: 2.3→2.382 Å / R_merge(I) obs: 0.2435 / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / Num. unique obs: 1492 / CC_1/2: 0.86 / R_pim(I) all: 0.2435 / R_rim(I) all: 0.3443

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17_3644	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NVQ

6nvq

解像度: 2.3→47.06 Å / SU ML: 0.2662 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.284
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2362	1548	10 %
R_work	0.1896	13926	-
obs	0.1942	15474	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2262	0	20	76	2358

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0068	2332
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8513	3148
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0494	332
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	405
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.5708	893

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.37	0.3029	136	0.2323	1224	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.46	0.2732	135	0.2175	1217	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.56	0.2606	138	0.2144	1244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.67	0.2608	138	0.2056	1233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.81	0.2779	137	0.1825	1237	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.99	0.2552	140	0.1837	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.22	0.2006	138	0.1796	1238	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.55	0.214	140	0.1767	1272	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-4.06	0.2098	143	0.1619	1280	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.06-5.11	0.2071	144	0.1781	1300	X-RAY DIFFRACTION	99.31
5.11-10	0.2742	159	0.2209	1422	X-RAY DIFFRACTION	99.81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.43433174196	0.936701917329	-0.152660751651	4.51603277466	0.755528394011	1.6750399867	-0.185684348179	0.244515151088	0.585987786788	0.153772604204	-0.0284755888025	1.04116382184	-0.149825900202	-0.057397371681	0.102548371856	0.42009055024	0.0185267628962	-0.0785654882776	0.454507201704	0.0657517092214	0.869369066589	-7.66440368078	15.4664254304	-16.0546774521
2	2.41056480721	1.92122806188	-0.901842906281	2.683785995	-0.946994994193	2.63430779185	0.0153224726043	0.719727577723	-0.00874178708856	-0.556362073036	0.156792692813	0.103304285182	-0.537589493206	0.0494584470052	-0.166515840256	0.543175504773	-0.0889519932075	-0.0784907226346	0.417876259282	0.00360661205259	0.3599269902	19.9670784921	17.3466902801	-26.2399401664
3	4.08146818848	-0.151976618004	-0.016312188627	3.33618565975	0.165899480168	0.785291859731	-0.295754217261	-0.078743025094	-0.0984612366314	0.186206819159	0.158497043457	0.641310327306	0.11770778837	-0.305193140939	-0.0120933916766	0.458025487268	-0.0738706633968	-0.00531792738782	0.353802589648	-0.0116245562342	0.428674515302	10.250726229	8.98657560876	-15.6176499199
4	2.76341834267	-0.347371141134	-0.468407792029	1.77644878539	-0.382409522318	5.98725738772	-0.173846422255	-0.200089967753	0.223553098213	0.258396789171	0.249630366761	-0.102155662356	-0.1859676982	0.0917560944692	-0.0267250680544	0.348401465604	-0.00962177843305	0.0248505732542	0.23902685183	-0.0573152505585	0.260502750357	21.7862983075	13.885954083	-7.28901589608
5	2.75695436811	-1.40332251482	-2.35485601217	4.43524594515	1.02677093919	4.65482822139	-0.157599935464	-0.294247988097	1.31140791346	0.45233425216	0.348544802857	0.247602591854	-0.365699043734	-0.112447989044	0.0462629219239	0.486168665947	0.0244470394143	-0.0128608796949	0.329523752461	-0.0770811071042	0.461946038816	22.7292971002	20.5687923046	-11.4995178295
6	5.79428974663	-0.545112438272	0.543901479711	3.68830443076	0.499935092966	7.03010108657	-0.0172429759959	-0.161125729758	0.634964562343	0.669931706382	-0.130329113848	-0.342372779004	-0.504916074696	0.39767358502	0.131033448131	0.529957768155	-0.057428032191	-0.0220730048182	0.226604455639	-0.0326819266713	0.310017247395	27.6935765172	22.1270908996	-7.22738821467
7	2.5658754435	-0.301161448917	-0.271957215957	7.25978542637	6.78414879921	9.8770241427	-0.0228922344116	-0.127812639862	-0.125325543953	0.423426992868	0.661523775346	-0.311331089254	0.408800686035	0.584247314836	-0.641704695228	0.480447256119	0.0482083211473	0.0633050644757	0.29689006655	0.0585123767404	0.368447445809	22.8930803363	9.69987215384	-6.64385607291
8	5.24906227276	2.36179703036	4.05505529482	6.10463560015	5.21112075539	8.36577284292	-0.140440157644	-0.982748426893	-0.220494124892	0.954948560037	0.0826989346045	-0.0528938408231	0.956684434879	0.33001411042	0.050947252311	0.674899295346	-0.00628546343838	0.00633307999898	0.687423313365	0.056033619158	0.370542791437	25.7270695776	7.42366186704	0.158684841206
9	8.75414065319	-2.68051876913	-2.17591051558	3.48732030113	3.44373571262	3.43151888722	-0.433228638294	-0.17897662173	-0.325201930507	-0.577028306911	-0.439870461159	-0.587676192054	0.443521080462	1.42989337129	0.468724622049	0.916644933615	0.153878599552	-0.0525574822437	1.04885508481	0.280657736275	0.895337185696	36.3488286074	9.92678910672	-2.49913259963
10	4.20852286286	2.43922279289	0.214317927217	8.57265394148	4.26439709729	6.25290160033	-0.210956403739	0.557434424765	0.257638178453	-0.377083428446	0.340261327169	0.548505042519	-0.376478725752	0.249724268649	-0.0852384919892	0.447586199733	0.0618971087951	-0.130356399532	0.41161656518	0.143981949157	0.826518145338	-2.16264587444	20.8486438021	-18.3691465872

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 56 through 105 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 106 through 132 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 133 through 180 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 181 through 211 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 212 through 226 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 227 through 250 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 251 through 269 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 270 through 287 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 288 through 304 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 26 through 53 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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