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万見
- PDB-6lp3: Structural basis and functional analysis epo1-bem3p complex for b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lp3
タイトルStructural basis and functional analysis epo1-bem3p complex for bud growth
要素
  • GTPase-activating protein BEM3
  • Uncharacterized protein YMR124W
キーワードCELL ADHESION / Budding yeast / Organelle inheritance / Endoplasmic reticulum inheritance / Polarisome / Epo1p / Bem3p.
機能・相同性
機能・相同性情報


endoplasmic reticulum polarization / RHOF GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / septin ring organization / RHOD GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / site of polarized growth / RHOA GTPase cycle / incipient cellular bud site / cellular bud tip ...endoplasmic reticulum polarization / RHOF GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / septin ring organization / RHOD GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / site of polarized growth / RHOA GTPase cycle / incipient cellular bud site / cellular bud tip / cell tip / cellular bud neck / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / mating projection tip / small GTPase-mediated signal transduction / negative regulation of Rho protein signal transduction / establishment of cell polarity / Neutrophil degranulation / GTPase activator activity / cell cortex / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein ...: / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GTPase-activating protein BEM3 / Uncharacterized protein YMR124W
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.547 Å
データ登録者Wang, J. / Li, L. / Ming, Z.H. / Wu, L.J. / Yan, L.M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis and functional analysis epo1-bem3p complex for bud growth
著者: Wang, J.
履歴
登録2020年1月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein YMR124W
B: Uncharacterized protein YMR124W
C: GTPase-activating protein BEM3
D: Uncharacterized protein YMR124W
E: Uncharacterized protein YMR124W
F: GTPase-activating protein BEM3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,3056
ポリマ－112,3056
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.405, 119.405, 144.575
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein YMR124W


分子量: 22375.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YMR124W, YM8564.06 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39523
#2: タンパク質 GTPase-activating protein BEM3 / Bud emergence protein 3


分子量: 11400.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: BEM3, YPL115C, LPH12C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32873

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.39 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.5, 10% 1,4-Dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.547→46.032 Å / Num. obs: 13161 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Net I/σ(I): 10.31
反射 シェル解像度: 3.95→4.23 Å / Rmerge(I) obs: 0.961 / Num. unique obs: 1249

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.547→46.032 Å / SU ML: 0.68 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 46.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 674 5.12 %
Rwork0.3397 12487 -
obs0.3427 13161 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 383.6 Å2 / Biso mean: 122.3199 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.547→46.032 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4661 0 0 0 4661
残基数----566
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.547-3.82020.41431160.3898243599
3.8202-4.20440.38291340.35062445100
4.2044-4.81230.41071510.34992468100
4.8123-6.06070.44921410.38832496100
6.0607-460.37191320.30192643100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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