+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lp3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structural basis and functional analysis epo1-bem3p complex for bud growth | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | CELL ADHESION / Budding yeast / Organelle inheritance / Endoplasmic reticulum inheritance / Polarisome / Epo1p / Bem3p. | ||||||
機能・相同性 | ![]() endoplasmic reticulum polarization / : / : / RHOF GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / septin ring organization / RHOA GTPase cycle / incipient cellular bud site ...endoplasmic reticulum polarization / : / : / RHOF GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / septin ring organization / RHOA GTPase cycle / incipient cellular bud site / cellular bud tip / cellular bud neck / mating projection tip / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / negative regulation of Rho protein signal transduction / establishment of cell polarity / regulation of GTPase activity / Neutrophil degranulation / GTPase activator activity / positive regulation of GTPase activity / cell cortex / signal transduction / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, J. / Li, L. / Ming, Z.H. / Wu, L.J. / Yan, L.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis and functional analysis epo1-bem3p complex for bud growth 著者: Wang, J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 101.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 470.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 493.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22375.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YMR124W, YM8564.06 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 11400.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: BEM3, YPL115C, LPH12C / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.39 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.5, 10% 1,4-Dioxane |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.547→46.032 Å / Num. obs: 13161 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Net I/σ(I): 10.31 |
反射 シェル | 解像度: 3.95→4.23 Å / Rmerge(I) obs: 0.961 / Num. unique obs: 1249 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 383.6 Å2 / Biso mean: 122.3199 Å2 / Biso min: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.547→46.032 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|